端木翀病情加重，對鎮定劑的需求越來越大，簡一梅憂心忡忡。但端木翀相對淡定，對于他這樣一個具有高度信仰信念的人來說，肅清兩航內的共黨才是要事。安娜也病了，時而如驚弓之鳥，害怕見陌生人，時而又瘋瘋癲癲，抱著一個洋娃娃說著胡話。韓退之延請醫生為安娜診治，可連醫生都無能為力。這讓安娜母親很崩潰，她告訴韓退之，如果安娜有個三長兩短，她也不活了。韓退之雖然也后悔，但還是下令封鎖安娜生病的消息，尤其不能讓樊慕遠知道。
共黨查出樊耀初家中有國黨J細，代號“貓眼”，上級要求聶云開沈希言盡快把此人找出來。聶云開因為被端木翀盯的死，他便讓沈希言借機出入樊耀初殷康年家中，調查可能接觸到北飛計劃的所有人。而在此時，貓眼向端木翀匯報，樊耀初的家里藏著一份秘密名單，端木翀要他把名單弄到手。安娜身邊的小玉將安娜生病一事告訴了樊慕遠，樊慕遠來見了安娜，兩人抱頭痛哭。原來，安娜之所以變成這樣是痛失肚子里的孩子。樊慕遠就要帶安娜走，韓退之突然出現，要求樊慕遠離開，樊慕遠不肯，韓退之命人暴揍了樊慕遠。安娜哭著擋在樊慕遠的面前，愿意為他答應韓退之的任何條件，只要他放過樊慕遠。
沈希言查出“貓眼”身份，但是拆穿他面臨著風險，聶云開不得不設計一個萬全之策。樊慕遠失魂落魄離開韓家，韓退之來到安娜房間，講述女兒對自己的重要性，他知道安娜跟樊慕遠感情深厚，但是他更清楚樊家正被國黨懷疑，不會好了。所以他不能讓女兒跟樊慕遠在一起?？墒前材染褪遣宦牎６四玖埻评T了華航一個技術科科長，讓他成為自己的人。聶云開為把貓眼引出來，以樊慕遠為誘餌。在他接到電話來到書房拿資料時，聶云開舉槍出現在他后面，綁了起來。
被綁的樊慕遠委屈不已，他不明白自己到底做出了什么，他到底干什么了。聶云開搬出一條條證據，樊耀初更是下結論稱樊慕遠一直給保密局傳遞情報！兩人佯裝憤怒，樊耀初還稱不會再相信樊慕遠了。二人故意又稱，北飛行動已經到了關鍵時刻，保險柜里的東西一定要鎖好！說著出了門。
這邊簡一梅跟端木翀匯報，貓眼行動失敗，稱盜取兩航名單的難度非常大。端木翀囑咐，貓眼不能暴露身份，否則潛伏多年的艱辛就毀了。聶云開打電話給沈希言，告訴她貓眼已經上鉤。管家老羅給樊耀初揉肩時，樊耀初問他來了多少年了，老羅稱已經來樊家十五年了，要是不嫌棄他，他還想跟著樊耀初一輩子。主仆和睦中，樊耀初漸漸睡著。貓眼暗暗離開庭院，來到書房打開保險柜，正拍保險柜里的名單，被聶云開抓了個正著。樊耀初意外眼線竟是老羅，聶云開告訴他，貓眼早在樊耀初做華航總經理的時候，就已經是保密局眼線了。
貓眼承認，此刻暴露他也認輸，但他突然亮出了身上綁的炸彈，威脅要跟他們同歸于盡。一邊是北飛任務毀于一旦，一邊是貓眼一個人的生命，兩權相害，聶云開只好按照貓眼所吩咐的，放下了槍，把照相機還給他，讓他安全離開這里。隨著貓眼跑了出去，聶云開也追了出去，可是有人接應，貓眼及時上了簡一梅的車，逃過一劫。聶云開沒能殺掉貓眼，而沈希言看到了車里的小梅。
貓眼拿著名單，來到保密局，見了端木翀。端木翀夸贊他任務完成的非常好。表示過一陣子讓人送他回臺灣。貓眼激動和端木翀握了手。雖然明白聶云開和樊耀初鐵了心要叛逃，端木翀還是沒有貿然抓捕他們，因為一旦抓捕，兩航定會失控，他們要做的是將兩航控制在手中！而重中之重就是啟德機場。同時，聶云開也明白，假如端木翀已經知道他們還不出手，那就是在等，等一個出手機會，說白了，大家都在等待著最后的決戰，現在是黎明之前暫時的安靜。而他們要做的是暫時一切如常。
