黛西走進了床邊，卻發(fā)現(xiàn)床上的林肯突然間又變成了沃德。黛西告訴他上司發(fā)來了短信召集，卻發(fā)現(xiàn)她說的上司和沃德說的完全不是一回事。他們不是神盾局特工，而是九頭蛇特工。
他們一起來到了總部。黛西借口要查看郵件，暫時擺脫沃德，進入公司電腦查詢。電腦顯示林肯已經(jīng)死亡，西蒙斯等200多位神盾局特工均已感染死亡。
黛西不敢相信地低叫出聲，這時，梅出現(xiàn)在她身后。她告訴黛西要去參加公司的簡報會議，黛西告訴梅，自己進入框架中就是來找她的。梅卻完全不為所動。
西蒙斯從一處泥沼中爬了出來，她發(fā)現(xiàn)了自己胸前的槍口，意識到自己被殺了。回身再看，身下還有一具尸體，看情景，神盾局已成死亡廢墟。
這個框架世界構造的如此真實，西蒙斯忍不住喟嘆。以她科學家的頭腦，她知道要達到這樣的效果，需要無數(shù)的計算層次。
她搭上了一個路過女性的便車，想找到黛西會合。
車在前方不遠處停了下來，原來前方正在進行異人檢查，這個框架世界里不但由九頭蛇主宰著，異人們在沒變異之前就受到抓捕。神盾局也是被打擊對象。檢查很嚴格，西蒙斯沒有身份證，只有一張神盾局的工作證，她只好先下了車躲藏。
西蒙斯進入一家小酒吧，可沒過多久，就被九頭蛇的人發(fā)現(xiàn)抓住。被帶上車的時候，西蒙斯趁其不備襲擊并開槍打死了他們，奪車而逃。
梅在九頭蛇組織中是個領導，她派黛西和沃德去審訊一名異人犯人。黛西在跟她單獨接觸時，很想喚回她的真實記憶，但沒起到什么用。很快，黛西又見到了菲茲，他成了九頭蛇內(nèi)部的一名博士，級別比梅還高。
菲爾作為一名普通教師正在給學生們授課，而且，他正在向?qū)W生們宣揚九頭蛇的偉大。這時，九頭蛇的人進來，帶走了一名疑似可能轉(zhuǎn)化成異人的學生。菲爾對此非常配合。
西蒙斯一直找不到黛西，她查到菲爾也在這個框架中，于是前去找他。不料，菲爾竟完全對她沒記憶。西蒙斯提醒菲爾他的記憶被篡改了，現(xiàn)在他被植入了虛假記憶。他曾是神盾局局長，帶領神盾局消滅了九頭蛇。她是他神盾局的下屬特工，為了喚醒他，西蒙斯還掏出了神盾局工作證。
但菲爾卻以為這是場測試，還擔心西蒙斯這樣做會害死他。他攆走了西蒙斯，甚至向九頭蛇組織舉報西蒙斯。
梅拿著舉報西蒙斯的文件找到菲茲匯報。黛西在旁邊聽到了，急忙趕去尋找。菲茲則讓特工們出動去抓捕西蒙斯。黛西總算先找到了西蒙斯，倆人正設法逃走時，沃德從暗處現(xiàn)身用槍對誰了她們。但轉(zhuǎn)而沃德射中的卻是她們身后的追兵，原來，沃德早知道黛西是異人，他為了幫助黛西，加入了抵抗組織成為雙面間諜。
在沃德的幫助下，黛西和西蒙斯成功逃脫。倆人討論著這個虛擬框架世界里發(fā)生的所有不可思議的事情，故人們?nèi)甲兂闪送耆徽J識的人，她們商量著先返回現(xiàn)實世界，帶上支援再來。可是，西蒙斯發(fā)現(xiàn)她們返回的儀器完全沒反應，黛西猜到肯定是有人修改了她們的撤退口令密碼。她們倆了被框架世界給困住了。
九頭蛇總部，菲茲不相信特工們居然抓不住一個姑娘，梅告訴了他九頭蛇有內(nèi)鬼的事。菲茲回到臥室，他的夫人成了艾達。艾達正在查看西蒙斯的資料，看到菲茲進來，切換了畫面。
菲茲想看下，艾達沒有答應，而是上前給了他一個吻。
菲爾下班后，打開車門坐進了自己的車里，他正要啟動汽車，后座上的黛西跟他打招呼。菲爾被嚇了一跳，他堅持說不認識她，并猜測她跟西蒙斯是一伙的。黛西努力想讓菲爾想起她來，菲爾頭疼起來，但他還是認為他根本不認識黛西。
黛西是一直把菲爾當作親人一樣的人，一遇到困難她就忍不住來找他。她一再呼喚著菲爾，最后，菲爾總算是有了感應，想起了她的名字，并且相信了黛西告訴他的他們只是身處框架世界的事。黛爾的電話響了，是沃德打來的，提醒九頭蛇的人正在出動抓捕老師菲爾。
