梅、邁克進入實驗基地后，發現菲爾菲茲羅比蹤跡全無。回到神盾局后，杰弗瑞、黛西、加布和他們一起看了實驗基地的監視屏，發現，伊萊發出了一道白光沖擊波后，菲爾三個人一下子消失了。大家懷疑菲爾他信已被伊萊困進小箱子里，如同曾經的露西。大家心情都很沉重。
被白光沖擊波擊中的菲爾他們，發現邁克、梅等同事看不見他們。他們猜測著，他們不是死了而是被改變了存在形態。?他們看得到神盾局所有人在做什么，但卻無法對他們傳達訊息。羅比忽然覺得全身發冷，他似乎正在被拖往另一個空間。
黛西覺得事情也許還會有轉機。杰弗瑞同意她的觀點，于是打電話給納迪爾議長，想讓西蒙斯回來，但納迪爾沒有同意。原來，應納迪爾的請求，杰弗瑞讓西蒙斯去研究如何解救一個繭化人。西蒙斯最后成功地讓繭化人回到正常人的世界。
梅帶回了黑暗之書，想打開看有沒有什么辦法救回菲爾他們，邁克擔心她打開的是一個潘多拉之匣，制止了她。?
加布情緒也很低落，他覺得自己倆個至親，羅比、伊萊，自己竟然都不了解他們的另一面。
一直附身在羅比體內的惡靈騎士突然離體，附在了邁克身上。邁克騎上摩托車沖出了神盾局，黛西看情況不對，急忙開車跟在他身后，羅比也坐在車內，黛西卻看不到他。
邁克找到了跟伊萊合作過的華人幫，出手殺戮，黛西羅比趕到了。羅比勸說附身于邁克體內的惡靈離開邁克。從惡靈那兒，羅比知道了原來一切血案竟然都是舅舅伊萊制造的。惡靈懂得羅比正在被拖往什么地方，他就是從那兒地方逃出來的，他絕不想再回去。黛西勸說邁克回去，邁克卻頭部燃火，一步步向她走來。
為了解救黛西和邁克，羅比又跟惡靈做了筆交易，答應帶他一起去找伊萊復仇。惡靈這才重新回到羅比身上，離開了邁克。
杰弗瑞找到拉德克里夫博士，第一次見到了博士制造的完全仿真人艾達。梅將黑暗之書交給了博士，博士只看了幾頁，急忙合上，他認識到人類現在的大腦無法承載這樣的知識，讀了后只會造成傷害。這一切，被站在他們身邊的菲爾菲茲看在眼里，菲爾夸贊博士夠聰明，懂得這本書的害處。最后，這本書由艾達來讀，她作為一個被設計的人形機器人，不會受到傷害。
艾達著手建造了一個跨維度大門，菲爾菲茲終于回到了正常的世界。當邁克悲傷地以為羅比為他而死時，羅比也通過了大門，帶著他的惡靈，重返正常世界。他請邁克和他一起，清算最后一筆賬，舅舅伊萊制造的一切血債。
警察局和神盾局包圍了伊萊，記者采訪局長杰弗瑞，杰弗瑞只能暫時以事態正在發展，尚無可奉告先敷衍過去。他們必須得先集中全力，對付伊萊。他同意菲爾的建議，派出艾達、黛西、悠悠球埃琳娜、羅比等人去處理這次危機。
埃琳娜在偵察情況時，被伊萊制造的火墻燒傷了胳臂。羅比除掉了阻攔他的華人幫后，發現了伊萊建造的一個量子能源的大型電池。他正在查看究竟，伊萊出現，羅比正要變身惡靈騎士攻擊，反而被伊萊先出手弄傷。菲茲發現，這塊大電池事實上還是中子發射器，接近它就會觸發超臨界質量。危險超過以往，菲爾決定啟用B計劃了。
杰弗瑞從拉德克里夫博士那兒得知，艾達是讀了黑暗之書后建造了跨時空大門。他表示對艾達這個機器人有些擔憂。他會密切關注她，決定下一步該對她做什么。
羅比責問伊萊，為什么要變成殺人犯，辜負他和弟弟加布對他的信任。伊萊說因為他忍受不了動力實驗室那些白人同事，比如露西等人的傲慢。他要的是尊重。現在，他能徒手造出一座城市，也可以轉瞬之間毀滅它。他正在變成神。
