祁鈺答應允賢不會改立太子，并承認了自己往日的錯誤。英宗會盟歸來，祁鈺正準備坦誠迎接，沒想到突然吐出了大口鮮血。祁鈺突發急癥，又吐血又拉血，太醫院眾太醫雖已對癥下藥卻仍不見效，萬寧偶然說起這癥狀倒像他以前見過的一個孩子因誤吞異物后急發腹癥的樣子，程村霞因此聯想到皇后的兔子曾誤食金剛石粉末的事，于是去找皇后詢問實情。汪美麟絕望地猜到祁鈺應該是誤服了自己給允賢下的毒藥，祁鈺大怒，廢掉了汪美麟的皇后之位，改立允賢為皇后。
弄清了病因，太醫們依舊對祁鈺的中毒之癥無從下手，允賢想出以木屑入藥給祁鈺治病，祁鈺雖忍住腸胃劇痛服用木屑，可吐血便血之癥還是一日比一日重。允賢為了給祁鈺治病，連日操勞，在太醫院里暈了過去，程村霞擔心允賢龍胎不保，讓其臥床休養，可允賢只是讓村霞再給她多開些阿膠等安胎之藥。醫女們用豬油助兔子排出了金剛砂，于是允賢等人也將此法用于祁鈺身上，祁鈺總算獲得一線生機，可劉平安說其體內仍存隱血，且金剛砂也未見得完全排凈了。
祁鈺恐怕自己的身子難以恢復，天命難永，打算還位于英宗，并對英宗深刻懺悔，英宗亦原諒了祁鈺，兄弟二人終于重修舊好。祁鈺虛弱地躺在病床上，無限眷戀地將允賢抱在懷中。祁鈺讓允賢答應下輩子還與他相知相伴，允賢安慰他說他很快就會康復，祁鈺對允賢充滿寵溺，說允賢說什么那便是什么。
除夕當天，祁鈺與允賢、吳太后及太上皇一家相聚團員，本是闔家歡喜之際，吳太后卻屢屢陰陽怪氣地諷刺上皇、指責允賢，祁鈺因而氣惱不已，又吐了血。除夕之夜，下起了雪，允賢站在宮殿外看雪，上皇走到允賢身邊，憶起那年在允賢家的后院與允賢一起雪中起舞，同賞煙花，共度除夕，并用腳在雪上寫下朝鮮語“扎基亞”（意為“老公”），對允賢道了聲珍重，后回自己宮中與妻兒團圓。
除夕之夜，允賢一直守在祁鈺身邊，入夜已深，祁鈺突然開始止不住地大口吐血，允賢急忙給他扎針止血，并讓人速去請程村霞，可還是晚了一步，祁鈺一命嗚呼。祁鈺在除夕之夜病逝，吳太后認定是允賢醫術不精才害死了自己的兒子，要讓允賢殉葬，允賢則因為太過悲傷，又被吳太后推到在地，不幸小產。孫太后及靜慈師太以“允賢性命受到威脅”作為誘餌，設計讓英宗復位，孫太后還主動解開了與英宗多年的誤會，向他說明所謂的“殺母之仇”不過是王振當初為了取得他的偏信而編造的謊言。
英宗重新登基，下令廢除殉葬制度，實行女醫制度。允賢放不下祁鈺與她還未出世的孩子見濟的死，無法面對英宗的一片深情，也厭倦了宮中戰戰兢兢的生活，離開皇宮遠走天涯，寄情山水，懸壺濟世。其師兄程村霞亦卸官做了游方郎中，與允賢在民間重逢，叮囑允賢寫完她那本《女醫雜言》一定要給他留一本。
若干年后，錢皇后去世，英宗傳位于太子朱見深，獨自出宮尋找允賢。夕陽斜照，英宗走過小橋，一眼就望見了那間掛著“譚氏醫館”門匾的民房，緩緩地推開門走進去，只見一人著紅色衣衫，輕挽袖口，正蹲在院子里洗手，手腕間的紅玉鐲子在夕照里透著光。女子似乎對門口所站之人有所察覺，緩緩地轉過頭，眉目動人，還似當年模樣。
在允賢及醫女們的共同努力下，也在英宗的盛德感召下，明朝不僅官方建立了女醫制度，世人亦漸漸地接受了女子行醫，女子患病不用再受限于男女大防，隱疾得治，性命也因此大為增長。
<全劇終>