西蒙斯去看房子，她正在為她和菲茲建設(shè)未來的小家做準(zhǔn)備。房間的外觀讓西蒙斯非常中意。進(jìn)入房間后，她敏感地覺著有問題，于是拔出槍來，小心翼翼地觀察著。黛西突然手捂?zhèn)诔霈F(xiàn)在她面前。
原來，黛西從專殺異人的監(jiān)察者組織手里搶過了一張名單，為此而受了傷。名單中是異人們的住址和電話。現(xiàn)在，她想請(qǐng)求西蒙斯幫助她，找出神盾局注冊(cè)過的那些異人們的信息。因?yàn)檫@些信息，早已落入了監(jiān)察者手里，正在成為被襲擊的目標(biāo)。黛西想提前向他們預(yù)警，使他們避開危險(xiǎn)。
西蒙斯因?yàn)槁氊?zé)所在，先拒絕了黛西。然后黛西用槍指著她，西蒙斯與她配合，將U盤交給了同事。這個(gè)U盤插入神盾局電腦中，黛西就可以遠(yuǎn)程控制，得到異人們的信息。
在眾多的信息中，黛西發(fā)現(xiàn)了詹姆斯的號(hào)碼。他曾經(jīng)與黛西一樣，為蜂巢控制。倆人一起去找到詹姆斯，他正在一家超市，做普通的收銀員工作。黛西說服他跟自己一起，對(duì)抗即將來消滅他的監(jiān)察者們。但沒想到的是，正是詹姆斯本人，跟監(jiān)察者們搞在一起。
拉德克里夫博士和西蒙斯救回梅后，梅在艾達(dá)的照顧下，正在好轉(zhuǎn)。菲茲來看望她，同時(shí)想研究出更安全的辦法，來拯救那些鬼魂受害者。
菲爾去監(jiān)獄看望羅比的舅舅伊萊，但伊萊不肯跟他配合。走出監(jiān)獄外，他告訴邁克沒什么收獲，這時(shí)，邁克發(fā)現(xiàn)了羅比的車，于是駕車狂追，最后動(dòng)用神盾局的飛行器，逼停并撞暈了羅比。
他們將羅比關(guān)入了神盾局密封艙，菲爾和邁克分析，羅比曾去過動(dòng)力實(shí)驗(yàn)室，又去過監(jiān)獄，他肯定與這件事有關(guān)。想到黛西對(duì)羅比很信任，于是菲爾放出了羅比，想與他做比交易。羅比答應(yīng)了。
他們一起去看伊萊，羅比告訴伊萊，他昔日的同事露西正在到處殺人。伊萊告訴了他，他曾為喬瑟夫和他的妻子露西等人建造了量子粒子發(fā)生器。這是臺(tái)可以無中生有的機(jī)器。那些人打破規(guī)則，扮演上帝角色。發(fā)生了意外，喬殺死了他的妻子和同事們。伊萊太生氣了，他想復(fù)仇。
菲爾知道露西他們并沒有死，露西在這次事件中獲得了異能。他讓羅比問伊萊露西下一步會(huì)干什么，伊萊說她會(huì)去找邪惡的書，就是這本書讓他們做了這一切。
詹姆斯帶著監(jiān)察者們捕殺黛西和西蒙斯，幸虧菲爾邁克帶著羅比趕到。在詹姆斯正要對(duì)黛西下手時(shí)，羅比及時(shí)出現(xiàn)，阻止并抓住了他。
菲爾告訴大家，那些人正在找的是《黑暗之書》，想得到此書，必須先找到喬瑟夫。喬瑟夫一直陷在昏迷中，現(xiàn)在被露西喚醒了。
菲爾和他的同事們，一起到了拉德克里夫博士那兒，他們需要梅參加行動(dòng)，在那兒，菲爾第一次見到了艾達(dá)，西蒙斯馬上猜到了，艾達(dá)是博士和菲茲共同制造的機(jī)器人。知道這個(gè)秘密，和這些天一連串秘密的西蒙斯，該怎么接受明天科技部就要進(jìn)行的測(cè)謊呢？
菲爾邁克他們也找到了喬瑟夫，他在昏亂中說出了《黑暗之書》的下落，就埋在他和露西發(fā)現(xiàn)它的地方，然后七竅流血而死。這個(gè)地方露西知道，事實(shí)上她現(xiàn)在已經(jīng)又找到了它，但上面的字消失了，露西什么也看不到。
菲爾他們知道這部書的危害，商量著要不要告訴神盾局現(xiàn)任局長弗瑞。他們想先見見了解情況的伊萊，羅比的舅舅。結(jié)果菲爾和梅在去見伊萊時(shí)遭到典獄長襲擊并被困在了那里。因?yàn)槁段饕呀佑|感染了他們。菲爾和梅必須爭取時(shí)間，在露西找到伊萊之前見到他。
羅比向邁克請(qǐng)求加入戰(zhàn)斗。黛西替他說話。邁克讓大家使用冷凍槍，因?yàn)槟抢镉锌赡芩腥硕家驯桓腥尽?/p>
菲茨西蒙斯和拉德克里夫博士正在抓緊研制治療鬼魂人的藥物。邁克黛西等人出發(fā)前，邁克請(qǐng)菲茨遙控指揮這次行動(dòng)，菲茨給了邁克能治療鬼魂人的針劑。大家乘坐昆式戰(zhàn)斗機(jī)很快到達(dá)目的地。
邁克注射針劑使典獄長等人又恢復(fù)了正常神智。
