太后因郕王拒絕了她的安排而大為惱怒，將郕王軟禁，郕王因此而沒有去成永慶庵赴約，反而讓王振在永慶庵布下的捕殺他的埋伏落了空，知道太后想扶立郕王為新君不成，王振反而放棄了置郕王于死地的念頭，轉而一心只想扳倒太后。
徐侍郎與杭綱（允賢父親）商量徐家大少爺與允賢的婚事，莽撞的允賢闖到正堂當面拒絕，并揚言要終身伴在奶奶身邊盡孝，杭家的女婿要做倒插門，聽完此語，覺得受到羞辱的徐侍郎憤然離去，杭父也因此大為氣惱，父女再次發生爭吵。允賢隨義母于夫人到周府做客，遇見徐侍郎夫人，沒想到徐夫人不但沒有因為允賢拒婚的事而生氣，反而請允賢為她診病。允賢本答應過奶奶不再隨便給人開藥方，卻又在徐夫人的請求下不得已給徐夫人寫下了醫治陽虛的甘草干姜水的”方子“，這一寫竟惹出大禍——徐夫人在按允賢的”方子“服藥后的某一晚意外喪命，徐侍郎以允賢給夫人寫下了白紙黑字的“方子”為由上門問罪。可徐夫人真的是因為允賢開的“方子”而喪命的嗎？
因為徐夫人的死，徐侍郎與允賢對質公堂，公堂之上，允賢努力自證清白，言明”甘草干姜水“并不會致人死亡，卻還是被府尹大人判處以“重嫌”罪名收監。不僅如此，市井百姓和知悉此事的官員、太醫均將允賢視為不守婦道的“藥姑”、“藥婆”大加嘲諷和嫌惡，恨不得人人得而誅之，毫無公正同情之心，在即將到來的公審之上，孤立無援的允賢能洗脫醫死人的罪名嗎？
奶奶和于夫人到獄中探望允賢，自允賢入獄以來，于夫人四處奔走，請求各位曾受允賢贈送過七白膏的夫人小姐們能出面為允賢作證，但這些閨閣夫人小姐都不愿為了此事惹上事端，因而都不愿出面，允賢命運難測。
牢獄之中，眾多犯人都身患疾病而無從醫治，善良的允賢雖然身陷囹圄自身難保，仍然忍不住為她們把脈診病。
小馬子借送飯的契機向還在軟禁中的郕王傳遞消息，郕王得知允賢的遭遇，堅信允賢一定是蒙冤入獄，并派小馬子帶著他的玉佩去刑部找他的舊識，傳話一定要查明事情真相，盡力還允賢清白，但玉佩后被守衛發現未能帶出。皇上發現郕王沒有如約去永慶庵，懷疑又是王振在其中動了手腳，王振否認，皇上遂自己派人去尋找郕王下落。
允賢托獄卒去家里拿藥，好為獄中的病人治病，獄卒收了允賢的東西卻言而無信，不但沒有給允賢送藥，反而譏笑允賢身為大家閨秀卻即將公堂受審。
莽撞的宮女沖撞了王振，王振的手下正要重罰宮女，卻被路過的錢皇后（李呈媛飾）看見并阻撓，王振仗著皇上對他的信任與依賴，即便對待皇后也是怠慢輕視，而賢淑的錢皇后對時常挑唆皇上的王振也多有不滿但又無可奈何。
允賢在獄中醫治的大姐突然昏死過去，允賢以為自己拼盡全力救人卻仍然于事無補，正傷心不已，獄中送飯的羅大娘將一桶冷水澆到已經昏死過去的病人身上，允賢疑惑不解，羅大娘又叫允賢就地取材制成藥給病人服用，這以指甲、蚯蚓等看似污穢之物制成的藥，病人服用后竟大有成效，允賢心中大為驚異，原來羅大娘竟是一名藥婆，允賢想向羅大娘學習看病救人的本事?，羅大娘見允賢心地善且立志成為一名女醫，一口氣教給允賢不少實用的治病“土”方。
祁鈺以答應考慮太后的安排作為交換條件請求母親吳太妃對允賢施以援手。公審時，允賢請求傳喚徐夫人的侍女詢問，得知徐夫人此前早因身子不舒服而服用過惠民藥局的萬大夫萬寧開的藥，二人開的藥一個滋陰，一個振陽，這兩批藥會否相沖呢？下了公審之后，太醫院的村霞將公審情形說與叔叔即太醫院程院判分析，二人發現，徐夫人的死與允賢其實并無多大干系，而恰恰要歸咎于惠明藥局的萬寧，但這個萬寧是由程院判親自推薦到惠民藥局的，如今歸罪于他就是砸了自己的招牌，于是，為了保住自己的聲譽，程院判決心包庇萬寧，而不準侄子村霞在公堂之上為允賢說話。
允賢在獄中繼續向羅大娘學習治病救人的知識。皇上因找不到祁鈺而心情郁悶，到宮外喝得酩酊大醉，正要回宮之時，在城隍廟前遇見來為允賢祈福的紫蘇，并得知允賢已因替人診病而入獄。開庭再審時，徐夫人婢女突然不承認是徐夫人自己未說清病癥，一口咬定允賢明知徐夫人全部病情還是開錯了藥方。還好有王夫人出面為允賢作證，說明徐夫人當日確實沒有向允賢提及腹瀉之事，可太醫院村霞不但不說明實情，反而在公堂之上暗指允賢沒有問清楚病人全部病癥及之前用過什么藥就隨意開藥方才讓徐夫人白白喪命，允賢還是難逃被判有罪的命運。山窮水盡之時，王振突然出現在順天府，言語中好像與允賢相識，并說自己之前吃了允賢的藥幾十年的老毛病都好了。村霞懾于王振的威望有所松口，說允賢不是大夫，“開錯藥”的事尚且算情有可原，徐侍郎亦不敢不給王振面子，改口稱其夫人是死于自己胡亂吃藥，與允賢無關，并為自己告錯了人向允賢賠禮道歉。在王振的幫助下，允賢被當庭釋放。可允賢一介閨閣小姐，怎么會和王振這個東廠頭目扯上關系呢？杭綱也因此心存疑慮且大為苦惱，生怕朝廷中人因此而懷疑他與東廠來往密切。至于王夫人之所以出庭為允賢作證則是因為聽了允賢的建議，認真找大夫換了方子吃藥后，懷上了身孕，對允賢心存感激，遂為其出庭作證。
村霞在公審之上是非不分惡意陷害允賢的事被其師父太醫院院判劉平安知道后，其師命他長跪反省——是要與其叔父程十三長袖善舞，還是繼續跟隨師父努力磨煉，踏實學醫。太后得知王振公堂之上欺辱命官，責怪錢皇后對皇上勸諫失責。而受了王振的氣顏面掃地的徐侍郎竟將怒氣撒到了與允賢關系密切卻又身份卑微的羅大娘身上，將其一頓亂棍打死，允賢到羅大娘墳前祭拜，認為自己真是天生不祥之人，當初因為自己受了小人教唆無意害了譚家，使祖父蒙冤，哥哥喪命，如今又因徐夫人的事牽連了羅大娘致其慘死，允賢悲痛不已。