杰弗瑞在公眾和媒體面前，隆重介紹了黛西。稱她為神盾局最盡責的臥底特工，為保護普通民眾做出了一系列英雄事跡，他的宣傳，使黛西贏得了公眾的愛戴和歡呼聲。
菲爾和邁克也站在人群中傾聽著，菲爾跟黛西的私人感情一直如同父女，他為黛西重見天日而感到由衷高興。不過，職業特工的敏銳使他注意到，房頂本該有特工守衛的地方，現在空無一人。與此同時，站在較高處的黛西發現了房頂伏低身子的狙擊手，她急忙推開了處在危險中的演講者，杰弗瑞用其神力將講桌向狙擊者擲了過去。
人群一片混亂。杰弗瑞和伯羅斯，在邁克和菲爾護送下趕往安全屋。黛西抓住了這個狙擊手帶回了神盾局。因杰弗瑞不在，國防部長塔伯特代行其職，他讓梅和黛西共同審訊這個行刺的狙擊手。
菲茨讓人研究著艾達的頭顱，西蒙斯發現后要制止，她認為最好盡快銷毀這個頭顱，而不是研究。菲茲在博士那兒，博士正說服他，想拿回艾達那個被削掉的頭顱，菲茲拒絕了，并勸他這幾天不要去神盾局總部。菲茲走后，博士喚出了新艾達，告訴她，他有點擔心正在總部的梅的生化機器人替身，怕梅露出破綻，他的計劃就都完了。
黛西和梅在審訊行刺者，行刺者是個俄國佬，前九頭蛇成員。他什么都不肯說。坐在昆式戰斗機中，杰弗瑞他們討論著剛才的刺殺。邁克和菲爾覺得這次刺殺透著蹊蹺，不合常理。既沒有撤退計劃，也沒有必勝把握。正想跟神盾局打個電話，發現信號受到了干擾無法聯系，這時，機翼突然斷裂，伯羅斯竟被突然灌進艙內的風刮出了飛機。震暈了的特工們醒來時，發現飛機墜落，機長已死。行刺、墜機，這肯定不是巧合。杰弗瑞帶著菲爾、邁克，鉆出了飛機，一同在樹林中尋找著伯羅斯。
正被博士控制處于昏迷狀態的真正的梅，大腦皮質層突然活動頻繁。博士有點擔心她會死掉。因為艾達殺人程序啟動時，有點分不清狀況，給博士帶來了麻煩，博士準備重新設置她的程序。
總部那個生化機器人梅，此時，正跟西蒙斯、黛西一起，找到國防部長，商量營救失聯戰斗機的事情。塔伯特剛愎自用，置本該在局長不在的情況下，擁有第一權限的西蒙斯于不顧，直接將更高的權限交給了機器人梅。
真正的梅突然從昏迷中醒來，她拔掉了插在自己身上的管子，剛跑出封閉柜，就被艾達發現了。艾達掐住了梅的脖子，差點弄死梅。博士及時制止，讓她給梅打了鎮靜針，梅又一次暈了過去。
杰弗瑞菲爾邁克三人看到一輛車經過，上面有不少持槍的監察者。伯羅斯已死，他們拿到了箱子，但要打開箱子，除非有杰弗瑞的生物指紋，否則只能用爆炸手段了。事不宜遲，三人馬上配合采取了行動，杰弗瑞拿到了箱子，剛一打開，結果被發現的監察者打中腿受了傷。菲爾邁克擊斃了監察者，他們看到箱內物品，這才意識到，杰弗瑞并非異人，沒有天生神力，他只是靠箱內的藥物注射才擁有了神力的。而他這樣做，都是奉塔伯特之命，塔伯特想塑造這樣一個英雄，從而取得異人族的信任，從而在未來可能發生的第三次世界大戰中，擁有致勝法寶。
此時，西蒙斯也從塔伯特口中，知曉了這個秘密。她吃驚地提醒塔伯特這種藥物配方的副作用，可以使人具有盲目的攻擊性，塔伯特不以為然。
