狄府外重兵把守，狄仁杰見此便讓元芳馬上去將張柬之和國師弘毅請到府內，然后再查探下近期內是否有武氏子弟意外身亡的消息。狄府前門重病把守他們自是進不去，鄰居家的密道也走不得，狄仁杰只好巧用爆竹之計從后門中的暗道回進入狄府。
狄春不解狄仁杰為何不留在沈府，反倒要重回狄府。狄仁杰只道自己家里才是最安全的，他在狄府發現了四個可疑的點。第一，打掃房屋讓客人入住是人之常情，但是將客廳布置一新則大可不必。第二，這種大戶人家端茶的理應是女仆，他卻用了一個笨手笨腳的壯漢，還有這個仆人的服飾和新用的抹布都是新的，這不合常理。第三，這個仆人灑了茶水之后慌忙道歉，說在下該死，在下這個詞一般是江湖中人才用得到。第四點則是那個香爐，他在香爐上發現了血跡，聯系到這一系列的反常，他猜想在他們到達之前那里可能發生過一場血案，所以這才將客廳布置一新，目的就是為了偽造現場。
張柬之與國師到府后，狄仁杰將此行的收獲告訴了他們。陽明宮不過是幾間破草屋而已，別說是青銅樹，就連一件青銅器皿他們都未曾找到，不過倒是找到了一個三辰儀。國師一見到三辰儀便認出了此物，此物乃是他的恩師李淳風精研多年之物，能察天象識地理，神秘莫測。話畢，他拿出了一張青銅樹畫紙一番侃侃解說。調查陽明宮一事只有國師與太平公主兩人知曉，可消息卻無端走漏，現在國師對著這三辰儀又一番侃侃解說，還帶著圖紙，狄仁杰突然想起忘風道長的坐化極有可能還有另一層含義，現在他最好的辦法就是與之周旋，因勢利導。
國師帶著圖紙和三辰儀給狄仁杰、張柬之做了進一步的研究和講解。而另一邊，元芳也奉命來調查武氏子孫的靈堂，他到棺木旁查看卻意外發現棺木底是空的，恰巧此時，靈堂旁邊的一密室打開了門，幾人從密室中走出。待幾人走遠后，元芳進入了密室查看，密室之中是一處染坊，蹊蹺的是里邊所染的布居然是黑色的，而且邙山寺的供奉的那尊蛇妖像也出現在了這里，元芳想上前查看卻無意中發現了另一些東西，在沉家堡攻擊他們那些人所穿著的黑衣服、箭頭以及黑蛇，元芳看這一切似乎是明白了什么，他收集了一塊黑布打算帶回去給狄仁杰查看。
密室之中突然出現了另一神秘黑衣人，元芳與她交起手來，最終神秘黑衣人被元芳打倒在地。元芳上前揭開了黑衣人的面罩，這才發現她居然是南雁。兩人離開了密室之后元芳問起南雁是否跟蹤他，南雁只道元芳想太多了，便向前離去。
國師向狄仁杰和張柬之講解了青銅樹其中的玄妙，狄仁杰認為此事有必要讓朝中百官知曉，而他現如今是戴罪之身不便出面，此事只好讓張柬之來完成。國師和張柬之離開后，元芳也回到了狄府，他告訴狄仁杰事情確實是如狄仁杰所料，現所有的線索他已經掌握了，狄仁杰決定明日就開始反擊。
第二日，張柬之在朝堂之上告訴眾人他已經破解了青銅樹的秘密，他讓武三思在今晚子時將文武百官召集到上陽宮的青銅樹前，他將為眾人揭密。子夜時分，國師帶著三辰儀來到了青銅樹前，他將三辰儀放到了青銅樹前道出一番深刻含義的話，武三思認為國師與張柬之就是在胡說八道，妖言惑眾，便想命人將他們押入大理寺。恰巧此時，太平公主帶著另一節青銅樹枝也趕到了上陽宮，她將青銅樹枝安上去之后國師道出了青銅樹上的偈語，偈語中有著挽救武周王朝的辦法。
武三思與武懿宗認為國師就是在危言聳聽，兩人仗著自己手中的權力想以太平公主盜走青銅枝條，挾持陛下為由拿下太平公主，太平公主亮出了自己的免死金牌，可兩人還是依舊不肯罷休。就在此時，國師身旁的隨從卻亮明身份，站了出來為太平公主說話，原來這兩人竟是戴著人皮面具的狄仁杰與李元芳。
狄仁杰告訴眾人取走青銅枝條和轉移陛下一事皆是他與元芳所為，與太平公主無任何關系。武三思聽此還想仗著自己的權利取了狄仁杰的性命，狄仁杰聽道他的命只有當今天子才可以定奪。話畢，他便請了武則天出來臨朝聽政。武三思和武懿宗看到武則天都大吃一驚，連忙聲聲為自己辯解，將事情都推到了狄仁杰身上。幸虧是武則天明察秋毫，她一道旨意恢復了狄仁杰的官位。