端木翀意圖賄賂啟德機場總經理查理，以讓他幫自己安插眼線。但沒想到查理這個人工作的時候最討厭被干擾和限制，他表示這里是英國的機場，絕對不會讓政治斗爭影響他們正常運轉！沈希言來到診所給母親看腰疼病。
聶云開終于成了敵人，端木翀心中十分沉重，在這決戰的關頭，他必須掌控一切，獲得最終的勝利。這時，他突然注意到一條消息，臺風梅麗雅將至！啟德機場八號關閉。這對端木翀來說無異是個好消息。聶云開神色如常，來向端木翀匯報，遷臺人員總共分為三批，兩航老總、聶云開都是最后一批。另外，聶云開稱兩航還有很多物資需要時間去清點。但端木翀卻告訴他，遷臺必須提前，臺風將至，啟德機場將要關閉，在關閉之前也就是四天內要求全部清點整頓完畢。另外，他們必須在第一批！聶云開要往后推，被端木翀拒絕了。端木翀告訴他這是命令。
臺風馬上要來，北飛計劃擱淺，聶云開決定安排大家走陸路，他要沈希言買上十五張火車票，絕對不能讓人盯梢。卻不知這一消息已被人偷聽到。端木翀接到消息，下令火車站必須嚴格布防，所有的調度室控制住，二十四小時盯住。但因為人手有限，外圍只留下了幾個暗哨。而為了穩妥，簡一梅綁架了查理的女兒莉莉安，借以控制住查理。韓退之想要帶著一家老小離開香港，回北邊另起爐灶，曹刀老七找了端木翀喝茶，說了想要投靠黨國、取代韓退之的意愿，端木翀表示只要老七能全心全意對待黨國，保證能給他一個美好未來。老七發了誓，端木翀便問他需要他們怎么做？
曹刀老七帶著人往韓退之家趕。安娜正呆在臥室，披散著頭發，抱著布娃娃。韓退之慌忙進來叫她跟自己走，見已無路可逃，便把她藏在衣柜里，反復叮囑她千萬不要出來，千萬不要出聲，有他在沒事的。隨后把門關上，拿起了槍，曹刀老七的手下們先沖了進來，韓退之拿槍朝眾人射去，卻寡不敵眾，被亂槍打死。臨死前，他問老七，為什么？老七反問他，帶家人出遠門為什么不帶上自己？他不仁別怪他不義。安娜在衣柜里看到父親被殺一幕，她緊緊捂住嘴，淚水無聲的流了下來。
曹刀老七殺了韓退之后離開，張立峰在客廳里澆上汽油，正要將韓家付之一炬。安娜唱著歌出現了，張立峰直接開槍打死了她，樊慕遠和聶云開正來到韓家，目睹這一幕，樊慕遠大喊著朝安娜跑去，張立峰轉身開槍，聶云開先他一步，打死了張立峰。樊慕遠緊緊抱著安娜，說來接她了，他們再也不分開了，一輩子都不分開。安娜想要觸碰樊慕遠的臉頰，手伸到一半也落下了。樊慕遠抱著她失聲痛哭。
端木翀和簡一梅布下了天羅地網，等待著聶云開等人撞上來。沈希言正在查理的辦公室，查理簽文件時不小心碰落相框，沈希言注意到了查理和女兒的合影。安娜的死對樊慕遠打擊很大，樊耀初便跟聶云開商量，希望北飛時也帶上他。聶云開也希望把樊慕遠爭取過來，但是他表示還得看樊慕遠最終的態度和表現。樊耀初便前去和兒子商量，他告訴樊慕遠，自己心疼他的樣子，安娜是個好孩子，一直希望他們二人能夠和解，如果當初他大大方方能夠同意他們該多好，可現在說什么都沒用了，他請兒子原諒自己。樊耀初又提到樊奶奶，他這個樣子樊奶奶在天之靈無法安心。他勸兒子振作起來。如果樊慕遠心里還過不去這個坎，他們就離開這里，換個環境。如果他愿意，他們就一起帶著他奶奶回到故土，繼續為他們熱愛的航空事業去奮斗。他希望兒子能陪著自己、陪著華航共同前行。