杰弗瑞在菲爾的安排下，分散對手的注意力，邁克趁機炸毀了對手干擾信號的通信車，黛西和機器人梅也趕到了，除掉了對手。
菲茲趁西蒙斯不注意，偷偷研究著艾達的頭顱。他接上電后，還與這個頭顱對上了話。看西蒙斯來了，他急忙鎖上了柜子，說以后不再打開了。
回到神盾局，杰弗瑞因為自己的真相被拆穿，有點惴惴不安。菲爾則告訴他，自己對當局長沒興趣，也不喜歡那些政治任務，杰弗瑞繼續做局長挺適合的，不過，在專業問題上，菲爾想要說了算。
生化機器人梅回到神盾局，準備換衣服時，發現自己的傷口處，裸露的居然是金屬內壁。這時，黛西走進來，通知她菲爾正在召集大家去開會。梅急忙裝作若無其事的樣子，在黛西關心詢問傷勢時，只輕描淡寫地說是輕微擦傷，并支走了黛西，心事重重地關上了柜門。
博士對于生化機器人梅，非常自信。他認為艾達的暴露，是因為設計缺陷。而現在，他避開了這些問題。生化梅的任務是拿到黑暗之書，但這只存在于她的潛意識，所以她不再會暴露。她會因為想升官的本能接近菲爾，最終完成任務。而且，在神盾局里，他還準備了第二個生化機器人，同時參與行動。
悠悠球和邁克一番云雨后，悠悠球起身去喝水。床頭的手機響了，邁克看了一眼，說計劃有變，下床穿衣服離開了。
生化梅找到菲茲，詢問他艾達對自己所做的事有多少自我意識，能不能自己控制停下來。菲茲還以為梅對發生的事有愧疚感，安慰了她幾句。梅并沒有得到她想要的答案，怏怏地離開了。
菲爾為先發制人，想在納迪爾議員參加有關黛西的問詢聽證會時，帶人暗地里去搜查納迪爾的辦公室，塔伯特不同意，認為此舉會誘發政治風險。杰弗瑞站在菲爾一邊，但塔伯特完全不把他放在眼里。最終，塔伯特還是同意了菲爾的計劃。
聽證會進行中，菲爾和悠悠球進入了納迪爾辦公室，安放了竊聽器。可當悠悠球拉開一個抽屜時，里面突然發出光芒，悠悠球被擊翻在地，安保人員沖了進來。他們被抓住了，并帶到了會場中。這下，神盾局變得很被動，納迪爾當眾提出神盾局終究是個犯罪組織。
經過塔伯特的交涉，菲爾他們被釋放了。但神盾局接下來，不得不面臨著一場又一場的聽證會。
菲爾意識到神盾局內部可能出現了內鬼。生化梅想到了自己，博士可能通過安裝在自己身上的什么設備，發送了信號，這信號被納迪爾的人接收使用了。生化梅找到博士，博士承認了她只是他設計出來完成任務的，不過，他還是沒告訴她任務是什么。因為時機一到，程序會自動啟動。他反而說服生化梅繼續接近菲爾，利用菲爾和梅之間的情感。
倆人交談的時候，菲爾帶神盾局的人沖了進來，逮捕了博士。因為經過菲茲的苦苦研究和思考，發現艾達的改變并不是讀了黑暗之書，而是博士的編程。看見梅也在這里，菲爾問她怎么會來，梅沒有說出真相。
菲茲進入關押博士的房間，想要他說出真話。但很快菲茲發現了疑點，這個博士也只是個機器人。透過博士機器人的眼睛，納迪爾和博士知曉了一切。博士不安全了，于是，納迪爾帶他去見她的上司。
