時間能讓一切飄然逝去，就像短暫的風聲瞬間即失，如果時間可以倒流，顧曉夢想沒有人會愿意踏進那艘船。
那時24歲的顧曉夢剛從普林斯頓大學數字系畢業，之后經過剿總司令部特訓班培訓結業，到司令部接受考核，出的考題是10分鐘內找出左右兩邊的人誰是偷盜情報的間諜，經過縝密推算，顧曉夢很快找到了正確答案。這時剿總司令部機要處處長金生火走了進來，安排給顧曉夢加一道譯電測試，如果測試成功，直接抽調檔案進入機要室。屬下提醒他，按照規定測試通過后，人事處要重新審查背景后才能正式入職，金生火認為顧曉夢是蘇杭船王顧民章的女兒，而顧民章是南京國民政府經濟委員會副會長，也是汪主席的座上賓，所以他女兒的政治背景根本無需大動干戈調查。最終顧曉夢以4分23秒的速度破譯出了密碼，金生火告之她是第二個取得這樣好成績的人。
屬下讓金生火指示日軍司令部情報處組織的業務研討會派誰去，金生火讓他隨便找個人應付一下。他得知顧曉夢被分到司令秘書處了，十分不悅，屬下告訴他，這是張司令定的新規定，人事調動除了他簽字外，還必須要經吳大隊長同意，金生火立即給趙處長打電話，稱吳隊長忙著剿匪清鄉的事顧不上新人的分配，如果顧曉夢分到秘書處，把現在的秘書白小年如何安置？白秘書和張司令的關系非同一般眾所周知，趙處長略一思忖，同意讓顧曉夢到機要室。金生火立即安排下屬找趙處長辦好交接手續親自送到雞鳴寺，并找雞鳴寺的孫處長務必打聽下副司令的人選。屬下提醒這次的研討會吳隊長也去負責安保警戒工作，金生火立即改變主意讓他通知張司令，自己和新任科員顧曉夢都去，機要處一定要在日軍情報處面前，替張司令把臉面爭回來。
日軍司令部情報處組織的業務研討會在一艘船上舉行，剿總司令部出席的人員是機要處處長金生火、情報科科長李寧玉、科員顧曉夢和行動隊長吳志國，滿洲國保安局第五課專家金圣賢也參與其中，會議人員到齊后，日本陸軍情報部第二課課長三井壽一宣布：他們剛剛截獲了一條密電，誰最先破譯該條密電就破格進銜。此刻另一邊的船艙外，顧曉夢在用微型相機拍攝海景。
在所有破譯專家都埋頭破譯時，李寧玉不屑地說，這是德國的恩尼格密碼，而且是二代密碼機加密，單靠他們手工破譯，兩年也算不出來，在大家目瞪口呆時，日本陸軍情報部次長森田鼓著掌從二樓走下來，稱贊說他等了13分鐘，終于聽到令自己滿意的答復了。
船艙外，吳志國質問顧曉夢，這種微型相機全司令部只有兩臺，顧曉夢拿著要拍什么，顧曉夢解釋是為了搜集研討會的學習資料，吳志國要把顧曉夢和相機押到森田處。顧曉夢走時說聽聞吳隊長年輕升得快，是因為軍功多殺人多，不是因為會巴結日本人，吳志國立即以迅雷不及掩耳之勢殺死了一只海鷗。
船艙內，森田稱贊說李寧玉不虧是汪主席的王牌破譯員，李寧玉篤定森田讓他們從截獲的密電中推出德國第二代恩尼格瑪機的構造，沒有密碼機，單靠手工暴力破解，絕無可能。如果森田想在短時間內破譯，必須拿出初代密碼機，包括紫密，才有可能完成復制機。