菲爾梅黛西在尋找伊萊時(shí)，發(fā)現(xiàn)很多犯人對(duì)異人和神盾局有敵意。因?yàn)樗麄冋J(rèn)為神盾局是保護(hù)異人的。他們虎視眈眈地盯著三人，這時(shí)，在這層監(jiān)獄盡頭，氣化的露西顯現(xiàn)了一下，詭異地笑著，又消失了。所有的監(jiān)獄門打開，犯人一一走出，包圍了他們?nèi)齻€(gè)。菲爾讓菲茨緊急打開了監(jiān)獄所有的門，三人這才逃出。
西蒙斯接受測(cè)試時(shí)，敏感的問題使她緊張。這時(shí)，局長走進(jìn)來帶她到另一間房密談。他就要跟敵視異人的納迪爾議長進(jìn)行電視辯論了，希望西蒙斯幫他。
氣化的鬼魂神出鬼沒，只有羅比能對(duì)付得了他們。羅比燒死了其中一個(gè)，連邁克都被感染了，邁克趕緊為自己注射針劑。他們倆總算找到了伊萊，帶他離開。
黛西將菲爾梅關(guān)進(jìn)了安全房間，她自己獨(dú)自面對(duì)大批被感染囚犯。由于骨折，她戴上了護(hù)臂，這樣就無法使用異能。最終，由于寡不敵眾，被人掐住了脖子，菲爾和梅在菲茨幫助下，設(shè)法離開安全屋及時(shí)趕到，
電視辯論中，為了說服對(duì)手，局長公布了自己就是一名異人的身份。他曾是個(gè)勇敢救人而聞名的英雄，在他做神盾局局長后，人類死亡率下降，現(xiàn)在，由于坦誠，他的支持率爆棚。但西蒙斯通過微表情觀察，隨后向他指出他話中的謊言，局長聽了，宣布取消今后對(duì)西蒙斯的測(cè)試，沉思著離開了。
邁克帶伊萊撤離過程中，幫助一個(gè)犯人臨時(shí)離開了一下，讓羅比帶著伊萊先走，結(jié)果羅比壓不住復(fù)仇的火焰，讓伊萊獨(dú)自去上飛行器，他除掉了那個(gè)當(dāng)年下令造成他們家庭慘劇的人。
大家會(huì)合后，發(fā)現(xiàn)不見了伊萊，伊萊已被露西劫持，上了一輛救護(hù)車。
為林肯的死亡而自暴自棄的黛西，刻意跟大家保持距離。梅告訴她沒用，她現(xiàn)在做的，就像曾經(jīng)的她。但菲爾的博愛，最終使她回到神盾局的群體中。
露西把《黑暗之書》放到伊萊面前，讓他來讀。伊萊的面前出現(xiàn)了文字，他驚喜地睜大了眼睛。
當(dāng)年，是喬瑟夫造出的機(jī)器實(shí)現(xiàn)了量子態(tài)能量永久儲(chǔ)存，這意味著可以無中生有地制造出萬物。但伊萊對(duì)此表示疑惑，因?yàn)閷?shí)驗(yàn)后的能量比實(shí)驗(yàn)前還多，這是說不通的，違反了熱力學(xué)第一定律。露西表示這正是天才之處，并在興奮中告知伊萊因?yàn)樗麄兊玫搅艘槐緯躺蚵牭郊泵χ浦沽怂抡f。
梅帶人進(jìn)入了動(dòng)力新能源實(shí)驗(yàn)室。發(fā)現(xiàn)露西來過，但早走了。但菲茲發(fā)現(xiàn)，露西帶走了幾樣?xùn)|西，猜她想再現(xiàn)當(dāng)初，逆轉(zhuǎn)回人形。為了阻止她再傷人，神盾局繼續(xù)追蹤。
黛西帶加布去見羅比。為了保證加布安全，他們告知了他部分真相。
局長杰弗瑞帶人前去逮捕黛西和羅比。邁克急忙通知倆人帶著加布藏到隔離艙。在隔離艙中，羅比向加布和盤說出所有真相，包括他們當(dāng)年的車禍和他的異變。
菲茲到處找菲爾，因?yàn)樗枰榭匆恍┛萍紤?zhàn)略資料。又找不到西蒙斯，西蒙斯被艾弗瑞以委派任務(wù)的形式帶離聯(lián)系不上。他發(fā)現(xiàn)了一家叫艾瑟丹公司跟動(dòng)力能源實(shí)驗(yàn)室有關(guān)。他找到了局長和菲爾，但發(fā)現(xiàn)局長更關(guān)注已關(guān)在艙內(nèi)的黛西羅比。憤怒的羅比化身惡靈騎士闖出了隔離艙，痛打艾弗瑞，幸虧菲爾讓加布及時(shí)制止。
菲茲得到了授權(quán)，查到了資料，洞見了露西的行動(dòng)。菲爾、邁克羅比等人趕往實(shí)驗(yàn)室支援梅。
羅比面對(duì)露西時(shí)，露西說車禍不是針對(duì)他們兄弟的，當(dāng)時(shí)喬瑟夫雇黑幫是為了殺掉伊萊，并說出了是羅比的舅舅伊萊想扮演上帝，制造了噩夢(mèng)。羅比焚燒了露西。
菲茲為了避免上千人喪生，讓邁克緊急通知黛西處理。
菲爾找到了伊萊，但為時(shí)已晚，此時(shí)他也發(fā)現(xiàn)了伊萊才是那個(gè)真正的幕后元兇。