解放大軍進駐濟南，昔日的警察局已變成了公安局，李云飛成了公安局治安科的科長。有人到公安局舉報，在玉和堂藥店發現了國民黨特務的行蹤。馬洪國立馬帶人前去搜查，李云龍憑借過人耳功，迅速逃跑，馬洪國帶人一路追捕，逃到了山間的小土山上，馬洪國將土山包圍，李云龍自知無處可逃，于是將自己"吊死"在枯樹之上。當馬洪國發現李云龍時，發現李云龍已經沒了脈搏，將他送到了醫院的太平間。
云飛得知云龍吊死后，忙前往醫院太平間確認，誰想，云龍早已逃之夭夭。馬洪國不解，云飛告訴他云龍是用了閉氣功蒙騙了公安。
云龍逃到荒野，不想毒癮再犯，為了搞到大煙他殺害了一位老中醫。云龍頻頻作案，引起了上級領導的高度重視，對云飛等公安局戰士做了重要指示：一不能逼案犯流竄到外地，二要生擒活捉，三要在開國大典前破案。
另一方面，云飛和白凝都去勸云馨還俗，希望在二人結婚的時候得到云馨的祝福，云馨卻將二人統統拒絕。尚市長得知云馨放不下心結的事情，也來找云馨，告訴她一人向隅眾人為之不歡的道理，云馨有所感悟，決定給大家一個交代。
云龍被公安局的戰士逼得走投無路，只得回到秋紅的住處，秋紅雖然接納了他，卻也勸他自首。云龍不愿自首，這時屋外響起了警報聲，原來是公安戰士在周圍巡防。
云龍如驚弓之鳥，心里越來越慌，假意告訴秋紅只要和他再做一天夫妻，他便會去自首，秋紅滿心歡喜地答應了，誰想第二天，做過夫妻，抽過大煙的云龍又再次反水，不愿去自首。秋紅沒有辦法，決定殺了云龍后再自殺。秋紅舉起剪刀正要動手，卻被云龍發現，云龍揮掌將秋紅打死。
得到劉媽報信的云飛趕來，卻發現房間里只剩下秋紅的尸體，云龍早已逃之夭夭。李云龍化妝成了老人，躲在客來回客棧，躲避公安的抓捕。不料他的蹤跡被李云馨發現，二人一場激戰，李云馨漸占上風，云龍被打得奄奄一息。眼見云龍就要被云馨勒死，李云龍卻再此使詐，趁云馨不備一腳將她踢暈在地。就在云龍要置云馨于死地的危難關頭，白凝趕來救下云馨，并在云龍扔下手雷后緊緊抱住了云馨，替云馨擋住了手雷的彈片。
白凝被送往醫院，傷勢十分嚴重，醫生盡了很大的努力仍也沒能將白凝救活。此時，云馨跑來用驚人掌力將白凝救活。
云龍偷盜尚市長的住宅，卻發現尚市長家竟是一貧如洗。云龍毒癮發作，實在搞不到毒品，便來到了剛剛改作藥鋪的煙館。在吸食大煙后，他將想要抓捕他的伙計二噶打死。
公安局布防的包圍圈越來越小，鐵嘴霸王也參與到治安聯防的隊伍中，發動群眾四處搜捕，飛賊李云龍無處遁形。無奈之下，云龍只得留信給云飛，要與他做生死了斷，云飛在普照寺找到了云龍，二人以門里的規矩做生死了斷。二人一路追逐打到了重型機械廠，幾番惡戰之下，云龍漸漸落了下風。
從航車到冷卻池，重型機械廠內云飛和云龍幾番番纏斗，最終云飛使出堂畿大師傳授的推碑手，將云龍制服。匆匆趕來的云馨要手刃云龍，卻被云飛制止，說云龍應該得到百姓的審判。
云飛跑到醫院看望白凝，告訴了白凝已將云龍擒獲的好消息，并告訴白凝云馨已經還俗，等白凝出院二人便可以成親了。
云龍被帶回了公安局監獄，云飛不但給云龍大煙抽，還和云龍銬在一起，為他療傷，云龍向云飛認罪，得知云飛一直念著同門之情并不怪罪于他。云龍傷愈，云飛要對云龍進行最后的審訊，在審訊過程中，云龍得知共產黨已經查清師傅并非自己所殺，還了自己的清白，云龍決定認罪畫押。得知在公審大會后將被槍決時云龍后悔莫及。
出于同門之誼，李云馨來到監獄看望云龍，云龍向云馨吐露真情，說這輩子愛過的女人只有師姐云馨一個。云馨見云龍對自己犯下的罪行真心懺悔，便去求云飛寬恕云龍，但云飛說，現在云龍已經罪大惡極，沒有人能救得了他了。
云龍被人民政府處決，結束了其亦正亦邪的一生。他的墳前，云飛與云馨相對無言。重新回到書場的鐵嘴霸王說起了新燕子李三的故事，由衷地感慨道：人民政府威力大，得民心者得天下。