公孫止偷襲了耶律齊一行人，想要帶走耶律完顏。正好此時大武小武兩兄弟趕到，但是卻根本不是公孫止的對手，好在此時武三通出現，和公孫止打斗。
正好黃蓉一行人也經過此地，還以為是楊過在與人打斗。公孫止出言挑釁，黃蓉和李莫愁同時出手和公孫止決斗。
公孫止抓走了郭芙作為人質威脅黃蓉，黃蓉心里十分著急。耶律齊出手救了郭芙，公孫止趁機逃走。黃蓉詢問耶律齊是否是全真教的人，但是耶律齊并不愿意透露。黃蓉聰明過人，已經猜出耶律齊的師傅。
大武小武想要找李莫愁報殺母之仇，黃蓉建議要以大局為重。
黃蓉透露此次前來都是為了找尋過兒，眾人都非常擔心楊過的下落。黃蓉推斷楊過此時應該在活死人墓，便決定要去終南山找他。黃蓉帶領眾人前往終南山，此時趙志敬也匆匆趕回全真教。
趙志敬聽說此時甄志丙的接任大典馬上就要開始了，便想要沖進大殿阻止。正在冊封之時，趙志敬進來揭穿甄志丙當日和小龍女的茍且之事，但是鑒于丘處機的法旨在此，趙志敬不得不罷手。
楊過不愿意將郭襄還給黃蓉夫婦，算是為自己報了斷臂之仇。
蒙古人到全真教給全真掌教冊封玄門道場，但是甄志丙并不愿意接受。趙志敬召集了全真教的眾位師兄商量如何應對，眾人都不愿接受蒙古人的討好。但是趙志敬拿出甄志丙和小龍女的事威脅甄志丙，甄志丙并沒有受威脅，而是堅持要反抗蒙古到底。
甄志丙準備自盡了斷所有折磨痛苦，但是趙志敬沖進來阻止了他。甄志丙將代掌教職位讓給了趙志敬，趙志敬便立馬投靠蒙古。?
楊過來到終南山，發現趙志敬現在掌管全真教。
甄志丙將掌教之位讓給趙志敬，但是眾位師兄都不愿意如此，提議等到丘處機出關之后再做定奪。眾位師兄提議若是真的要讓位，那也不能夠讓給趙志敬這個叛徒。?
甄志丙迫于無奈，不得不將位置讓給趙志敬。?趙志敬成為掌教之后便立馬接受了蒙古的賜封，投靠討好蒙古。?全真教眼見趙志敬不忠不孝，便決定要廢了他。蒙古人幫助趙志敬綁住了甄志丙一行人。?金輪國師商量要抓住丘處機，這樣才能夠制服全真教。?
蒙古人封住了丘處機閉關的洞口，試圖抓住丘處機。趙志敬為了保住自己的掌教職位，想要殺了甄志丙一行人。甄志丙反抗，正在趙志敬準備殺了甄志丙之時，小龍女趕到了全真教。
小龍女想要殺了趙志敬，蒙古人想要保護他。正在小龍女和蒙古人打斗之時，趙志敬偷偷逃跑求助金輪國師。金輪國師和小龍女對陣，其他的蒙古高手也加入混戰。甄志丙想要殺了趙志敬清理門戶，洞內丘處機已經練成了七星聚會，便破洞而出。
霍都和丘處機對陣，全真教新練成的七星聚會威猛無比，打敗了霍都。小龍女被人圍攻，快要受傷之際，甄志丙以死相救，并自己撞在小龍女劍上。
楊過來到大殿，發現空無一人。全真教和蒙古高手合力對付小龍女，她身負重傷。此時楊過趕到救了她，兩人久別重逢。小龍女發現楊過的左臂竟然被砍斷，心疼不已。
楊過決定要帶小龍女回古墓療傷，他憑借一己之力重傷金輪國師，但是最后放過了金輪法師和達爾巴。全真教找楊過尋仇，楊過和小龍女共同面對。
全真教自覺以少欺多并不好，決定放走楊過和小龍女，此時身負重傷的甄志丙也請求師叔師伯放過小龍女二人。小龍女向楊過解釋當初自己被甄志丙玷污的事實，楊過答應原諒甄志丙，甄志丙自殺謝罪。
小龍女感覺自己時日不多，不愿意日后楊過一人孤苦伶仃。楊過決定要娶小龍女過門，小龍女感動不已。楊過和小龍女決定在重陽宮成親，并綁架了一位重陽宮師伯為見證。此時周伯通沖進來，因為他被蜜蜂攻擊，便將自己罩在一個大鐘里。丘處機一行人立馬沖進重陽宮，救出了師伯。楊過建議小龍女使用玉峰漿來吸引更多的蜜蜂困住丘處機一行人，兩人可以趁機離開。
周伯通逃出了大鐘，看到之前騙自己的趙志敬，便將他裝進了大鐘里。周伯通責怪丘處機竟然會收趙志敬這種敗壞師門的徒弟。全真教的很多徒弟都腫了蜂毒，剛好周伯通手里有一瓶玉峰漿。丘處機希望周伯通能夠將玉峰漿奉獻出來，但是周伯通并不愿意。爭吵間周伯通不慎將玉峰漿丟到了大鐘下，此時趙志敬趁機撿起來威脅周伯通。但是蜜蜂突然來襲，趙志敬受傷。
丘處機心疼自己的愛徒甄志丙，但是考慮到他之前要玷污小龍女，這樣也算是將功補過。丘處機建議找到小龍女，便可以拿到更多的玉峰漿。
楊過眼見小龍女傷勢如此嚴重，便決定要和小龍女一同回到古墓療傷。兩人商量先將小龍女運回古墓，這樣便可在寒玉床上療傷。
楊過想盡辦法終于將小龍女成功運回了古墓。