徐小愚與瑪麗來不及上閣樓便躲進了廁所的隔間，孟書娟逃跑時突然跌倒在地，她發現自己腿上有很多血，卻不明白自己為何突然出血。蘇菲等人在閣樓里躲著，沒等孟書娟上來，她們就把隔間的樓梯收了上去。
日軍沖進教堂后開始肆無忌憚地搶奪里面值錢的物品，玉墨聽到地窖外面有女孩子的動靜，她趕緊上去打開地窖的門，發現孟書娟躲在角落里，她把孟書娟帶到地窖。
孟書娟表示自己就是死在外面也不要跟玉墨在一起，玉墨扇了她一巴掌讓她有什么仇等日軍走了之后再說。玉墨看到孟書娟腿上的血便明白了一切，她拿來豆蔻的新衣服給孟書娟換上，并讓孟書娟不要怕，來月經只是生理現象而已。
瑪麗越來越不安，她不肯躲在廁所隔間便沖了出去，正好遇到幾名日軍，日軍看到年輕貌美的瑪麗就猥瑣地沖了上來，瑪麗大叫起來。法比在樓下聽到瑪麗的哭喊聲，他趕緊上樓制止日軍的行為，結果被日軍用刺刀傷到頭部。
日軍們爭搶著脫瑪麗的衣服，在掙扎間瑪麗被他們從樓上的窗戶推了下去，瑪麗不慎墜樓身亡。
之后日軍發現教堂里還有一間閣樓，他們踩著梯子要打開閣樓的門卻怎么也夠不到，之后日軍拿刺刀捅，拿槍射向閣樓，法比與英格瑪神父過來告訴他們閣樓上什么都沒有，讓日軍不要再禍害教堂，日軍不依不饒地讓他們找梯子過來。
一直躲在不遠處廢棄樓房里的戴濤看到日軍闖入教堂后，他向教堂外面的空地扔了一個手雷，日軍被突如其來的爆炸聲嚇到，日軍只好拿著武器離開了教堂。
不久后黑巖久治與孟司長來到了教堂，黑巖久治問法比里面是否有孟書娟，法比表示死去的瑪麗是他剩下的唯一學生，黑巖久治假惺惺地說自己本來想帶教堂的女學生們離開南京，既然大家都已經離開，也就沒有他的任務了。
孟司長答應女兒一定會把教堂里的女學生都帶走，蘇菲等人勸孟書娟先跟爸爸走，之后再接她們也可以，孟書娟依舊不肯離開，孟司長獨自一人離開教堂，跟蹤他的日軍把他的行蹤報告給黑巖久治。
法比看著瑪麗的尸體痛哭不止，之后他把教堂上面的美國國旗拽了下來，他曾對學生們說過，只要這個美國國旗掛在教堂外面，日軍就不敢動她們，可日軍不僅沖了進來還害死了瑪麗。
黑巖久治等人想方設法地把中國人的尸體焚燒或掩埋，以掩蓋日軍犯下的滔天罪行，可被屠殺的中國人實在太多，不管是投入長江，還是放在防空洞里焚燒都無法把尸體全部消滅。
魏特琳、費馳以及一些西方的媒體記者來到日軍的辦公處，他們要求日軍對南京大屠殺做出合理的解釋，日方卻不肯承認他們屠殺過中國公民。
費馳要求他們正視事實，而且日軍還強行帶走女學生們并強奸她們，日方代表覺得來中國戰斗的日軍戰士都是血性男兒，長期得不到女性關懷，自然要找些女人，魏特琳等人斥責日方的說辭太荒謬。
費馳想把一個記錄日軍焚燒尸體以及屠殺罪行的膠卷給記者朋友，讓他帶到上海沖印出來并把照片公諸于眾，記者怕被日軍搜身，日軍發現膠卷后一定會饒不了他，他拒絕了費馳的請求。
夜里學生們的肚子叫了起來，自從瑪麗死后她們就沒吃過東西，雖然餓卻沒胃口，她們為瑪麗的死因吵了起來，大家責怪徐小愚擅作主張帶瑪麗躲進盥洗室，當瑪麗被日軍q暴時，她卻躲在里面不肯救瑪麗，徐小愚哭著說自己當時沒想那么多。
隔天徐小愚諷刺孟司長是漢奸，孟書娟生氣地離開教堂，她在路上遇到一名日軍，可她逃跑時被尸體絆倒在地，就在日軍要碰到她時，戴濤出現將日軍打死。
又有日軍跟上來，戴濤只好帶孟書娟躲在一棟廢棄的居民樓里，孟書娟告訴戴濤其實法比也有槍，但他把槍藏了起來沒有用。王小妹與神父的藥都沒了，法比只好冒著生命危險去安全區給他們拿藥。
從威爾遜醫生那里拿到藥后，法比開著車往教堂趕，路上遇到一伙兒日軍看中了他的車，他們強行占有了車，又把法比帶到了日軍的駐扎地。以前教堂里虔誠的教友約翰，現在成了日軍身邊的漢奸翻譯，法比告訴日軍他是去給他爹拿藥的，之后又把神父的身份告訴日軍，可日軍認定神父不可能有父親，法比是在撒謊。
法比被日軍關到大牢里，約翰對此也無能為力，法比拜托他把藥送回教堂，約翰趕緊去了教堂。約翰把藥給喬治并告訴他法比現在的情況很危險，如果英格瑪神父在明天之前不能把法比救出來，他一定會被日軍殺死。
喬治把法比的消息告訴英格瑪神父，之后他騎著車載英格瑪神父前往日軍的駐扎地。日軍把大牢里的中國人都帶了出去，日軍們打算開車到別處將他們槍決，可卡車完全發動不了，他們讓法比把車修好，法比告訴他自己不會修車。
一名日軍大佐生氣地表示既然不能開車，就把他們都就地解決了。約翰問法比死前有什么話想對英格瑪神父說，他可以幫忙帶話。法比臨死前想到的不是上帝，不是英格瑪神父，而是玉墨，早知道自己要掉腦袋，他就應該向玉墨告白。
法比被排在最后一組，之前的一組組中國人都被日軍當場靶子槍決了，還好英格瑪神父及時趕到，救出了法比。福大命大的法比回到教堂，他一邊喝著自己私藏的威士忌，一邊感謝上帝救他一命。
黑巖久治約孟司長見面，他給孟司長兩張通行證，可以讓孟司長帶孟書娟以及一個她最要好的同學離開，但孟司長要幫日軍解決速干水泥的事情。