菲茲已經找到了辦法，阻止伊萊的瘋狂行動。菲爾率人來到伊萊面前，吸引他的注意。果然，伊萊看到被他汽化的菲爾還好好地活著，感到不可思議。菲爾告訴伊萊，他并不是在創造，他只是在盜取能量。他每次盜取能量，都會造成地震。
艾達編制著跨時空大門，黛西吸收著震動波，埃琳娜拿專門對付伊萊的特制磁鐵，大家各自按計劃行動著。就連局長杰弗瑞也運用了他身為異人的力量，參與到行動中。受傷的羅比，用全身力量，再次化身惡靈騎士，揪住了伊萊。大量電池的門關上了，倆人焚燒著一同消失了。
黛西被人群發現，媒體們以為又是黛西制造了這些震動。局長杰弗瑞及時現身，還她以清白，并宣布她是神盾局的一員。菲爾和其它同事們對黛西重新成為神盾局一員而高興。邁克和埃琳娜數周未見，又一次擁抱相吻。
杰弗瑞同意了博士的研究項目，包括進一步完善艾達這樣的機器人，但要在神盾局監督之下。他派助手內桑森收拾博士的物品搬到神盾局。內桑森在收拾時，發現了艾達的秘密，他正要查看究竟，艾達出現扭斷了他的脖子。
艾達囚禁梅，是為了造出跟梅一樣的機器人替代品。現在，這個“梅”進入了神盾局的同事中，而大家毫無察覺。
杰弗瑞正安排大家如何妥善處理《黑暗之書》。菲爾告訴這個梅，協同博士清空艾達的硬盤，因為艾達讀過了《黑暗之書》。博士和菲茲替艾達惋惜，邁克提醒他們，艾達只是個機器人，首先要提防的是機器人的崛起和反擊殺戮。博士同意了。但博士和菲茲帶人去處理艾達時，反而被艾達所傷。艾達還殺掉了他們帶去的倆個警員。
維杰是納迪爾議員的親弟弟，他就是西蒙斯從繭里解救出來的那個異人。納迪爾帶他在幽靜的別墅里休養。她想探問維杰在繭里的七個月里究竟發生了什么，維杰沒說，而是向她夸起了解救他的西蒙斯。納迪爾議員對異人和神盾局一向充滿敵意，聽了這話很不高興地轉移了話題。
杰弗瑞帶黛西、西蒙斯去找維杰，而參議員顯然已安排監察者要除掉她的親弟弟維杰。但當監察者們真的用槍指住維杰的腦袋時，納迪爾還是心軟了。
杰弗瑞和黛西西蒙斯找到了別墅。納迪爾帶人攔住了他們。這時，樓上傳來槍響聲，原來，監察者們趁納迪爾不在場，想除掉維杰。維杰的異能被激發了，他除掉了他們。這時，西蒙斯和納迪爾同時走了進來，西蒙斯邀請維杰來神盾局，納迪爾表示反對，并說神盾局只是想把維杰變成可以利用的武器。她讓維杰跟她一起離開。維杰被姐姐的親情打動了，不料上了直升機，納迪爾就親手擊斃了自己的弟弟維杰。她這個舉動，再次獲得了監察者們的信任。
艾達進入了神盾局的電腦系統，她斷掉了整個基地的電源。艾達說她想拿到黑暗之書。菲爾安排邁克、悠悠球等人作阻止艾達進入基地的第一道防線，他和梅來阻止她進入基地。菲茲和博士去啟動基地的備用電源。
艾達通過梅，找到了菲爾以為隱藏得很好的黑暗之書。正要離去，菲茲和博士追上了她。菲茲已將基地系統重置，艾達無法離開了。?邁克趁其不備，從她背后砍下了她的頭顱，菲茲研究著這個頭顱。菲爾則準備自己獨自去處理掉黑暗之書。
事實上，博士才是幕后主使。現在，他正跟另一個艾達說著心聲。他想得到黑暗之書，從而實現人類的永生。?下一步，他準備利用梅來達到這個目的。