祁鈺見到允賢與皇上深夜獨處，黯然神傷，并向他宮中的錦衣衛朋友探聽了此事，得知皇上的確對允賢有眷戀之心。汪國公暗中設計離間皇上與郕王，卻意外打聽到允賢建議皇上擴建御藥房，好為宮內的宮女太監開診布藥的消息。朝堂上，皇上向眾臣提及此事，眾多老臣一聽皇上要改革祖制，紛紛表示反對，繼而扯出允賢掌管御藥房卻越職為宮人們診病的事，大肆參奏允賢，還將允賢說成不堪之人。皇上聽臣子們如此侮辱允賢，且不把他的話放在眼里，大怒，與朝臣們大起爭執，還下令將反對的臣子都拉出去杖責五十。太后聞訊趕到，制止皇上責罰朝臣，并宣布擴建御藥房之事就此打住，還讓朝臣們就此退朝，皇上讓朝臣們回來，卻根本無人理會。
祁鈺聽說了朝臣們在朝堂上對允賢群起而攻之的事情，急忙去找允賢，勸允賢辭官出宮，允賢因家族舊案未翻，皇后又還未懷上龍子，遂不愿辭官。不料祁鈺竟對允賢說出“花蕊夫人”的典故——宋太宗與宋太祖共爭一女，以此暗示如今皇上與他爭允賢，見祁鈺如此懷疑自己，允賢傷心不已，讓祁鈺離開御藥房。祁鈺前腳剛走，太后就派人傳召允賢。因皇上為了允賢不惜與群臣大起爭執，太后竟欲用毒酒將允賢賜死，皇后趕來為允賢求情，卻被太后推到在地，磕破了頭，允賢趕緊上前為皇后把脈，竟發現皇后或有喜，皇后以允賢為她調理身子有功且龍胎安全有賴允賢保障為由，請求太后一定要饒過允賢。程十三與劉平安同時前來為皇后診脈，程十三諂媚，只賀皇上有了龍嗣之喜，劉平安則如實道出，皇后因為受了驚嚇需要好好保養，否則將有滑胎的危險。皇上問宮女皇后怎么會受到驚嚇，這才知道太后欲殺允賢之事，于是皇上也撂下話威脅太后——如果允賢有事，他亦不會放過太后的外甥女安和郡主。
汪國公在太后面前再進讒言，鼓動太后除去皇上，太后想到皇上對她的威脅，亦覺得等皇后產下龍子皇上也將可有可無。王振挑唆皇上，說允賢此次之所以差點丟掉性命，全是因為汪國公汪英在背后使壞，鼓動皇上派人暗殺汪國公。皇上將欲除去汪國公之事告知皇后，皇后卻大力勸諫，皇上一時氣憤，失手將皇后攘倒在地，皇后又一次險些有滑胎之憂。皇后仔細向皇上說明不可殺掉汪國公的原因，皇上遂答應皇后收回成命，王振則不得已叫曹吉祥撤回東廠殺手。
允賢險些被太后以毒酒賜死，想殺死汪國公泄憤又不成，皇上因此滿腔憤懣。允賢勸皇上一定要謹慎行事，步步為營，切勿再隨心所欲濫殺臣子。皇上叫允賢不要同他說這些大道理，并說自己是皇帝，想做什么就做什么，包括得到允賢。激動之下，皇上一把抱過允賢，問允賢是否早就知道自己喜歡她，還問允賢是否也對他動過一點男女之情，允賢想到自己曾對皇后立下的重誓，且與祁鈺早已立下婚約，堅定地說沒有。皇上冷靜下來，說自己以后會盡力把允賢當做妹妹，不會再心存執念。
允賢與父親及奶奶重逢，其義父于東洋也被皇上重新召回京中做官。允賢將祁鈺欲馬上帶她回郕州的事說給父親和奶奶聽，奶奶說眼下祁鈺還未正式迎娶允賢，允賢就這樣跟著祁鈺回郕州實在不妥，杭父則說如今朝局動蕩，太后欲重新執政，皇上對杭家有大恩，允賢也應當留在京中為皇上盡綿薄之力。允賢與祁鈺商量此事，祁鈺亦不忍心在皇兄腹背受敵的時候，棄皇兄而去，于是同意與允賢共留京中。
太后覺得只有皇后腹中一個龍嗣，廢掉皇上另立新君的事還沒有十分的把握，于是與程十三商量出“王子換太子”的計謀，打算將藩王家的孩子安在皇上的兩位妃子身上。
