允賢因太上皇的事一直與祁鈺置氣，不愿見他，但聽宮女綠香說祁鈺經常悄悄來看她又怕她生氣而不通傳，允賢聽到此話心漸漸軟了下來。祁鈺再次來看允賢，允賢說夜里露重，讓祁鈺進來，二人這才第一次真正地共度良宵，可允賢卻并非完全心甘情愿，反而對祁鈺不乏應付之心。允賢借見父親杭綱之機，與父親及奶奶商議如何幫助太上皇一家，杭綱說如今太上皇根本難以得到臣子們的幫助，奶奶則說太上皇后甚至要靠自己做繡活給小太子換羊奶喝。允賢拿出貴重的人參養榮丸及御賜珍珠，讓父親和奶奶拿去周濟“南宮”。為了掩人耳目，允賢讓綠香托其曾跟隨太上皇一起被俘瓦剌的表哥找到李三，他們都是“淘金河邊”呆過的人，對太上皇忠心耿耿，定會想方設法幫她運東西去南宮。
孫太后病重垂危，其手下的宮女玉香來找允賢求救，允賢不計前嫌盡力為太后治病，也因此得知了祁鈺和汪美麟的所作所為——汪國公曾派人刺殺太上皇，祁鈺卻將此事嫁禍孫太后；孫太后的“病”也與祁鈺汪美麟等人脫不了干系。得知祁鈺如此卑劣行徑，允賢終于對祁鈺失望透頂，但亦無可奈何，只能盡力醫治太后。程村霞見太后病情逐漸好轉，并未聲張，只是獨自前往仁壽宮一探究竟，得知是允賢在給太后治病。允賢解開了師兄與師父劉平安之間的誤會，程村霞打開心結后，答應與允賢一同醫治太后。二人還商議出如何將太后送出宮去，與靜慈師太聯手逼祁鈺還政于上皇。
朝臣向祁鈺參奏允賢擴建御藥房，于后宮中培養醫女之事，祁鈺因此感到顏面受損，下朝后召來允賢，責令她裁停御藥房，允賢以死相逼，祁鈺只好將此事作罷。汪美麟得知此事，授意汪國公再多找些言官將允賢后宮干政的事弄得天下皆知。朝堂上再次因此事而生沸議，允賢走上朝堂，據理力爭，反問群臣，為何她當初為女官時為孫太后及渤泥王妃治好惡疾就是于國有功，而如今她興建女醫制度就被說得如此不堪，并說，如果百官一定要逼她裁撤女醫，她只好以死相告。就在此時，于東洋傳來太上皇旨意，言明如今的女醫制度本是上皇當年授意女醫杭氏所建。
祁鈺心里清楚上皇是有意庇護允賢才臨時擬旨命于東洋于朝堂之上宣讀，于是更加對允賢心生厭惡，將她禁足于萬安宮。
南京水災之后，發生瘟疫，疫情傳入北京。京中疫情險急，祁鈺在太監曹吉祥的挑唆下，想趁局勢混亂借東廠之手除去為孫太后所用的五城兵馬司白晉，沒想到，被逼急的白晉不僅將京城大部分兵馬帶出了城，還將城門反鎖，京中因疫癥而死的尸體無法運出城門埋葬，疫情更加難以控制，城內哀鴻遍地，連內宮都能聽到百姓哭喪的聲音。
汪美麟提議祁鈺及太后一干人等去內宮里太液池中的小島上避難，于東洋勸祁鈺身為國主此時應坐鎮乾清宮，可祁鈺卻借故推脫。祁鈺本欲去萬安宮接允賢一同前往，可汪美麟催促他先走，并說她會派人去接允賢。允賢帶著宮女綠香坐在汪美麟安排的前往小島的船上，船行至水中央，船上的小太監竟欲將船鑿沉，允賢雖以木板將太監打昏，但船已經進了水，搖搖欲墜，允賢和綠香也因此落水，險些溺水而亡，幸好被御藥房的兩名醫女發現，以麻繩將她們救起。