朝堂上，狄仁杰為眾人解開疑惑。原來從大震以來所發生的種種案件均是一個危害天下且圖謀深險的逆賊組織所為，他們的目的便是要借天災而興人禍，先以蛇蟲制造恐怖輿論，繼而以奪糧撼動朝廷的權威，然后將這一切都假以天罰的借口蠱惑民心，崩潰朝政，最后便趁著天下大亂之時，用搶奪來的賑災糧籠絡災民，以響應他們振臂一呼，與武皇爭奪天下。
武則天對狄仁杰此次立的功勞大加贊賞，隨即狄仁杰也為他們解開了青銅樹中玄機。兇手在青銅樹上下了劇烈的蛇毒，而武皇與太平公主所用的唇紙之中也潛藏著毒素，兩種毒素能夠相互作用，通過呼吸進入人體，毒發傷人，因此武皇和公主是將此毒素吸入了體內，這才先后中毒。
狄仁杰告訴武則天青銅樹上神語的意圖是說女主不當擁有神器，母女相害一定會同歸于盡，天下社稷因此必不能久存。武則天聽完后十分憤怒，她命狄仁杰要不惜一切代價找到這幫逆賊，不管是誰都要一查到底。
狄仁杰表示從目前的種種跡象表明，此事極有可能與武氏子弟有關，此言一出群臣都議論紛紛，武則天更是指責狄仁杰大膽放肆，江山乃是他們武家的，難不成他們還會自毀江山？話畢，武則天身體便出現不適，只好宣布退朝。
狄仁杰讓元芳晚上再探查一次上陽宮，果然如狄仁杰所料元芳探查到了一些重要的信息。三個織造官員都同時意外死亡，死因不明，而他潛入戶部調查檔案竟發現他們三人的名字均沒有被消除。狄仁杰認為這三人既然是織造官，他們的死就必定與染毒的服裝有關。這三人極有可能是浸毒服裝的研制者，而今日他在朝堂上敲山震虎，所以這伙人很可能是怕自己暴露所以才被假死轉移。他們應該是被秘密轉移到某處繼續進行他們的陰謀，而妄圖以假死來阻止他們調查取證。
元芳認為今日武三思等人雖然極其囂張，但卻被狄仁杰扳回一局，而他不解的是武三思等人為何不在朝堂上為他們自己辯解，狄仁杰只道他們是害怕武皇追查起了蛇毒，他們的種種行動都與蛇毒有關，如果武皇追查起來的話暴露的是他們自己，而他之所以不窮追猛打是因為陛下對他們的行動也是了如指掌的，他相信武皇是一個深明大義的天子，會處理好自己家族的事，他們現如今要做的就是查明事實的真相，輔佐武皇穩定朝綱。
元芳決定先順藤摸瓜找到他們的藏身之所，除此之外，狄仁杰還將另一件事情交待給了元芳。第二日朝堂上，狄仁杰借以胡旋舞向武皇稟報了織造官員武元惠和其它兩個織造官員均在同一時間離奇死亡的事情，武皇聽此大為震怒責問武懿宗為何不報此事，武懿宗只解釋道幾人是為國殉難，因怕陛下傷心故而未報。
狄仁杰在一旁指出了其中的蹊蹺之處，既然三人是因國殉難，可死亡后戶部檔案都并未除名，而且也不發訃聞，更是沒有設靈堂。武皇聽此便要求狄仁杰徹查此事，狄仁杰只道自己已經查清楚涉案實情，現這三人的遺體就在武景曜的靈堂中，他希望武皇能夠前去吊唁。武三思和武懿宗聽此便加以阻撓，但狄仁杰以性命擔保他所言不虛，武皇決定前往武景曜靈堂吊唁。
武景曜靈堂中，武皇吊唁完便命狄仁杰與李元芳兩人搜查整個靈堂，武三思對此多加阻攔但卻未果。李元芳從靈堂中棺木的下邊發現了一條密道，密道中設有一機關，他將機關打開之后，靈堂內密室的門也被打開，眾人對此大為好奇，都隨著武則天進入密室，結果發現里邊竟是一處染坊，而且武元惠和其他兩個織造官員也均在染坊內。武皇當即便命人將三人都拿下，然后交與狄仁杰審問。
狄仁杰告訴武皇那支胡旋舞精美服裝的制造者便是武元惠，而武元惠也曾利用此服裝來介入謀反，犯罪殺人。武元惠對此矢口否認，狄仁杰只道幾年前有人將此服裝進貢到宮里，而不想此物竟被武元惠陰謀利用了，再加上前不久這種衣料也竟離奇地出現在了沉家堡兇手的身上，這就說明武元惠與此次的案件脫不了干系。話畢，狄仁杰拿出了沉家堡兇手身上的一塊衣布，這絲質與染坊內的布料形同一匹，分毫不差。