樊慕遠還為奶奶的死愧疚，樊耀初告訴他都過去了，只要他能重新振作起來，他們重新開始。樊慕遠點了頭，重新開始。他哭倒在樊耀初的懷里。沈希言又跟著母親來了中醫館看病，她溜達時意外發現藥館的一間房里綁著一個小女孩，沈希言認出是莉莉安。一旁的大夫卻告訴她女孩得了傳染病，所以被綁在這里。沈希言查清此事后，把這一消息告訴了聶云開。但聶云開認為他們現在要按兵不動，貿然行動會打草驚蛇。
夜深天涼，望著飄渺夜空，樊耀初告訴兒子，如果萬一，他要照顧好妹妹，因為他是個男子漢了。樊慕遠表示不會有萬一。江雪懷念著奶奶，趴在奶奶的相框上哭。殷康年癡癡望著廖教授的照片。沈希言和母親笑笑鬧鬧。這些平靜都是暴風雨前的平靜。聶云開正雕核桃時，端木翀來訪，約他明天晚上六點半去看戲，四點他來接他。聶云開無奈答應。
次日，端木翀和聶云開在各自的家同時洗漱、整面，甚至播放了同一首歌，莉莉瑪蓮。下午四點整，端木翀來到聶云開的公寓樓下，接走了他。車一走，沈希言出現了，她按照聶云開所囑托的，四點一刻準時到了，目的是到聶云開家取走他桌上的核桃，上面刻有北飛行動的具體計劃。此行必須小心謹慎，端木翀很可能會設下陷阱。如果他家樓下那盆花還在，家里是安全的。沈希言來到聶云開家樓下，看到那盆花還在，她上了樓。而接著她聽到莉莉瑪蓮，這表示著以后的北飛行動將由她來執行。打眼看去，她看到了桌上的兩個核桃，這表示聶云開會為她們盡量拖延時間。
端木翀聶云開來到劇場，劇場卻只有二人，端木翀已把這里包下來。今天唱的群英會、借東風，專門為聶云開唱的。端木翀告訴聶云開，不管二人有多少分歧，自己心里始終希望聶云開是清白的、是受人蒙蔽、愿意迷途知返，這是他的心里話。聶云開仍裝聽不懂。端木翀表示這是最后一次問他，希望他能夠對自己坦白。接著，戲開場了。聶云開順勢便打岔了過去。
樊家給樊奶奶上過三炷香后，按著聶云開給的路線正式出發，曹刀老七一直在不遠處盯著這一家子，看到他們出發立即跟上了他們的車。劇場，聶云開一副看得津津有味的樣子。端木翀接到電話，他毫不避諱，直接下令嚴格控制已經出門的樊耀初、殷康年等人，還問聶云開，聽到這個消息不意外吧？聶云開表示意外，意外大晚上的去火車站。端木翀便拿出了一張名單，十五名乘客，全是兩航核心部門員工，企圖北逃！
端木翀繼續步步緊逼，稱火車票就是沈希言買的。對于扯上沈希言，聶云開很惱怒。可是端木翀表示是事實。沈希言斥責他是編戲文，看著聶云開裝傻充愣，端木翀表示陪著他。曹刀老七帶人盯著樊耀初，見他們一行進了火車站，正要跟上去，卻發現一行人又從火車站出來了！而且上了車。曹刀老七下令跟上。
劇院里戲繼續唱著，端木翀又接了個電話，樊耀初一行十四人已在火車站門口集結。端木翀告訴聶云開，還有最后一個機會，如果坦白了他們還是兄弟，如果等他們上了火車，就晚了。聶云開猶豫后，表示自己交代，全部交代。聶云開說，一直以來端木翀對他的判斷是正確的，他確實是共產黨員，代號金烏，他的任務是策反兩航回歸。端木翀問他什么時候背叛了黨國、背叛了信仰？聶云開告訴他，自己從未背叛過自己的信仰，從二人認識之初他就已經是共產黨員了。他們那時便政見不同，可是他們有一個共同的愿望，保家衛國，同仇敵愾，上陣殺敵。
可是現而今，他們立場不同，那就只好分道揚鑣。端木翀問他的同謀，有多少員工想要叛逃？聶云開稱，他們不認為這叫叛逃，他們認為這叫回家。他們也不認為這有什么過錯。端木翀表達了自己的失望，下令收網抓人。曹刀老七帶著人動手，卻發現一直跟著的人不是樊耀初！老七立即通知端木翀，樊耀初一眾人不見了！端木翀下令接啟德機場，簡一梅表示這里一切如常。端木翀令她盯緊，又通知約翰、信禮門、保密局的人，全香港搜查，一定要找出樊耀初等人！接著，端木翀又讓簡一梅把沈希言找出來。簡一梅想到沈希言曾接近過莉莉安，來到了國醫堂。