允賢整理出藥膳筆記呈給皇上，希望皇上能為百姓修醫術，由此也算皇上功德一件。皇上要將醫書署允賢之名，允賢知道經過上次她提議擴建御藥房之事，朝臣都對她甚為反感，覺得此舉不妥，不愿署名。于是，皇上想出從他與允賢的名字中各取一字的法子，署名鄭賢，意為鄭齊與允賢。
允賢將整理好的藥膳筆記送給其師父劉平安批閱，劉平安提議將此筆記也拿給允賢的師兄村霞批注，允賢同意，覺得越多人看越好。村霞看著允賢送來的藥膳筆記，正感嘆師妹確實有真才是干，其叔父程十三卻來找他共同謀劃“王子換太子”的計謀，村霞以混淆王室血統是殺頭之罪為由拒絕了叔父的要求。程十三看到村霞手上的藥膳手稿，問是什么，村霞害怕叔父知道自己幫允賢批注藥稿，只說是一個開醫館的朋友送來給他過過眼的東西。
晚上，程十三再來找村霞，小廝回報稱村霞去出診了，程十三看到村霞桌上的藥膳手稿，感嘆這真是一個大好機會！次日，程十三找來太醫院多位太醫，讓太醫們幫他重新抄寫允賢的藥膳手稿，并且叮囑他們盡量多做修改。
祁鈺受命前往大同與瓦剌人交涉，允賢給祁鈺送別，叮囑他一定要小心保護自己，祁鈺則說自己一定會平安回來早日迎娶允賢，二人依依惜別。轉眼離祁鈺出使大同已經過去兩月，錢皇后的肚子也眼見著大了起來。允賢去給義母賀壽，見義母最近熱衷于食用“藥膳”，對此感興趣起來，于夫人于是拿出現在京中廣為流傳的據說是由太醫院程院判編纂的藥書給允賢過目，允賢驚訝地發現此書竟是程十三抄襲于她的藥稿。允賢氣沖沖地拿著程十三的新書去質問他——身為太醫院的前輩為何要抄襲她的藥稿，程十三這才明白過來原來那摞手稿來自允賢。但為了保住自己的顏面，他仍矢口否認，允賢于是舉出程十三書中的“七神歸元湯”的主料及配料都與她譚家祖傳秘方中的“七神歸元丸”一模一樣。見程十三毫無悔意，允賢打算進宮去向皇上告狀，村霞為了袒護叔叔，請求允賢不要去告發程十三，允賢礙于同門情誼答應暫且不去揭發此事。程十三在村霞面前假意悔改，轉背卻去向太后揭穿了允賢是當年太醫院譚復孫女之事，太后知情后打算殺掉允賢。程十三知道就這樣處決允賢勢必會遭到皇上的阻撓，于是又生出毒計——讓劉妃假裝暈倒，繼而讓其請允賢為她診脈，后又安排劉妃小產，并將此罪名推到允賢身上。
太后以允賢“殘害龍嗣”為由要將其賜死，皇上堅決阻撓。允賢則鎮定自辯，稱劉妃的確小產無疑，但早上讓她診脈之人卻并非劉妃，因那人為罕有的奇飛脈，允賢早上診脈時就已發現并將此事告知了其師父劉平安記錄在冊，而眼前劉妃并非有奇飛脈之人。允賢字字鏗鏘，劉妃亦主動招認自己系受太后指使陷害允賢。真相已經昭然于心，太后知道自己的計謀被拆穿，強行將程十三帶出了劉妃寢殿，并打發其他自行逃命。
村霞因叔父抄襲了允賢的藥稿之事向允賢賠罪，并請求允賢看在其叔父經營太醫院多年沒有功勞也有苦勞的份上原諒叔父，還說叔父上次為了醫治瘟疫，甚至不小心燙掉了自己虎口上的胎記。允賢得知程十三虎口上有胎記，記起當年陷害譚家害死爺爺和哥哥的J人。皇上幫允賢在太后面前重翻舊案，指出太后的心腹程十三才是當年害她小產的真兇。太后盛怒之下說要殺了程十三，內監曹吉祥聽聞立即將其一刀刺死。舊事重提，太后急怒攻心，中風病倒。曹吉祥秘密將程十三帶回東廠，原來他那一刀并未刺中程十三的要害，而他之所以將程十三帶回來，則是想獲悉更多關于太后的秘密。
皇上命允賢編發的《太平藥膳方》也已編印完成，百姓得到免費派發的藥書，都對皇上的仁政贊不絕口。