戰國末年，刺客荊軻受命刺秦，失敗身亡。不久秦滅六國統一中國。秦王贏政大興土木，修建長城、阿房宮。四處征丁，民不聊生。
秦兵在押送壯丁途中，大毛暈倒，不知身世、流落民間的荊天明（荊軻與秦王妃子麗姬的孩子）仗義喂水，被官兵呵斥。天明不服，卻被鞭子抽暈過去。待天明在暴雨中醒來，卻發現周圍血流成河，官兵尸首遍地。望著此情此景，天明不知發生何事。
贏政看密報，得知當年刺殺自己的荊軻之子尚在人間。十三年前，秦王妃子麗姬以死換取她和荊軻的孩子一命。如今找到這個叫荊天明的孩子，必當斬草除根。殊不知贏政身邊的紅人，天下第一劍客蓋聶，正是受荊軻所托，潛伏在贏政身邊的人。如今知曉贏政要除掉天明，連夜快馬趕出咸陽城，前去保護荊天明。蓋聶的一舉一動，全在墨家監視中。蓋聶一出城，墨家消息網就在全國傳開消息，被東皇太子藏匿多年的荊天明出現了！
荊天明一回到村里，村長就說他殺了官兵，帶他去官府自首，否則全村老小死路一條。天明只知從小到大，一直有個神秘女孩在保護他，卻不知是誰。其實是聽命于東皇太一的少司命。
蓋聶搶在贏政的親兵到來之前，把天明救出來，天明不知蓋聶為何人，想逃走。墨家醫仙端木蓉一直認為荊軻為蓋聶所害，大罵他在秦王身邊當了十三年的走狗。蓋聶聽聞只得苦笑。秦王親兵殺到，蓋聶一人擊退三百秦國鐵騎，但因使出全身真氣，震傷五臟六腑。暈迷前，蓋聶告訴端木蓉，天明是荊軻的兒子。端木蓉雖然不相信這個油嘴滑舌的孩子是荊軻的骨肉，但還是用她的醫術治療蓋聶。
天明的爹娘為了讓他放心離開，拿出一塊玉，告訴天明，他不是他們的親生孩子。看到天明的玉佩，端木蓉才相信蓋聶的話。
天明對蓋聶的功夫佩服得五體投地，對昏迷的蓋聶照顧有加。項氏家丁看到天明手中的淵虹劍，知道這是項家仇人蓋聶的劍，把他們帶入府中見過項梁。荊天明欲和項家翩翩公子項少羽單挑，卻根本不是對手，被項家關押在柴房。
秦王得知蓋聶把孩子救走，暴怒。
端木蓉在項府找到天明和蓋聶的關押處，欲相救，卻被項少羽發現。這時秦王派來的重兵包圍項府。項氏以為端木蓉是奸細，把他們一家出賣給一直想剿滅他們的秦王。秦兵殺進項府，混戰中項家寡不敵眾，和背著蓋聶的天明，端木蓉一起被官兵圍住。這時墨家首領東郭植帶人趕到，殺退官兵。張良斷后，擺下八卦懾心陣，讓官兵無法近身。
墨家首領東郭植對美貌潑辣的端木蓉一向愛慕有加，總想引起她的注意，端木蓉卻總是對他惡語相向。張良欲撮合墨家與項家合作，一起對抗秦王。
月夜之下，墨家早已安排好船只前來接應。荊天明和項少羽同時被站在船頭溫婉的姑娘迷住，她叫高月。
項家一眾被帶到墨家休養生息之地——墨家鬼村，它隱匿于絕嶺雄峰之間，集結了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦勢力最后的堡壘。鬼村口就有張良布下的奇門遁甲之術，外人若貿然闖入，就會迷路找不到出口。這個鬼村原來曾暴發一次大的疫病，村民死傷大半，幸存之人全遷往別處，墨家趁機在此裝神弄鬼，從此再無人敢踏入此地。這也成為墨家眾弟子逃避秦王追捕的藏身之地，也是墨家弟子最后的避難所。