薩姆和比利是孿生兄弟，倆人長得一模一樣。菲爾把黑暗戰書放在了比利那兒，因為他有將東西變沒的本事。結果，監察者將比利抓走了，跟比利在一起的薩姆特工急忙將這一消息通知了菲爾。菲爾知道事情又出在基地的內鬼身上。
監察者將比利帶進了行駛在大海中的一艘潛水艇上。他們故意將比利和博士關押在一起。博士跟他套近乎，自稱也為神盾局工作被抓，并向比利提起了黑暗戰書。比利并沒有吐露。行刑者走進來，當他要用碎玻璃瓶頸扎進比利眼中時，博士在一旁看不下去了。他解開繩索站了起來，制止了行刑者。他想用不那么血腥的辦法得知真相。
菲茲正在修復博士的生化替身，他將替身額頭被槍擊落的皮膚又粘了回去，對他重新編程。不過，情況并不樂觀，博士替身顯然比艾達更加高級，菲茲失敗了。他不甘放棄，一再地嘗試，博士替身聊天時無意中提到，博士認識菲茲的父親，他們是同學，他講述著他們的往事，這使菲茲深受刺激，盡管西蒙斯在旁邊提醒他說這可能只是博士從檔案當中提取過菲茲父親的資料，以用來使菲茲分手的招數，菲茲情緒還是受到了影響，最后，他拔掉了替身的電源，替身終于閉了嘴，菲茲走出了房間。
西蒙斯告訴邁克，菲茲的父親總是打擊幼小的菲茲，總是說他笨，不聰明，而且在菲茲10歲的時候就拋棄了他，不知去向。
博士將儀器戴到比利頭上，他想直接從比利的大腦中讀取黑暗戰書藏匿之處。讀取后發現，黑暗之書原來不在比利手上，他們抓錯了人。
菲爾和黛西正在詢問薩姆，黑暗之書到底在哪兒。薩姆說也不在他手上，他把它交給了LT。LT是他們特工家族的老大。菲爾聽了，覺得LT有了危險，帶著生化梅和黛西趕去尋找。最后，在一個音樂廳里，他們找到了。LT是個女人，和一個長得跟比利、薩德一模一樣的兄弟在一起。菲爾將他們請回了神盾局。LT告訴他們，她把黑暗戰書最后給了比利。
博士在繼續讀取著比利的記憶，發現他最終將書藏進了神盾局的一間密室里。他讓艾達把他讀取到的密碼一一記錄下來，然后讓人調轉潛水艇，前往神盾局。
菲茲在西蒙斯安慰下，情緒穩定下來并且受到啟發有了新思路。他打開替身的頭顱，發現了他的量子大腦。功能可以跟人腦媲美。在測試過程中，西蒙斯突然想到了曾測試過的梅的大腦，跟博士替身的大腦相同。她吃驚得叫了起來。
此刻，生化梅正跟菲爾站在密室門口，等著薩姆取出黑暗戰書。生化梅對菲爾說也許應該一起進密室，并且誘惑菲爾接吻。這時，LT跑過來，說有三個人押著比利要闖進神盾局，薩德這時也帶著黑暗戰書走出了密室，并順手將書交給了生化梅。菲爾讓生化梅將書交給他，生化梅卻突然將槍口對準了他。生化梅聽到菲爾說她不是真正的梅時，有點吃驚。黛西趕來用震波震翻了生化梅。
菲爾帶著黑暗戰書，用它交換了比利，干凈漂亮地干掉了三個闖入者。這時，另一個手持真正黑暗戰書的薩德經過，翻倒在地的梅打暈了他，搶過了書，這時，博士走了進來，將書拿到了，拋下受傷的生化梅離去。
LT和三個長得一模一樣的兄弟，菲爾黛西等人聚在了一起，商量著下一步的措施。第一個艾達、博士替身被焚燒掉了，現在，生化梅還躺在神盾局里，因為大家覺得找不到梅，這個生化梅跟她還有些關聯。