皇上聽宮女丁香說起吳太妃及祁鈺竟這般作踐允賢，氣憤不已，立即去安慰允賢，告知允賢吳太妃一心只想巴結太后，與汪國公結為親家，好借他們的勢力讓祁鈺成為新君，自己就可以當上皇太后。聽完皇上的解釋，允賢明白了吳太妃為何百般刁難于她，對她如此不滿，允賢也向皇上表明自己的原則和初衷，即無論如何也要沖破一切困難和束縛成為女醫。皇上想將允賢安頓在宮中，但眼下允賢既非宮女又非女官，況且允賢也向往在宮外與萬寧他們共同研習醫術，并可以為百姓治病的自由。但皇上仍覺得允賢現在有家不能回，孤身一個女兒家在宮外實在不妥，且與祁鈺的婚事也還懸而未決。況且宮內的太醫院也能為允賢精進醫術、成就醫學事業提供有力支持，于是特許允賢參加太醫院的考試。允賢欲拜太醫院的劉平安為師，劉平安雖對允賢頗為欣賞，但仍要求允賢通過太醫院的考試后方可拜他為師。
太醫院眾人聽說允賢身為女子竟要來報考太醫院十分抵觸，幾乎一致認為若是允賢一介女流之輩考上了太醫院有違醫道，對他們亦是一種侮辱。而劉平安身為太醫院院判，卻同意允賢來參加太醫院的考試，并以允賢曾經參與醫治霍亂以及治好太后眼疾為由力排眾議，且以皇上特許堵住了他們的嘴。劉平安還說，如果他們當真質疑杭允賢的才能，大可對五日后的入院考試嚴格把關，認真出考題，且將出題的任務交到了對允賢尤為抵觸的村霞身上。
太醫院的考試并非小兒科，不認真下一番功夫是難以過關的，允賢雖有真才實學但也還是為此頗為頭疼，于是皇上特地從宮外請來與允賢私交甚好的萬寧來為允賢做些指點，萬寧將考試形式及考試范圍都一一告訴允賢，并給允賢指出重點，幫助允賢復習備考。
允賢連日以來秉燭夜游專心備考。到了考試當日，村霞出的筆試題是讓允賢在一炷香之內答完六道書卷之題，允賢沉著作答，以一等成績過關。程十三又加試問答題為難允賢，允賢亦成功過關。到了實證考察，村霞先是在第二題找來不愿扎針動刀的老爺子讓允賢為其醫治膿瘡，允賢巧用銀釵刺破膿瘡為老爺子敷藥。第三道題，村霞又找來裸身太監來讓允賢為其扎針，且最后一針出在敏感部位，允賢實在難以下手施針，那么，允賢最后到底能否通過太醫院的考試呢？
