一九四九年，解放軍陳兵江北，蓄勢待發，為保住國民黨的的半壁江山，蔣介石集團不惜任何代價對異已人物，特別是軍隊中的進步將領實際了法西斯式的秘殺行動，在黑暗和光明的交替中，刀與槍、血與火、靈與肉、正義與進步、邪惡與忠誠全部喋血在一份絕密的名單里。
以毛人鳳為首的特務組織不斷進行著暗殺，名單上的一些軍官相繼被殺死。高啟平接到電話說一個可疑信號電臺來自周立群處，蔣處長接到電話后趕到他的住處。上海中心局情報處長沈劍秋在圖書館里看到了一張圖書卡。周立群在發報時聽到了動靜，他開槍還擊后引爆了手雷。
沈劍秋開槍打死三個殺手，他回去后翻譯出了：保密局出爐一秘殺名單，涉及國軍眾多將領，動機內容不詳，委員長待從室中校林怡協助此次行動，我似乎已被察覺，切勿聯絡。沈劍秋看后將卡片和信紙燒毀，他出去后知道了周立群處已經出事。
前去和周立群接頭的黃谷昌被他們發現，追的人問沈劍秋時，他說自己沒看見什么人。嚴敬堯接到通報說周立群死了，黨組織接到他未發完的電文后感覺情況不妙。徐志道來到上海找到嚴敬堯，他提起了那份秘殺名單的事兒。沈劍秋感覺連續被殺的國軍將領絕非共產黨人員所為，案子落在了他的身上。
蔣處長命人展開第二輪暗殺，高啟平的表現被提拔為中校副官，蔣處長命他將黑道上的事情處理好。林怡來到了上海站，她見到嚴敬堯，嚴敬堯送她一副字畫，他說秘殺名單一份在自己手里，另一份在那副畫中。
林怡將那副畫掛在了床頭，周立群犧牲后沈劍秋不知道該和誰聯系，他的犧牲讓劍俠成為大海里的一艘孤舟。組織上保護劍俠起動了漁夫計劃，沈劍俠接到了保密局打來的電話，他打電話給了方處長，說要在老地方請他吃飯。
上海地下黨的同志知道了敵人制定的秘殺計劃，但不清楚是哪些名單。獨眼龍麻三的手下在蹲守時被沈劍秋打死，他趕快到的時候已經晚了。麻三說他見過那個穿軍裝的人，蔣處長讓他抓緊找到了那個人的身份。
黃谷昌被軍統的人抓住，但他在監獄中面對嚴刑拷打什么也沒說。沈劍秋問起方處長秘殺名單的事兒，他說自己只是略有耳聞，方處長提起了他的外甥女夏冰。仇貫三不小心把秘殺計劃泄露，蔣處長讓人立刻除去他，他想讓林怡動手。林怡是林長續的女兒，她被調來肯定是執行秘密任務的。
方處長將林怡的電話號碼告訴了沈劍秋，沈劍秋讓他幫自己請行動處的人吃個飯，最好能有林怡參加。沈劍秋不明白那個電話是誰打來的，如果是周立群打來的，他將暴露在敵人視線之內。林怡來到仇貫三家中，她說是的特別看望他的，趁他去倒水之機林怡將毒藥放入他的藥中，仇貫三發現了不對勁兒，林怡還是開槍打死了他。
羅英回來后說陳大夫犧牲了，診所被保密局的人摧毀。上海保密局長說局里的精兵強將早已被調走，這兒成了總統府的后勤處了。
林怡的父親因不愿意做共產黨的俘虜自殺，藤世來見死不救。黃谷昌在保密局監獄中受審，他說了藤世杰的一些情況，審問他的人說眼下藤世杰都自身難保，他不明白梁秘書的情況。?黃谷昌被迫交待了見面的事情，黃少雄審問完后向蔣處長匯報了情況，他說是藤世杰的秘書，蔣處長命他立刻去抓獲藤世杰。林怡的舅舅將軍統的情況告訴了林怡，她讓他設法阻止，這也許是她復仇最后的機會。
