汪美麟當上了皇后，其身邊的宮女竟囂張跋扈到去坤寧宮逼宮，逼太上皇后（原錢皇后）搬出坤寧宮。遭到宮女如此欺凌，太上皇后氣憤不已以致動了胎氣，多虧太醫劉平安及時趕到，掌摑鬧事的宮女，并為太上皇后診脈。太上皇后因動了胎氣而早產，雖歷經一番周折，但最終還是順利產下太子。代宗得知他的皇后竟縱容手下如此作威作福，竟然跑到坤寧宮去逼宮，怒斥皇后，隨后立即趕到坤寧宮探望皇嫂和新生的皇侄。太上皇后主動請愿搬出坤寧宮，去冷清的南宮居住，祁鈺雖不愿委屈皇嫂，但考慮到小太子的安全還是答應了皇嫂的請求。為了表明自己的忠心，祁鈺當著皇嫂及汪美麟的面立下重誓——如若他日皇兄回朝之時，自己貪戀權力不肯還政，就教他斷子早死。汪美麟聽到夫君立此毒誓，身子一顫。
允賢隨著被俘士兵流放到草原，幫助牧民接生，贏得了草原上百姓的愛戴。在也先的宴會上，可汗聽說本次大敗明軍是用了漢人謀臣，提出要見也先此次打仗用的的軍師程十三。可汗不相信程十三的太醫身份，讓程十三當場憑面相指出各位大臣身上的疾病，程十三一一說中，于是也先提議讓程十三也給大汗看看。程十三如實指出可汗有腎陽虛弱之癥，可汗因此而惱羞成怒，要責罰程十三。也先為了庇護手下程十三和出言冒犯可汗的伯顏帖木兒，同可汗暴發沖突。氣急敗壞的伯顏帖木兒找到英宗出氣，卻打不過英宗，還被英宗的魄力所折服，后下令善待戰俘。
程十三因在宴會上的表現被草原百姓奉為神醫，草原百姓慕名而來向程十三求醫，程十三嫌百姓們地位卑微，不予理會。而允賢則四處為牧民們行醫治病，因此被草原百姓美譽為“活觀音”。被俘的士兵們對英宗有所不滿，允賢極力安撫他們的情緒，并說服他們繼續追隨擁戴英宗。也先的妹妹托不花被瘋狗咬傷，性命垂危，程十三號稱神醫卻對此束手無策，惱怒的也先下令將程十三拉出去鞭打，并叫人去草原上另請名醫。
也先的妹妹脫不花得了瘋狗病，程十三醫治無效后，也先讓薩滿法師去找藥來給他妹妹治病?？伤_滿法師要找的藥竟是頭頂上有雙旋的人的心肝。法師帶人到大明的戰俘中去找這樣的人，找到后，雙方卻發生了激烈沖突。允賢為了控制住局面，主動說出自己是給大明皇帝治病的大夫，并說他們要找什么藥可以讓她去找。聽說有人造反，也先帶人趕來鎮壓，并下令殺光所以造反的人。允賢以自己能治脫不花的瘋狗病作為要挾，讓也先暫且放過眾大明士兵。允賢按常法配了藥給托不花喝下之后，脫不花好轉了一瞬，又突然更加兇猛地發起病來。也先見妹妹再次被醫治無效，下令砍了允賢。危急之下，允賢迫于無奈，想出偏方——以那條咬過脫不花的瘋狗的腦髓混合一些雞屎鴨糞之類的污穢之物，再次做出藥給脫不花服下，并說托不花能否保住性命就看接下來的一個時辰了。一個時辰之后，脫不花忽然驚醒，竟奇跡般地恢復了神智。也先看到妹妹被救活，高興不已，允賢和幾百號被俘的大明士兵也算是就此保住了性命。
允賢因為勞累過度而暈倒，也先在下人的回報下，獲悉了允賢的女兒身。也先叫下人打來水親自給允賢擦干凈了臉，竟驚喜地發現，眼前的漢人軍醫就是當初在永慶庵救過他這個假扮的“朝鮮商人”的“活觀音”，于是，也先內心對允賢有了一絲特別的情緒。
也先提出要答謝允賢，可以應準她的一個要求，允賢讓也先放了她的父親杭綱，也先則告知允賢，其父親早在上次大明朝廷交來贖金之時隨一批戰俘返回了北京。于是，允賢提出要見她們的皇上——英宗。允賢在也先的準許下與英宗相見，二人相互鼓勵，互通消息，并立下同生共死的約定。也先要攻打北京，允賢警告他放棄此舉，也先因此被允賢獨特的氣質所打動。也先要送允賢回北京和其父杭綱團聚，允賢卻不肯，而執意要留下來為英宗調理身子，也先為了自己的野心，也不想讓英宗的身體垮下去，于是允許允賢留下照顧英宗。瓦剌要進攻北京的消息傳到朝廷，對于是否要遷都南京祁鈺與眾臣展開討論。
也先將英宗放出地牢，并準許允賢為其調理身體。允賢同英宗一起回到戰俘營，聯絡并動員士兵一起找機會逃回北京。被俘的大明士兵們得知允賢的女子身份，對允賢十分抗拒，盡管他們都頗為感念允賢對他們的照顧救命之恩，還是都鐵了心地要讓英宗遠離允賢。見此情形，英宗則放出狠話，說允賢是自己最信任的人，不接受允賢的人也不必跟在他身邊。
程十三提醒也先遠離英宗身邊的神秘女人，允賢聽出程十三的聲音，跑出去與程十三當面對峙，二人都當面表達了對彼此的徹骨恨意。程十三在也先面前進讒言，說允賢對脫不花的治療有問題，還誣陷允賢是東廠王振的人，也先雖也只是將信將疑，還是把允賢帶離了脫不花身邊。面對也先的懷疑，允賢毫不畏懼，并諷刺也先重用程十三這樣賣國求榮的人根本就是鼠目寸光。脫不花在哥哥也先面前為允賢說話求情，還一不小心在自己的兩位哥哥面前吐露出自己想嫁人的女兒心思，也先甚為歡喜，直問妹妹是看上了哪個小伙子。允賢回到戰俘營，眾士兵經過一番反省，決心接納允賢這個“好姐妹”、“好大夫”。
脫不花在河邊采花，遇見了英宗，英宗向脫不花打聽允賢的消息，見到允賢送給脫不花的香袋睹物思人。見英宗喜歡，脫不花便將香袋送給了英宗，且臉上滿是少女的嬌羞。也先與可汗就是否發兵北京的事產生分歧，也先雖強行讓可汗在出兵北京的詔書上蓋了印，卻還是為自己身上沒有黃金血脈受可汗的壓制而氣惱不已。也先的手下稟報，請了大夫診斷出脫不花身體健康，證實允賢并未加害于她，并同時查清了程十三的真實底細。也先明白了允賢與程十三孰是孰非，去看望允賢。也先咳疾發作，允賢為他診病開藥，并勸他不要如此要強，什么事都一個人擔著。也先回想起允賢在他面前的種種獨特表現，心中蕩起滿滿的柔情。
瓦剌可汗瞞著也先將英宗請到他的宴會之上，并讓侍女假扮英宗任其羞辱，英宗淡定應對，在言語和氣勢上都占了上風。可汗讓英宗給他下跪，英宗堅決不肯。但可汗讓人帶出被騙過來的允賢，并以允賢作為要挾，英宗只好服軟。關鍵時刻，允賢以自己的性命作為威脅，說誰膽敢侮辱大明天子，她就以命告天神。