允賢帶同御藥房的醫女們出宮同太醫院及惠民藥局的人一起醫治瘟疫，允賢發現這種瘟疫的癥狀很像瓦剌蒙醫和她說過的黑死病，記起蒙醫都是用大黃湯醫治這種疫癥，便打算采用此法治療瘟疫，太醫們起初質疑，但院判程村霞卻同意并采納了允賢的建議。允賢見一老伯喉嚨被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去給老伯吸痰，就在這時，突然出現的上皇拉開允賢，用手指給老伯摳痰。原來，京城發生瘟疫之后，看守南宮的太監們都逃散了，上皇得以出了南宮，一來查看京城瘟疫，二來也希望能在醫治瘟疫的醫者中見到允賢。
上皇與允賢在城中為了治療瘟疫而奔忙勞碌，甚得民心，上皇被百姓及臣子們視作這次救治瘟疫的主心骨，允賢則因其妙手仁心被百姓奉為觀音下凡。在太醫院的男大夫和御藥房的醫女們的共同治療下，京城的疫情已經得到有效控制，允賢一時興起，提出要帶領眾醫女與師兄掌管下的太醫院進行比試，看哪邊治好的病人多。
允賢突發不適，疑似染上疫癥，上皇擔心，用手去摸允賢的額頭看她有無發熱之癥，祁鈺得知疫情緩解出宮查看，見上皇對允賢做出親密之舉，立即將其拉開。祁鈺命程村霞給允賢診脈，程村霞診斷出允賢并未感染疫癥，而有了身孕，祁鈺連同百姓都十分高興。
允賢懷孕，祁鈺為了孩子的事驚喜非常，話及允賢這次差點遇難的事，他許諾徹查，包括皇后本人。汪美麟得知允賢有了身孕嫉妒得發狂，汪國公勸她冷靜，假以時日再下殺手。他們還將允賢落水的事全部推到仁壽宮的小太監身上，并嫁禍孫太后。小馬子正要將曹吉祥呈上的密信念給祁鈺聽，可皇后卻在這時趕到，并義正辭嚴地讓小馬子當著她的面念信，誰知，這信早就被汪美麟動過手腳，信上直指孫太后才是兇手。但經過汪美麟對孫太后下毒之事后，祁鈺其實早就對她不復信任。
也先當上了瓦剌可汗，得知北京爆發瘟疫，欲帶領三千使臣來京城打探情況，并意欲與大明會盟。群臣奏請祁鈺親自前去大同與瓦剌會盟，祁鈺應允。可汪美麟和吳太后卻極力阻止，汪美麟以允賢才懷有身孕幾個月需要祁鈺呵護為由硬生生地留住了他，而祁鈺本也不是英勇無匹之人。與瓦剌會盟之事于朝堂上再議，祁鈺卻謊稱自己跌傷了腿，可群臣卻認為他身為國主無論如何也要親自前往，以免瓦剌再向大明發難，局面僵持之時，上皇走上朝堂，自薦前往會盟。允賢因祁鈺推卻會盟之事刻意回避他，祁鈺因此心情低落，更感慨自己的確不如皇兄，甚至后悔自己當初爭下了這個皇位。
也先與英宗會面，也先提議二人賽馬結果比為平手，他們互相分析了對方的處境，兩人處境其實都不甚好，但上皇卻心如明鏡，胸懷坦蕩，意氣十足。也先對英宗說只要大明答應三十年內不對瓦剌發兵，瓦剌愿意再對大明稱臣，二人就此立下盟誓。
上皇代大明出使大同與瓦剌會盟大獲成功，祁鈺大喜，去向允賢傳達喜訊，并對允賢說自己對皇兄已無芥蒂，今后定會加倍補償于他。允賢說及太子之位，勸祁鈺不要讓自己的孩子去與現太子見深爭奪太子之位，祁鈺似乎有所遲疑。