保密局的麻三去中心局查看沈劍秋的檔案，局長知道了沈劍秋的檔案被查，他感覺一定有不可告人的陰謀。和黃谷昌接頭的人約定在遠東飯店，那兒早已被設好了埋伏，梁秘書知道有埋伏后急忙逃走。?埋伏的人沒抓住梁秘書，梁秘書被告知黃谷昌已叛變。梁秘書建議救他的人跟他一起走，那人正是盧仲林，他是監獄的看完，當時審黃谷昌的時候他在場做記錄。?盧仲林也被下發了通輯令，林怡說盧仲林是他表舅，并說是自己讓他營救梁秘書的，蔣處長知道后諒解了她，對于盧仲林的抓捕要重新布置。
麻三回去后被安排到王寶和餐廳，麻三在吃飯的時候喝醉了。?羅英無意中打了陶公，他們想通過陶公和劍俠取得聯系，陶公認識沈劍秋，組織上要求地下黨盡量保護這批國民黨將領。趙副官將麻三拉到了荒郊野外，在趙副官的逼問下麻三交待了查沈劍秋是因為周立群的最后一個電話是打給他的，趙副官開槍殺了麻三。?趙副官給林怡打電話，可沒人接聽。蔣處長接到獨眼龍麻三不見后的消息后很生氣。
蔣公綽將麻三的死告訴了局長，他已命人查找麻三的下落。沈劍秋知道了黃少雄帶的消息，夏冰的方叔叔再次幫了他。蔣公綽召集人開會，他分三組去尋找麻三下落。?中心局的人到了機房后發現保密局的人已經事先到達，他們就回去了。黃少雄對機房的記事員進行盤問，他知道了最后一個電話是打給沈劍秋的。林怡開槍打死了她以前的男朋友，她打電話叫保密局的人去收尸。
保密局的人到后處理了尸首。黃少雄找到了麻三，現場發現了軍方吉普車的輪胎印。麻在死讓毛人鳳決定將密殺計劃暫停，蔣公綽對于麻三的做法很為惱火。黃少雄將眾多疑點指向了沈劍秋，蔣公綽打算申請秘密調查上海中心局和沈劍秋。?林怡在車站沒接到要接的人，這位保密局中校諜報員葉夢辛化妝成老太太讓他們沒認出來，她和林怡交手后葉夢辛露出了真正的面容。葉夢辛是三四年被派到美國學習的，嚴副局長將保密局的人介紹給她認識。?葉夢辛一到保密局就被安排了中校軍銜，還專門配了車。蔣公綽發現上海中心局副局長李子賢的車最為懷疑，他們立即對李子賢展開調查。陶公亮給林怡打去電話，她說什么時候對他都方便。
林怡換上了便裝見到陶公亮，他們南京一別后一年多沒見了，林怡一直無法相信自己的父親離開自己，他問起了她為啥來到保密局。陶公亮說他快結婚了，他看到了林怡的閨房。?陶公亮送給林怡一副她的畫像，他看到了林怡床頭的那幅畫，她說是蔣夫人送給她的。沈劍秋出來后被黃少雄跟蹤，他感覺到了情況不對，唯一的聯系人周立群犧牲，黃谷昌也被保密局抓獲，他不知道自己該聯系誰，他成了大海里的一葉孤舟。
由于林怡為父親的周年做祭拜，陶公亮決定晚闖林怡的處所。黃少雄對沈劍秋的跟蹤早已被發現，他準備先斬后奏。當沈劍秋被黃少雄的人帶走的時候被路過的林怡救下，沈劍秋給榮軍俱樂部打去電話知道了十點結束。?蔣公綽對黃少雄的私自行動加入批評，他警告他沒有他的命令不準擅自行動。沈劍秋來到林怡家中打開了保險柜，里面的東西讓他很失望，林怡早就想到了有個要打開這個保險柜。
沈劍秋用手電照上了那副畫，他發現進來的是陶公亮，兩人對上了暗語，他倆都沒想到是這樣的結果。?劍俠終于找到了組織，他知道了掌柜的存在。陶公亮將認識林怡的事情告訴了沈劍秋，沈劍秋認為她家中肯定有他們想要的東西，他們沒想到林怡這么富有心計。?黃少雄帶人在中心局的電話里安裝了監聽裝置，哨兵的話讓保密局監聽系統徹底暴露。