九年后成為審判官的孟書娟回到南京，此次要在南京進行對日軍二級戰犯審判。
日本百姓認為大和民族是貴胄，他們在亞洲的戰爭實際是在解放亞洲，南京大屠殺時廣島居民反而在連夜狂歡慶祝。
朱光煜在審戰犯田中秀樹時，田中秀樹不僅不知悔改，還自視甚高，他認為朱光煜的官銜比他小，要態度恭敬地與他講話。朱光煜斥責他不知好歹，死到臨頭還不肯認罪。
田中秀樹認為廣島長崎人民無緣無故被投了兩顆原子彈也是受害者，中國現在不過是與蘇美等國勾結。朱光煜反駁道廣島長崎的人民實際上是日本軍國主義的受害者，如果真為日本百姓著想，這些戰犯就該盡快伏法，還有日軍主戰的將軍才不是什么拯救者，而是社會的人渣、垃圾、敗類。
在圣馬德倫教堂的從葬坑里發現兩千多具尸體，白骨上有明顯的刀傷，衣服也已經腐爛，孟書娟想起了當時她在教堂里經歷的一切。法庭在南京市搜集人證物證，由于要出席的證人太多，他們只能選擇一些有代表性的證人出庭。
南京大屠殺二級戰犯審判開庭，大家紛紛佩戴上翻譯的耳機，田中秀樹在法庭上辯解自己無罪，他所做的一切是為了大和民族而戰，他的辯護律師甚至開解道南京大屠殺根本不存在。
朱光煜反駁道他們的辯解就是無稽之談，辯護律師當時還在日本上學，根本沒能來南京，辯護律師表示自己跟很多日本軍官都證實了日軍占領南京時，南京已經沒有人，被燒的房屋里也無人居住。百姓們聽到日方辯護律師的話大聲地斥責他信口開河，胡編亂造。
玉墨頭戴黑色的頭紗來到了庭審現場，紅十字會的副會長帶著一具具白骨出庭作證，即使只剩白骨大家依舊能感受到當時日軍的殘暴，國民黨軍官們聽到他的陳述紛紛流下眼淚。
黑巖久治出庭作證，孟書娟看到他便想起來當時在教堂他把孟司長的手臂砍斷那一幕，九年前黑巖久治圍攻教堂還歷歷在目。朱光煜問他是否掩埋尸體，黑巖久治表示自己記不清具體的數字，他也不肯承認戰爭是屠殺。
聽證的百姓們聽到他的證詞都大罵他是殺人狂，戴著頭紗的玉墨激動地沖上來，她質問黑巖久治怎么可以把這些都忘了。當年黑巖久治害得他們過了陰暗的四十九天，日軍在南京城內搶劫、強奸、隨意殺戮，把尸體埋在從葬坑里，可他們一個個都不肯承認自己犯下的錯。
玉墨向審判官們提議當場槍決黑巖久治，可這并不符合國際審判法，日方辯護律師認為中方民怨太深，審判不公正。
孟書娟生氣地站了出來，她問黑巖久治是否還記得她，九年前黑巖久治圍攻圣馬德倫教堂不過是為了銷毀她手上的膠卷，黑巖久治雖然記得她，但仍不肯承認有罪。
黑巖久治的軍隊一直包圍著圣馬德倫教堂，他以保護美國人資產為由為自己開脫，國際戰爭條約中并沒有要求日軍要保護美國人的資產，黑巖久治大言不慚地表示他出于人道主義才幫忙照看教堂，而且他特意讓安全區的費馳照顧中風的英格瑪神父。
孟書娟推著坐輪椅的英格瑪神父出庭作證，面對死不認賬的黑巖久治，神父拿出了朱瑪麗的照片，神父告訴大家年僅十四歲的朱瑪麗就是被黑巖久治害死的，日軍在南京城里做了什么，黑巖久治與他的手下就在圣馬德倫教堂做了什么。
英格瑪神父祈禱上帝能來懲罰無惡不作的日軍，日方辯護律師抗議神父說的話太惡毒，不像一個信天主教的神父，審判官宣布他的抗議無效。
英格瑪神父被帶出庭，玉墨跟著跑著出去，玉墨問他是否還記得自己，神父回答她自己忘記了。玉墨像當初來到教堂時，蹲下去親吻了神父的手背。
威爾遜醫生出庭作證，他指責日軍的無恥行徑，隨后還帶著渾身是疤被毀了容的豆蔻出庭，當時紅十字會發現豆蔻時，她儼然成了一個血人，被日軍輪J后又刺中三十七刀的豆蔻兩個月后換上感染性疾病。
日本辯論律師認為這種病癥只能在三個月以后才能發病，威爾遜醫生斥責他一個外行不要來質疑專業醫生的能力。玉墨撩起豆蔻的衣服，把她身上的疤痕給大家看，當場所有的審判員看到這殘忍的疤痕都流下了眼淚。
威爾遜醫生表示當時安全區的所有人都恨自己沒有武器，如果他們是軍人一定沖上前線與日軍拼個你死我活。日方辯論律師抗議威爾遜醫生有強烈的個人偏見，而且據他所知豆蔻之前是個j女，他認為j女沒有資格來指責日軍的強奸行為。
玉墨承認自己是個j女，她還被日軍抓去做了慰安婦。日方辯論律師大言不慚道慰安婦每月有收入，許多日本女人自愿成為慰安婦來慰勞日軍，這也算報效日本的行為，而且玉墨身為一名j女成為慰安婦也沒什么不妥。
玉墨質問他為何不讓自己的媽媽、姐姐妹妹和女兒去做慰安婦，怎么不讓她們去報效祖國，日方辯論律師無言以對，玉墨還把當年孟書娟的膠卷都洗了出來，里面每張照片都是日軍慘無人道的屠殺罪證。看到那些照片黑巖久治低下了頭，最終審判認定日軍二級戰犯有罪。
玉墨臨走時把膠卷都還給孟書娟，讓她好好保管，孟書娟談起玉墨與戴濤的事情，玉墨表示當時所有人都認為他倆私定終身了，可國難當頭哪有那些兒女情長。
孟書娟此時想到，當時蘇菲問她j女中誰長得最美時，她沒有回答，她只是沒有承認罷了，在她心里趙玉墨最美。
當年法比炸掉教堂后，躲在地道里的j女們與女學生們把教堂前院從葬坑里的尸體都拽到地道里，隨后才從地道爬了出來。后來玉簫因重度感染死在了慰安所，春池在河南大饑荒中喪命，蘇菲等人下落不明。
(全劇終)