天明詢問公子扶蘇對蓋聶的看法，扶蘇告訴他，蓋聶心懷俠義行事磊落，是個難得的君子，自己之所以能夠打消顧慮與巨子相談，一方面是因為對墨家理念的認同，更重要的原因則是出于對蓋聶的信任。
得知天明是被大司命劫持到咸陽來的，扶蘇十分擔心。他告訴天明，陰陽家表面上超然世外，實際上最善于蠱惑人心，讓天明以后多加提防。
一邊是自己從小就仰賴的大哥，一邊是拿著父親信物的大司命，天明思緒越來越亂，不知道究竟應該相信誰。巨子看出了天明的苦惱，建議他直接去問蓋聶，又叮囑天明不要活在過去，要通過自己的努力走出一條真正屬于自己的路。巨子的話令天明十分感動。
天明的失蹤令東皇太一十分生氣，將少司命關押入牢。大司命對少司命一直關愛有加，請求東皇太一給少司命一個將功補過的機會。少司命使用沾有天明血液的手帕做法，找到了被藏在金萬兩（巨子）府內的天明。少司命發現了金萬兩的真實身份是巨子，匯報給東皇太一。
東皇太一派大司命行一石二鳥之計，捉住天明和巨子，卻沒有料到早有人向巨子告密，導致行動失敗。東皇太一懷疑是少司命通風報信，用讀心術查看了她的記憶，得知告密者并非少司命。通過讀取記憶，東皇太一還發現了少司命對天明的感情，以及她在洛陽放走天明的事情，欲下令殺掉少司命，被大司命拼死攔住。
少司命被東皇太一處以鞭刑，大司命心中疼惜無比，卻不敢表現出來。少司命告訴大司命自己對天明的感情至深，已經不可能回頭。大司命冷言勸少司命不要放棄希望，只有活下去才能讓天明知道這份愛意。
月神與大司命一向不合，在看出大司命對少司命的喜愛后，三番五次的用語言刺激他，卻反被其嘲笑“身為月神，卻干著侍女的活”。
大司命建議東皇太一將金萬兩就是墨家巨子的事情告訴秦王，然后借秦王之手剿滅金氏商社，殺掉巨子。東皇太一認為這個方法可行，引導自己的學生胡亥（秦始皇之子，扶蘇之弟）幫自己達成借刀殺人的計劃。
蓋聶等人回到了終南別館，得知天明失蹤，眾人都非常擔心。急性子的蓉兒立刻就要前去咸陽尋天明，恰好在門外見到小植帶著天明和月兒回來。再次相聚，大家都很高興，唯獨天明對蓋聶心存芥蒂，一直悶悶不樂。
巨子托小植帶封信給蓋聶，告訴他，天明的記憶已經恢復，叮囑他不要再把天明當成小孩子，盡快將真相告訴給天明。
蓉兒給天明診脈，發現天明的病情惡化了很多，又奇怪他去咸陽做什么。詢問月兒后得知天明已經知道荊軻是被蓋聶所殺，受了陰陽家的蠱惑，所以才去了咸陽。經過月兒的提醒，蓉兒推測天明病情的惡化可能跟情緒有關。
蓋聶來找天明，決定將當年的真相告訴他，卻被蓉兒攔下。蓉兒告訴蓋聶，天明的身體越來越弱，必須立刻治療。怕真相會令天明情緒波動過大，使他身體情況變得更糟，蓉兒讓蓋聶暫時不要接觸天明。
原來，蓉兒是在偷看赤練練功的時候想出了治療天明的辦法，她分析天明之所以會受內傷，是體質太弱的原因。如果天明的身體能夠強大到承受住異能的沖擊，他就可以控制住這股力量，而不用擔心再受傷了。
強化天明的體質，需要高手為他傳功，小植、雪女等高手都同意幫助天明。眾人散去前，蓉兒再三囑咐大家盡量不要讓天明受刺激。
巨子要去終南別館與蓋聶議事，囑咐韓信將商社暫掛歇業盤點的牌子，少生事端。巨子上馬時發現韁繩斷裂，見韓信有些擔心，巨子安慰韓信等人說無妨，策馬而去。
官兵闖進商社，要捉拿金萬兩（巨子）。商社弟子擔心來者不善，轉動門環留下了暗號，并由人快馬通知巨子。
見巨子不在，大司命帶領官兵血洗了商社。
韓信從金府取酒回來，發現了門上的暗號，偷偷從門縫中看到官兵在清理院內的尸體。大司命發現了門外的韓信，用火法術將其擊傷。韓信拼死逃離了大司命的追殺，被金府的家老救下。
墨家弟子將官兵要查封商社的消息傳給巨子，巨子返回商社，正中了大司命設下的圈套。大司命帶著陰陽家的人施展了六離毒術，巨子不敵，身受重傷，被一個弟子拼死送出了大門。