黛爾跟菲爾緊急離開找到了西蒙斯。黛爾說是沃德第二次救了他們。但西蒙斯對沃德心存疑慮。她覺得應該對他保存警惕。畢竟在現(xiàn)實世界里，沃德是個最善于背叛親近人的人。她認為既然黛爾能讓菲爾回憶起真實世界，她應該也能喚回菲茲。黛爾得知建造框架結(jié)構的教授也在框架之中時，馬上想到他一定了解框架，知道怎么把大家?guī)С鋈ァ?/p>
于是黛爾讓西蒙斯和菲爾先去找沃德說的抵抗組織的人，她則不顧被抓捕的危險，重新潛回九頭蛇里。她找到了教授的基本情況，和沃德正要脫身時，梅出現(xiàn)要帶走黛西。黛西急忙將小紙條校給沃德。
邁克正在修復無人機，這時一架無人直升機徘徊在他面前。得知這架無人直升機是用九頭蛇墜毀的機器原型修復的，邁克叮囑女兒，不要招惹九頭蛇，不要動他們?nèi)魏螙|西。他說服了女兒，要帶女兒乘坐公交將無人機還回去。可是，他們很快就被盯上了。梅帶著人趕去抓捕邁克和他的女兒，并且利用邁克證實了黛西是神盾局特工。梅抓捕了黛西。
按沃德紙條的提示，西蒙斯和菲爾被帶到了神盾局，局長居然是杰弗瑞。沃德不久后趕到，他將黛西找到的地址交給了西蒙斯。
西蒙斯和菲爾、沃德一起趕去找教授。找到教授后，教授告訴他們他已被艾達害死了，現(xiàn)在他只存活在框架里，他們還發(fā)現(xiàn)了艾格妮絲也在。西蒙斯想問出更多內(nèi)容，這時，艾達帶人來了，他們只好先躲了起來。
艾達讓菲茲搜索，菲茲找到了艾格妮絲，并按照艾達的要求擊斃了艾格妮絲。這絕不是真實世界里的菲茲能做出來的，看到這一幕的西蒙斯忍不住大叫著想阻止菲茲。菲茲看到她的臉呆住了。因為剛剛教授告訴他，在真實世界里，他和西蒙斯是一對情比金堅的愛侶。
受不了良心折磨的邁克，主動找到了神盾局，告訴他們九頭蛇利用他抓到了黛西的事，并自己要求加入神盾局。
菲爾和杰弗瑞劫持了運囚車，卻沒有找到他們要營救的人。杰弗瑞向菲爾打聽西蒙斯的情況，他總覺得西蒙斯有事瞞著他。后來，他和沃德一起詢問了西蒙斯，西蒙斯告訴了他們這個世界的真相，但顯然他們倆個都無法接受和相信。
此刻，菲茲正在審訊剛剛受了刑的黛西。他詢問愛國者的下落想抓住他們，黛西告訴他西蒙斯不是顛覆者，她是菲茲在真實世界里的愛人。菲茲聽了不為所動，反而給了黛西一耳光。
梅也向艾達表達了要消滅愛國者，捍衛(wèi)九頭蛇的決心。
盡管倍受折磨，黛西也不肯屈服。這時，艾達走進了她的牢房，她告訴黛西，她構建的這個框架世界是美好的，比如她可以給黛西一樣需要的，比如林肯。聽到林肯的名字，黛西動心了。但很快她還是恢復了清醒。
邁克將截獲的運囚車進行了重新改造。沃德從九頭蛇數(shù)據(jù)庫里給菲爾弄了個新身份和證件，他要假扮司機，利用囚車進入九頭蛇基地的教化中心里營救黛西。
黛西聽到隔壁牢房里關押的是博士，于是跟失去艾格妮絲后痛苦的博士聊了起來。她不同情博士，因為這個地獄世界就是博士造出來的，他完全是咎由自取。她問博士他建造的這個世界的后門在哪兒，博士告訴了黛西。
菲茲的煩惱被他的父親看出來了，父子倆一起去喝茶。
菲爾和杰弗瑞他們成功地混入了基地，釋放了被囚禁的人，還拿到了菲茲秘密研究項目的圖紙，正準備撤離，菲爾發(fā)現(xiàn)了個被九頭蛇逮捕的他曾經(jīng)教過的學生，于是前去營救。而這時，他們的行動已經(jīng)暴露，九頭蛇正派了服過增強劑的梅前來對付他們。
得知情況后，沃德和西蒙斯趕去支援菲爾和杰弗瑞。梅敗給了杰弗瑞，但杰弗瑞放過了她。梅感覺他的作為似乎跟恐怖分子有點不同。接著梅按照菲茲的命令炸毀大樓。
大樓塌了，學生們壓在了里面。杰弗瑞為了救被壓住的學生，用自己的身體護住了他，撐住了那塊巨大的樓板。看著這一幕的梅深受觸動。
真實世界里，艾達巡視著那些被她放到框架中正深眠著的人，菲爾、菲茲、邁克、梅、杰弗瑞，這時，她看到杰弗瑞的生命體征出現(xiàn)了變化，顯示掛機無生命特征。框架世界里杰弗瑞的犧牲也影響和改變了真實世界。