簡一梅離開機場后，樊慕遠假扮成機場保安，來到查理的辦公室。遞給了一份香港民航處的緊急文件，要求他立即取消啟德機場的封閉狀態，恢復正常運行?？墒遣槔肀硎静豢赡堋：喴幻穪淼絿t堂，卻發現了潛伏的共黨，短暫的激斗，沈希言把槍指向了簡一梅，收了她的槍。而樊慕遠也正拿槍威脅查理，被槍頂著腦袋的查理仍然表示不能。這邊，沈希言救了莉莉安，正要帶著她去找父親。沈母來了國醫堂找薛醫生，乍然看到滿屋的尸體，還有被綁的簡一梅，幫把小梅身上的繩子解開，沈希言這時出來，簡一梅立即把母親當成了人質。沈希言苦勸小梅無果，在她的要求下只得放了槍，小梅也放開母親，這時，二人同時去撿槍，簡一梅快了一步，要朝沈希言打去，卻被母親擋了。兩人傷心怔愣中，沈希言拿槍射向簡一梅。
簡一梅和沈希言都淚流滿面，哭過后，沈希言帶著莉莉安來到啟德機場。查理見到女兒后，一方面下令抓捕綁架女兒的端木翀，一方面下令全崗位進入工作狀態。但因為天氣惡劣，查理表示飛機不能飛。樊慕遠表示不用他擔心，很快大家辦好了登機手續，兩航老總都同意轉場北飛。于是大家只等著聶云開的到來。八點整，啟德機場全面啟動，聶云開沒有來，樊耀初拿出了聶云開留給他的書信，交給了沈希言。
信上，聶云開稱自己無法趕來，向他們道歉，表示往后的行動只能拜托他們了。另外他交代北飛還差最后一步，團結一心，大家北飛時盡量在云中穿梭，遠離國民黨控制區。如果真有國民黨空軍追擊，可以用打死角的方式跟他們周旋。最后，聶云開向沈希言道歉，這一次他又沒能準時赴約，又得給他說分別了。他答應過她北飛之后給她一個安穩的家一個美好的婚禮，他又食言了。但他想告訴沈希言，她一直珍藏在自己心里，不管是航校、美國還是此時此刻。她從未離開過自己心里，她是他這輩子唯一愛過的女人。
大家最后看了一眼香港，正要離開，老羅出現了，拿槍朝樊耀初打去，卻不防樊慕遠出現在背后，打死了老羅。一行人終于乘坐飛機起航北飛。十二架飛機騰空而起，翱翔天際，一直朝北邊、朝他們的故鄉而去。
聶云開告訴端木翀，他輸了。臺風梅里亞根本不經過香港，一切都是他給他布的一個局，端木翀得到的數據全是錯的。端木翀隨即接到行動隊匯報，啟德機場有兩航飛機起飛，端木翀憤怒趕走了唱戲的，掏出了槍，聶云開告訴端木翀，他的失敗不怪他，怪的是黨國已經窮途末路了。欠東風的是他們，已經失去民心了。端木翀雙眼發紅搖頭，稱自己的一切都叫聶云開毀了，這是他逼自己做的，他把槍指向聶云開，可是久久都叩不下扳機。沈希言正在飛機上失聲痛哭。一聲槍響，核桃落地。
十二架飛機飛向祖國懷抱，廣州白云機場、長沙機場、南昌機場、漢口機場、鄭州機場、天津機場……飛機一路走來，播報員們紛紛歡迎兩航回家。飛機上，沈希言笑中含淚，樊耀初看著和廖松環的合照，暗道松環，這次我沒有辜負你，放心我還會把你接回來。兩航回歸，受到黨和國家領導人的熱烈歡迎，回歸祖國的優秀人才也迅速成為新中國民航事業建設中的骨干力量，翻開了新中國民航事業的新篇章。
沈希言獨自來到天安門廣場，看著廣場上的一切，回憶著聶云開跟她的承諾，跟她的表白，這時，天上有一架飛機駛過，沈希言久久望著，聶云開突然出現在她背后，問她，是在找他嗎？沈希言轉身，笑了，又哭了，奔向聶云開，緊緊和他抱在了一起。