小毛子從牢獄逃脫。孝莊皇太后厲責康熙，要他振作起來，楊起隆亂黨闖入宮內，宮內太監造反，與朝廷將士激戰，威脅康熙與孝莊皇太后的安全。索額圖請求康熙與孝莊皇太后暫避，孝莊皇太后臨危不亂，聲稱平三藩是她的旨意，康熙只是遵旨行事，只要君臣同心，清廷必將永遠不敗。朝廷官兵與楊起隆亂黨展開激戰，亂黨不敵，楊起隆欲自盡，被下屬勸阻逃走。吳應熊被押到孝莊皇太后處，孝莊說他有罪但沒有錯。索額圖收留一孤女，給她取名紅玉，藏匿家中。
周培公與副將圖海率軍勢如破竹，很快滅了察哈爾王叛軍。解除朝廷危機后，又揮師西南直逼吳三桂叛軍。羈留京中的王輔臣兒子王吉貞，帶著康熙親筆御信，火速面見王輔臣。康熙在信中恩威并施，并表明必勝吳三桂的信心，但王輔臣仍持觀望態度。原先以為王吉貞被朝廷大炮轟死的王輔臣，見兒子平安歸來，終于投向朝廷陣營。康熙見王輔臣歸順大喜，但明珠提出應節制周培公。周培公率軍南下，吳三桂屢遭重創。吳三桂登基稱皇，企圖鼓舞士氣。京城來旨，調周培公回京，把最后取勝吳三桂的機遇讓給圖海。經過五年奮戰，康熙終于平定“三藩”。
康熙接到福建軍情危急匯報，心中十分憂慮。康熙與病危的周培公相見。康熙向周培公坦言把他貶到盛京緣由，并說這次出巡的目的之一是為了安撫蒙古各族首領，同時，想重用周培公攻打臺灣。周培公稱病重，向康熙推薦了姚啟圣。康熙御覽周培公積十年之功繪就的中華全圖，十分激動。周培公向康熙陳述葛爾丹之隱患，不久離開人世，康熙為周培公亡靈守夜。朝政之上，康熙要求商議臺灣問題，群臣意見分歧，索額圖陳述姚啟圣官越做越小的原因。康熙派太監尋找姚啟圣。姚啟圣與太監發生爭執受辱，而又依理鞭打太監。