張清向瓊英求婚，表白心跡，甘愿留在山上，二人定下海誓山盟。張順和解珍解寶兄弟假扮難民也混進了山寨，張清寫好書信，讓張順偷偷溜出山寨帶給宋江，約好次日婚禮時里應外合拿下山寨。
葉清發現了送信的張順，告知瓊英。瓊英不動聲色，穩住張清等人，把解家兄弟用酒灌醉抓住。轉天婚禮上，瓊英發難，告訴張清自己已經知道他的陰謀，早就在山上做好埋伏，等著梁山軍鉆進圈套。
張清不顧危難，苦勸瓊英投降，瓊英卻仍舊做困獸之斗，想要和宋軍決一死戰。宋軍大兵壓境，攻破了山寨，瓊英見大勢已去，也終于明白了張清的苦心，束手投降。戰后，宋江為張清和瓊英補辦了沒有完成的婚禮。
梁山大軍繼續南下，終于攻下網師園，收復蘇州，王英、扈三娘戰死。然而蔡京高俅不給他喘息的機會，急命催促梁山軍繼續攻打杭州。
杭州易守難攻，梁山眾將發愁，宋江力排眾議，執意要與方臘見面和談，并派李逵和燕青去送信。蔡京得知此事，又在徽宗面前進讒言，宿太尉據理力爭，徽宗最終答應靜觀其變。
宋江苦于方臘不肯相見，想要派人再去傳話。吳用獻計，想讓送信人帶上火藥，潛到城門口安放炸藥，若勸降不成，便炸開城門，攻入杭州。但此行兇險，稍有偏差就會喪命，水性好的將領們都爭搶著去，最后宋江欽點張順，張順欣然領命而去。
張順爬上杭州城外的涌金門，喊著自己是來送信的，卻中了龐萬春的埋伏，萬箭齊發，張順中箭落水。宋江下令炮轟涌金門，火燒水淹，終于攻破杭州。
杭州城內，梁山將領靈堂上，擺滿了一具具尸體，血跡未干，童貫前來犒軍，明知宋江等人悲痛欲絕，仍要他們欣賞皇帝賞賜的鼓樂，宋江只有默默忍受。
梁山軍攻陷方臘的皇宮，方臘早已逃走。阮氏兄弟穿上方臘的龍袍，扮做皇帝和方臘，做游戲將假方臘拉出來斬首，宋江盧俊義發現，將他們斥責了一頓，責令脫去龍袍，讓他們繼續追擊，尋找方臘的蹤跡。
阮氏兄弟追上方臘殘部，一番血戰，阮小七受傷，方臘逃脫，阮小二讓兩個弟弟回營報信，自己尋著方臘的蹤跡繼續追蹤，沿途好留下記號，給后面的援軍。阮小五放心不下，又返回來，兄弟二人一起與方臘殘部血戰，寡不敵眾，口唱山歌，雙雙陣亡。與此同時，張清夫婦也在戰亂中戰死。
阮小七回到大營，卻得到兩位哥哥全部戰死的消息。吳用讓小七護送哥哥們的靈柩回鄉，從此隱居不要回來，希望能夠為阮家抱住一脈香煙，小七不肯，述說當日石碣村七人聚義的緣由，表示寧肯戰死絕不退縮。
方臘帶著殘部路遇菜園子張青孫二娘夫婦，又是一場混戰，張青和孫二娘奮力將方臘殘部剿滅，雙雙戰死，但方臘卻又命大逃脫。
誰知前面還有武松攔住去路，二人交手，武松一只胳膊被兵器刺中，插入柱子，他忍痛砍掉自己的手臂，追上方臘，以一只手臂將方臘擒住。方臘起義軍自此才全部被剿滅殆盡。
宋江探訪囚牢中的方臘，方臘贈給宋江自己的一條紅頭巾，他敬佩宋江是一名英雄，滿懷惺惺相惜之意，而宋江卻唾棄他造反作亂禍害黎民，方臘告誡宋江警惕J臣，而宋江不為所動，話不投機，宋江拂袖離去。
童貫視差前線，要將方臘部下的兵將們全部斬首，宋江苦苦求情，說明那些都是被迫為賊的良民，童貫不允，告訴他一日為賊，終身不改，宋江似是聽出了一些弦外之音。
徽宗聽聞方臘叛軍被平定，召宋江率領梁山軍回京接受封賞。
魯智深在六和寺中聽見潮信，這才明白當年五臺山文殊院智真長老留給自己的八字之含義，遂含笑而逝。宋江等人前來寺中看望魯智深，只見到他的尸體，和他留下的一首偈語，眾人悲痛，宋江難過病倒。
武松向宋江辭行，愿意留在寺內修行，請他抹去請功名單上自己的名字。宋江心里不舍，卻不愿強人所難，希望武松日后能得善終。武松從此再也沒離開六和寺，直到八十歲善終。