一直跟蹤荊天明的少司命見無法進入墨家鬼村，向東皇太子飛鴿傳書，“局面失控，請求支援”。
十三前年，麗姬夫人誕下一名男嬰，也就是荊天明。陰陽家東皇太一夜觀星象，欲控制麗姬之子為自己所用。滿月時為小公子施法，在小公子身上偷偷種下“乾元玉煞”。
東皇太一命大司命尋訪蓋聶的同門兄弟衛莊，他是江湖第一暗殺組織“聚散流沙”首領。聚散流沙的規矩是“有利則聚，無利則散”。衛莊是七殺門的舊人。戰國時七殺門如日中天。左右天下大勢。而在十五前年，一夜之間慘遭滅門，少掌門失蹤。聚散流沙的首領衛莊則是七殺門的養子。大司命以一袋金子為賞金，讓衛莊從墨家鬼村帶回蓋聶和荊天明。
衛莊派蠱娘和墨玉麒麟去完成這個任務。
荊天明和東郭植個性相投，交情漸厚。荊天明好奇東郭植為什么對潑辣的端木蓉言聽計從。東郭植告訴天明，自己行走江湖最厲害的是輕功，有次執行任務時雙腿受傷，幾乎每位醫員都斷言他的腿保不住了，直到遇見了天使般的蓉兒，不僅把他的腿治好了，輕功也恢復如前。從此以后，只要是蓉兒一句話，東郭植都愿意赴湯蹈火，在所不辭。
秦王贏政大罵秦兵不力，不僅沒有抓回荊天明，還被蓋聶一人打敗。贏政寵臣趙高的另一個身份是陰陽家掌門東皇太一，他向秦王稟報，是墨家突然殺出，把人救走的。贏政下令加派三千精兵，把墨家、項氏一網打盡。
劍圣蓋聶在端木蓉的醫治下終于蘇醒。面對蓉兒的逼問，蓋聶說在見到墨家巨子之前，和荊軻的死有關的事一個字都不會說的。
天明在墨家鬼村除了對月兒獻殷勤，就是四處招搖自己是劍圣的徒弟。大家都看不慣天明的夸夸其談，慫恿少羽和天明打一架定勝負，并邀請月兒做裁判。天明知道自己打不過少羽，礙于在月兒跟前的臉面，只得硬著頭皮上。
天明和少羽打斗，始終處于下風。在快要認輸之際天明使詐贏了少羽。少羽不服，找人裝鬼把一向膽小的天明嚇暈，關進小黑屋的棺材里，捉弄天明。躺在棺材里的天明醒來后又驚又怕，待月兒阻攔少羽，打開棺材時，天明差點悶死在棺材里。
張良幫墨家鬼村整理好進村的奇門遁甲術，即向墨家和項氏告辭，云游四方。
天明見蓋聶醒來，急忙拜師，卻遭蓋聶拒絕。蓉兒見蓋聶盥洗后清秀英俊的臉，芳心暗動。
勇叔帶來一位在樹林里迷路的啞女，善良的月兒給啞女起名鈴兒。
天明在茅房遇見扮鬼的勇叔。勇叔實在看不慣天明的膽小怕鬼，主動提出帶他去小樹林練膽。走在天明身后的勇叔，正準備對天明下手。卻沒提防天明聽到月兒的叫聲突然跑走了，原來有人挖出了勇叔的尸體，蓉兒分析勇叔至少死了兩天。天明感到毛骨悚然，如果這里躺的人是勇叔，那剛才和他說話的人不就是鬼了？所有人都不相信天明剛才看到勇叔，天明只好認為自己真是遇見了鬼，嚇得幾天不敢出門，在家里貼滿符咒。
蓋聶醒來幾天就恢復了內力，蓉兒驚異他的功力深厚。
墨家鬼村接二連三有人神秘地死亡，尸體并無任何傷痕，蓉兒懷疑是蓋聶干的。