戴濤與孟書娟躲在廢棄的居民樓里，樓下突然來了幾名日軍，他們帶著鍋碗瓢盆打算在這里駐扎，戴濤決定晚上帶孟書娟離開此地。夜里戴濤在前面為孟書娟帶路，兩人好不容易來到教堂外面，戴濤看到孟司長在教堂外，他讓孟書娟自己去找爸爸，他在暗地里保護她。
孟司長不知道孟書娟偷著跑出來，他看到女兒從自己背后出來嚇了他一跳，孟司長把肉松和奶酪給她，并敲門讓法比趕緊把孟書娟帶進屋里，他告訴女兒自己拿到了通行證明天一早就接她走，但只能帶走她一個她最要好的同學。
戴濤發現有人跟蹤孟司長，他把那名漢奸撂倒在地，之后拿刀抵著漢奸的脖子。漢奸表示是黑巖久治派他來跟蹤孟司長的，漢奸趁戴濤不注意便跑了出去，戴濤趕緊拿槍殺了他，但戴濤沒能及時把那名漢奸的尸體藏起來。
徐小愚諷刺孟書娟來了月經，這樣孟書娟隨時可能會懷孕，而且漢奸的女兒生出來的也必定是漢奸，孟書娟生氣地掐住她脖子。隔天一早法比打算出去接水，突然下起了大雨，大家趕緊拿出容器出來接水。
孟司長來教堂接孟書娟走，但孟書娟讓他把蘇菲與黛米先帶走。蘇菲年紀最小，黛米最愛生病，孟書娟堅持自己最后一個走。
孟司長為了通行證甘愿跟日軍合作，又冒著生命危險拿出家里的古董家當送給黑巖久治才拿到兩張通行證，他不在乎別人怎么看他，管他叫漢奸也無所謂，只要女兒能走就好，孟書娟大喊道她在乎，自己的爸爸明明不是漢奸，卻被別人當成漢奸看待。
無奈的孟司長只好帶蘇菲與黛米離開，黑巖久治得知他派出去跟著的漢奸遭槍殺后，他來到港口堵住孟司長。黑巖久治告訴他兩人的合作出了些問題，現在蘇菲與黛米都必須先回教堂才可以，日軍把她們送回了教堂。
黑巖久治將孟司長帶回了日軍的辦公樓，他把派出去跟著孟司長的漢奸被槍殺的事情告訴孟司長，黑巖久治認為教堂周圍一定還有中國軍人。
之后他讓孟司長幫忙弄一份南京市防空洞的分布圖，孟司長告訴他這屬于軍事機密不歸交通部管，他警告孟司長不要騙自己，一戰以后所有地方的防空洞規劃都要經交通部門同意才行，如果孟司長能弄到防空洞分布圖，他答應讓孟書娟離開南京。
j女們利用接來的雨水燒開了洗了個澡，大家在一起討論為何蘇菲與黛米沒能出去，玉墨想的則是孟書娟一定會很傷心又失望。
戴濤偷偷地回到教堂結果被玉墨與法比發現，戴濤告訴他們自己殺了一個跟蹤孟司長的漢奸，日軍一定不會放過他的，日軍已經開始懷疑教堂周圍有中國軍人存在，他現在出去很危險得在教堂躲一陣子，法比同意并讓他去鐘樓上呆著。
日軍怕南京大屠殺被外界知道，他們著急地毀滅著中國公民的尸體，黑巖久治讓手下把殮尸隊也一并解決了，這樣一來就沒人知道他們殺了多少人了。
日軍讓殮尸隊在大雨里集合，老沈看出來他們是想殺人滅口，平時與老沈在一起收尸的一個男人很害怕。日軍知道殮尸隊里有人窩藏中國戰俘，只要他們能舉報出誰窩藏了戰俘，那個舉報者就能活下來。
男人當即把老沈舉報了，老沈直接被日軍拖出去槍決，除了舉報者，為了掩蓋罪行的日軍把殮尸隊的其他人也都一并槍決了。
到了平安夜這一天，雖然被戰爭弄的人心惶惶，但教堂卻像戰爭前一樣和樂融融。
孟書娟把爸爸帶來的排骨分給大家吃，就連平日里罵孟司長是漢奸的徐小愚在美食面前也低下了頭。法比請求孟司長如果有能力的話給教堂帶一些糧食來，為了女兒孟司長點頭答應。
王小妹的生命力實在頑強，竟然奇跡般的活了下來，玉墨為她洗干凈頭換上新衣服，大家看到王小妹的狀態越來越好十分開心。
因為是西方人最注重的平安夜，女學生們聚在一起唱贊歌，法比拿出自己私藏的酒分給大家喝，全部的人在一起喝酒聊天跳舞，好不熱鬧。
玉墨想起戴濤一個人孤苦伶仃地躲著，她便帶一些食物和酒來到了戴濤的藏身地點，戴濤本以為是日軍剛要開槍，才發現是玉墨。
舉報者告訴日軍教堂里藏有中國軍人，日軍在平安夜當晚把教堂包圍了。喝多的法比從樓上看到教堂外的日軍以為是自己的錯覺，他揉了揉眼睛再看才知道日軍確實把教堂包圍了，法比趕緊大喊道日本人來了便把所有人都送到地窖。
警惕性極高的戴濤也發現了外面的日軍，他琢磨著如何才能讓玉墨出去。紅綾放心不下在外面的喬治，她不肯進入地窖，女學生把她拉進來告訴她現在出去也是死，不如在里面好好等喬治。李全有偷偷地拿著槍從地窖里出來，他躲在暗處打算開槍引走日軍。
法比等人擋住日軍不讓他們進，日軍聲稱教堂里藏有軍人執意要去搜查。喬治把英格瑪神父都帶了出來與日軍對峙，他們不肯聽神父的解釋并拿槍對準神父的腦袋。
法比讓神父先回屋，外面太危險，就在他與喬治轉身要把神父送到教堂里面時，日軍對著喬治開了槍。法比以為喬治被打死，他沖上去看喬治的傷勢，發現喬治被日軍打掉了耳朵但保住了性命。
李全有在外面開槍，成功轉移了日軍的注意力，他們剛要離開，黑巖久治卻帶著兵出現，教堂對于黑巖久治來說很有利用價值，而且教堂屬于美國人的財產，他不讓北川少佐繼續在教堂鬧事。
沒能躲到地窖的楊柔淇瘋了似的來到日軍面前，北川少佐拿出食物引誘她說出真相，她表示教堂里四處都是軍人，他們把女人的肚子拿刺刀劃開之后塞上棉花。