武元惠聽到這里還是極力為自己辯解著，單單憑相同的布料并不能將他治罪。狄元杰讓元芳上前揭開了裝著毒蛇、毒箭頭、毒衣服的箱子，如此一來這所有的事情都明朗了，武元惠這三人確實是參與了謀反。武元惠看此也深知此次行動的失敗，他們三人竟都選擇服毒自盡，而三人在臨死前都念了一首偈語。
夜晚，狄仁杰和張柬之將今天的調查結果和武則天詳說，他們兩人一致認為武元惠這三人在臨死前所念偈語，當中提到的蚩伶定與這個謀反的組織有關，而狄仁杰也深知，目前查到這里所有的線索都斷了，可勝蚩伶不利于武皇的陰謀這才剛剛開始。
勝蚩伶前來找武懿宗，他告訴武懿宗他與武三思兩人目前不會有任何危險，武則天現在必定不會動他們兩人，而他們也只有配合他的行動，這才能打敗狄仁杰。此夜他夜觀天象，已經發現了祥瑞之召，點石成金的光明圣水即將出現，這意味著距離武三思榮登寶座的時間也越來越近了，至于狄仁杰此人他早已經有了對付的辦法。
朝堂上，官員們上奏武則天，想讓武則天順著李淳風的推背圖立刻著手修造天樞，以興國運。狄仁杰對此極力反對，修建天樞是大工程需要耗費巨大的人力物力，如今大災剛過，朝廷若再興此大役，老百姓必定雪上加霜，依他之見真正的天樞在于人心，如果武皇能夠以此財力與民生息，讓他們感受到皇恩浩蕩，這會比起修建天樞這個方法好過千百倍。
武皇認為百姓的生計要管，而大周的國運也不可不顧。此時國師也出來力主修建天樞一事，武則天一番權衡利弊后便把安撫百姓一事交給了張柬之，而修建天樞之事交給了國師。國師此時還認為青銅樹花苞上所刻的波斯古語應先破解再建天樞，武天則認為他說得也十分在理，于是便下令全天下重金和高官懸賞能解讀這波斯古語之人。此外武則天還將武三思與武懿宗兩人停職反省。
狄仁杰覺得這青銅樹一案遠遠沒有表面的這么簡單，案件雖然至此是告一段落了，可案件中的種種疑點他們還沒有弄明白。以往的斷案他總能層層剝繭，即使遇到再難的案件他也能提前預察，巧為抽身與應對，而這一次他雖然也預感到背后有一只無形的大手在牽引著他們，可他始終看不清那個人的身份。
狄仁杰認為他們之所以陷入了如此困境是因為對手利用了武氏家族，令他們即便鎖定了目標也會投鼠忌器，礙于陛下的顏面而不敢行動。所以投鼠忌器的事情他們不做，但他們可以采用老百姓最常用的捉鼠辦法來捉出這只大老鼠，最簡單的辦法也往往是最有效的辦法。
張柬之回到府后也感到了此事的不對頭，他趕緊前來狄府尋找狄仁杰，他認為形勢如此下去，武周怕是要滅亡。狄仁杰只道自己也并不相信一本書會決定一個朝代的存亡，可陛下和百姓們都較為迷信，他們不可能通過幾次舌戰群儒就改變幾千年來形成的信仰。如果他們沒有用事實來揭破這些謊言的話，恐怕陛下也很難阻止這次行動的開始。至于這個揭破的時間則要選擇在最恰當的時機方才得效。話畢，狄仁杰突想起了他們在沉家堡酒宴上遇到的那名懂波斯古語的詩人，狄仁杰認為此人定能勝此任，他決定明日便前去找這位詩人。
狄仁杰決定請沉玉幫忙并就此對他進行深入的考察。于是第二日，狄仁杰帶著元芳前來沈府，他向沉玉問起那位懂波斯古語的詩人，沉玉只道那個人是他的好朋友，名叫達斯坦。達斯坦是著名的波斯學者，狄仁杰也曾聽過他的事跡，他將達斯坦與王子前來借兵復國的事跡講給了眾人聽并詢問沉玉達斯坦是否識得波斯古文，沉玉認為達斯坦是著名學者，必定是識得波斯古文。
狄仁杰將此消息稟報給了武則天，他認為沉玉目前是可以相信的。武則天聽罷便命沉玉為迎請副使，與國師弘毅兩人前往乾元鎮迎接達斯坦來朝。次日，沉玉與國師兩人接到命令后馬上趕往乾元鎮，但達斯坦已經早已經被人先行接走了，接走達斯坦的人自稱是皇使，國師感到其中的不對勁便馬上與沉玉兩人往回趕，結果兩人在途中遭遇了蜂群和箭雨的攻擊。
待躲過這兩次劫難后，國師才想起向他們所攻擊的箭都是沒有箭頭的，而蜂群也不會致命，因此這些人并不是真正想取他們的性命，而是想拖延時間。至于這一切事情的真相只有等他們回到神都方可知曉。