月兒最近心事重重，總覺得巨子給她的感覺很像她爹。蓉兒知道巨子想隱瞞他與月兒是父女關系，于是勸月兒不要胡思亂想。
為了順利修建長城、直道，秦王下令再多征三萬民夫。扶蘇擔心徭役過重會導致民眾生怨，秦王怒斥扶蘇鼠目寸光。恰在此時，胡亥在趙高的指示下，將從金氏商社搜到的墨門令呈給秦王。得知金萬兩就是墨家巨子，秦王大發雷霆。胡亥主動請纓，被秦王封為大將，率銳士三千清繳墨家商社。
扶蘇將巨子視作知音，命心腹去金府，將宮中的剿殺令傳信給巨子。韓信在得知秦王的計謀后，攀上太平樹發射信號，終于聯絡上了巨子。
巨子安排韓信傳令給其他城中的弟子，讓他們離開商社，隱入市井，然后帶領咸陽周圍的弟子一同回到了終南別館。
巨子幾次運功，想用內力將毒素逼出，卻都以失敗告終。
巨子命小植將眾弟子聚集在議事廳為蓋聶正名，得知真相的眾人紛紛向蓋聶賠罪。
月兒分析了最近發生的事情，推測商社被剿的事情與天明有關。為了不影響對天明的治療，月兒叮囑少羽不要告訴他。
少羽詢問月兒對天明的格外關心，是不是因為心里在乎天明。月兒被說中心事，連忙借口醫者仁心做掩飾。看穿了月兒的掩飾，又想到自己對月兒的在乎，少羽心中更加酸楚。
議事廳中，蓉兒推測終南別館的位置已經暴露給了陰陽家，巨子讓大家想想應對的辦法，班大師建議退守機關城。
機關城是墨家耗時三百年，精心建造的堡壘，不但隱秘，而且安全，幾百年來一直是墨家的大本營。
巨子采納了退守機關城的建議，并且邀請蓋聶、小高、雪女加入墨家。雪女搶在小高開口前，代小高接受了巨子的邀請。蓋聶以自己想做個閑賦的自由人為由，婉言拒絕了邀請。
議會結束的時候，巨子體內的劇毒突然發作。就在巨子用內力壓制毒素的時候，被一邊的蓉兒發現了他的異樣。
離開議事廳后，小高生氣雪女擅自替自己接受了邀請。雪女解釋道，與其為七殺門的事情而痛苦，不如兩個人跟著墨家一起做一些有意義的事情，自己愿意一輩子都陪著小高。感受到了雪女的真心，小高終于接受了這份感情。
蓋聶的拒絕令蓉兒心生不安，怕他再次離開自己。蓋聶告訴蓉兒自己會留下來，幫天明掌控身上的力量，助墨家度過難關。為了讓蓉兒徹底安心，蓋聶發誓在一切都結束后，自己會帶著蓉兒一起隱居山林，兩個人再也不分開。
天明發現終南別館的人最近都很忙的樣子，于是跑到班大師屋里，想要問個究竟。班大師告訴天明墨家要搬家到機關城，卻對搬家的原因閃爍其詞，班大師的古怪態度更加令天明疑惑，本打算去問問少羽，卻無意中從墨家弟子的口中得知搬家的事跟陰陽家有關系。聯想到之前與大司命的接觸，天明斷定是自己害得墨家退守機關城。
由于情緒不穩，導致小植給天明的傳功治療進行的很不順利，小植詢問天明原因，反被其質問為什么大家都瞞著自己。小植不知如何作答，天明氣憤的跑去找蓋聶要解釋。
面對天明的疑問，蓋聶只說了是巨子的決定后，便一言不發。天明告訴蓋聶，大家對他的隱瞞并不是保護，而是不信任。
一直擔心巨子身體情況的蓉兒，在江邊找到了正在悼念妻女的巨子。巨子否認自己身體有不適，卻被蓉兒抓住手腕把脈，發現了體內的六離毒術。
六離毒術是羲氏一族的毒術，需要多位法師共同施法才能完成，毒術種上后會從指尖發作，進而蔓延到全身，一旦毒素遍布全身，就是死期。
六離毒術無藥可解，就算巨子使用內力抵抗，也只能再活兩個月。雖然無法解毒，但蓉兒想讓巨子與月兒相認，然后用至親之血做供養，為他緩解毒素的蔓延，可是巨子卻拒絕了與月兒的相認。
當年鞠玄（巨子）護送太子丹逃離燕國失敗，為了躲避通緝，不給妻女引來禍端，鞠玄加入了墨家，之后更名換姓成為了墨家的首領巨子。為了墨家的事業，巨子無暇關心自己妻女。
墨家發展壯大以后，巨子去找妻兒，卻發現原本的家已經被燒毀，廢墟之中找到了妻子碧華的一個盒子。
巨子對自己這些年來的不管不問十分自責，于是跑去挖妻兒的墳墓，想把他們安葬在一個山清水秀的地方，永遠陪著自己。
挖開墳墓，打開棺材，里面的景象卻令巨子呆住。