法比讓大家收拾行李，他開車打算帶大家離開，英格瑪神父不允許他走，他表示英格瑪神父是美國人，日軍不會對他怎么樣，可他們都是中國人，一旦日軍進來，大家都會死在這里。
英格瑪神父從樓上對法比說話，結果被關根拽倒，法比意識到關根還在教堂，他趕緊回去找關根，關根逃跑時被李全有發現，李全有拿刀刺死了關根。法比勸神父別這么善良，日軍不會把他的善良看在眼里的，如果神父再這樣以憐憫之心對待日軍，很可能會釀成大禍。
徐小愚向孟書娟道歉，她之前一直罵孟書娟，找孟書娟的茬就是因為嫉妒，她嫉妒孟書娟有一個好爸爸。孟司長帶著各種食物來看孟書娟，想盡辦法帶孟書娟離開南京，可徐小愚的爸爸早就拋棄了她。
徐小愚的父母從不來教堂看她，南京被攻陷后，她的父母只顧自己逃命早已坐上輪船離開了南京。孟書娟與徐小愚談到了朱瑪麗的死，徐小愚哭著表示這不怪她，當時朱瑪麗自己沖動地跑了出去，她沒拽住，日軍要q暴朱瑪麗時，她想上去救朱瑪麗，可他不敢，她怕自己也死在那里。
浦生與豆蔻遇到一伙兒日軍，他們跑到教堂門前敲門，可無人應答。日軍越逼越近，他倆只好往別的方向跑，浦生被日軍打死，接著日軍們把豆蔻拖走，她被拖到一個房間里，日軍們把豆蔻輪J了，豆蔻咬傷一名日軍的舌頭，那名日軍一生氣便拿來刺刀捅了她數刀，豆蔻就這樣死在了他們的手里。
阿顧打水回到教堂，他看到門口有一個行李箱，他把箱子拿回去給玉墨看，玉墨等人發現這正是豆蔻與浦生的箱子，可只有箱子沒有人，大家意識到豆蔻與浦生很可能死在了日軍的槍下。玉墨喊道這算什么，只有一個箱子活不見人死不見尸，還不如沒消息。
日本天皇要來南京參加占領南京的慶祝會，田中將軍要求圣馬德倫教堂的女學生去宴會上唱贊歌。黑巖久治帶著手下和孟司長來到教堂，他把唱歌的事情告訴法比，法比立刻拒絕了他。
聽到日軍要帶孟書娟等人去給天皇唱歌，孟司長趕緊拿出通行證問黑巖久治這是否還算數，黑巖久治表示通行證雖然奏效，但孟司長不能帶孟書娟離開南京，因為孟司長與他的合作還沒完成。
孟司長這才意識到黑巖久治設了個陷阱給他，讓他成為漢奸卻沒能把女兒帶走。孟司長拽住黑巖久治的胳膊并大罵他是騙子，害得自己不僅沒能救出女兒還給了日軍許多重要的資料。黑巖久治讓他端正自己的態度，可情緒已經崩潰的孟司長哪還在乎這些，黑巖久治的手下一刀插進孟司長的身體里，法比要救他卻被日軍推到一邊，隨后黑巖久治的手下們把他拖走了。
玉墨與孟書娟正好看到了這一幕，受刺激的孟書娟當場暈了過去，孟書娟不停地留著鼻血，玉墨把藥喂給她吃才止住鼻血。
緩過來的孟書娟告訴大家她的爸爸不是漢奸，她拿起行李箱便要出教堂去找爸爸，法比等人攔住她，讓她不要沖動否則出去就會死。孟書娟的行李箱被摔在地上，里面南京市下水道的地圖掉出來被楊柔淇撿到。
隔天一早女學生們站在鐘樓上準備向下跳，玉墨與法比看到后跪著求她們不要輕易放棄生命。原來是徐小愚提出的自殺，女學生們怕去給日軍唱圣歌，法比讓她們不要再有自殺的想法，只要有他在就不會讓大家被日軍帶走。
法比看到楊柔淇在擺弄地圖，他看到上面的內容后突然想到可以從地窖挖一條地道到南京城外，這樣大家就能逃出南京，玉墨問他萬一到了城外被日軍抓到怎么辦，法比勸她別那么悲觀，先試試再說。
英格瑪神父寫信給費馳，他把日軍要帶女學生去唱圣歌的事情寫在里面，神父知道日軍邀請女學生肯定不會是好事，他想讓費馳把女學生們帶到安全區去。
黑巖久治帶著手下與孟司長再次來到教堂，他假借尋找關根與門脅之名要求搜查教堂，而且他特意讓法比留在原地，要求神父帶他們搜查教堂。
法比偷偷告訴孟司長，他在孟書娟箱子里找到南京市下水道地圖的事情，孟司長怕日軍發現就讓法比趕緊燒掉，法比解釋道自己想挖一條地道，他問孟司長大家是否可以由下水道離開南京。孟司長沒想到法比竟然想挖地道，他告訴法比可以由下水道出城，法比等人開始動工由地窖的一堵墻挖地道出去。
孟司長知道日軍搜查是假，黑巖久治只是做個樣子給他看，利用他對女兒孟書娟的情感搞到南京的重要情報。
日本觀光團要來南京考察，田中將軍要求黑巖久治盡快把南京城內的尸體都解決掉。黑巖久治讓手下在教堂的院子里挖坑，作為埋葬尸體的坑。
日軍對外宣稱南京已經停止戰爭，中國公民也回到了自己的家，日軍還為中國公民提供了大米，安全區的難民也陸續地離開，且日軍將建立新的安全區，把美國人的安全區廢除。
挖地道挖累了孟書娟與玉墨聊起天來，孟書娟問她為何要當j女，玉墨告訴她女人一輩子遇到的第一個男人最重要。
一開始玉墨的繼父還有點錢送她去讀書，后來被繼父賣到藏玉樓，剛被賣的幾年玉墨還盼著有個好男人與她兩情相悅為她贖身，孟書娟問她那人是否是孟司長，玉墨表示至少孟司長沒騙過她。玉墨解釋道她與戴濤的關系是她沒那個命，孟書娟問她如果活著出了南京，她要做什么，玉墨依舊想找個好男人廝守一生。