同治執意修建圓明園，和朝中眾多大臣對立，恭親王為了社稷，當頭反對皇帝沖動的決定，要想整頓當今的海防，除了變法之外，還需改變用人的方法，代代相沿的科舉取仕制度并不能培養出懂洋人玩意的人才，需要的是另建新式學堂，培養新式人才，唯其如此，方可真正強兵富國，重振大清國威?？蔀榇藚s引起軒然大波。
由于恭親王反對自己，同治命令傳諭旨，說恭親王朋比為奸、謀為不軌、陽奉陰違、把持朝政，著即革職！恭親王被罷免，朝廷無法正常運作。慈禧借此機會重新出山，收回了同治的命令，重新啟用恭親王，無形中又讓權力的天平向自己傾斜。恭親王與日本人談判，力爭應有的權利。同治出天花，恭親王力爭為他請西醫治療，叔侄二人交心清談，而慈禧卻勃然大怒，與恭親王爆發強烈沖突。同治終于死在慈禧懷里。
由于大行皇帝又沒有儲君，恭親王在立嗣的問題上主張并懇請兩宮皇太后在進支的子侄里擇賢而立，入承大統。但慈禧卻變更祖宗法制，要為同治立兄弟，因此二人又爆發激烈的沖突。而同治皇后則朝不保夕的度日如年。