此語一出，森田立即認定李寧玉是敵方的間諜，這種說法是為了刺探日方密碼機的秘密，她只給李寧玉三秒時間坦白，正在這時，吳志國把顧曉夢押了過來，森田認定，顧曉夢和李寧玉都是金生火的下屬，一個違規帶相機拍攝，另一個想方設法索要密碼機，這都是金生火精心策劃的敵特行動，金生火非常冷靜地讓顧曉夢說出李寧玉的名字，之后解釋二人根本不認識，更談不上默契配合，如果他想拍攝資料，完全可以把最先進的照相機安裝在雪茄盒、煙灰缸等隱秘物品里，沒必要讓顧曉夢明目張膽地帶著它。李寧玉說出了森田走路的步數，稱自己的記憶力非常好，如果想記憶過目不忘根本不需要相機。森田稱這是顧曉夢的私人行為，讓把她押下去，顧曉夢邊走邊說隨機選取?三個數字做為解密觸點，果然聽到后森田把她留了下來，顧曉夢稱自己是馮諾依曼教授的學生，而德一代密碼機的制作者施倫堡在遇見父親之前是個窮學生，他和自己非常熟識，如果她想竊取密碼應該是在施倫堡辦公室而不是在這里。李寧玉證明顧曉夢說的是真的，因為一代密碼機已經泄露，所以施倫堡惠而不受，合情合理。雖然她沒有證據，但相信森田一定有，否則為何日軍近幾次戰役節節敗退，這就是初代密碼機泄密的有力證據，森田暴怒，稱如果這次的破譯代價是她們的生命，是否還要冒險，李寧玉斬定截鐵地說如果不能破譯二代密碼機她負全責，金生火也愿意以自己的性命賭這局，森田給他們96小時，時間到如果沒有破譯成功，全部處死。
森田走后，金生火提醒在座的各位，如果能夠成功破譯皆大歡喜，否則今天參與破譯的都將是情報處的替罪羊，他這話一出口，破譯專家們紛退出，只有顧曉夢愿意留下來協助李寧玉，而金生火則沒事人似的出去抽煙了。
金生火到艙外與吳志國聊天，感謝他把顧曉夢帶到森田面前，讓自己有一個申辯的機會，否則他一離開會議室，定會死得不明不白，吳志國稱他該感謝的不是自己，他對走來的顧曉夢說好自為之。金生火問顧曉夢為何要帶相機還一口咬定是自己授意的，顧曉夢只說害怕所以用他賣森田的面子，金生火糾正她森田今天的網開一面不是自己的面子而是李寧玉。即使顧曉夢進了日本人的審訊室，他父親給汪主席一個電話也就出來了，而自己背靠冰山是九死一生，這艘船就是開往地獄的。
金生火告訴顧曉夢，李寧玉的丈夫在西安事變前病重身亡，她隨之脫離了與四維學會的關系，再赴德國進修電訊專業，次年回國，與英國的駐華大使館高級翻譯就是現任丈夫結了婚，投在了錢司令的門下，后來日進英退，丈夫不得勢了，隨著錢司令改換門庭，顧曉夢感慨李科長運氣真好，步步險棋都能化險為吉，金生火稱他們這行不能單靠運氣，李寧玉入職不過四年，蘇聯、軍統、共產黨的密碼都破譯過，在機要處沒有她破不了的電文，去年的青島會談，多虧她提前破譯了中統的刺殺令，才使汪主席幸免遇難，連丁主任稱贊李明玉能頂上整個76號外加一個特高課。顧曉夢明白了，原來她考試時金生火說比她成績好的人就是李寧玉，金生火還告訴她，李寧玉不僅業務過硬，人也是風情萬種，吳志國就是她裙下臣之一。而這次日本人安排的破譯任務，如果她破譯不了，森田會把參與者處死，如果她成功破譯，日軍為了保證新密碼機的機密，還是會把她殺掉。顧曉夢終于明白為什么金生火不參與破譯了。金生火告訴她，日本人因為想要掌握他這個德國盟友高層的機密，無論李寧玉是否破譯成功，都會被殺掉，這才是日本人把這次業務研討會開在船上的真正原因。顧曉夢安慰金生火不要那么悲觀，如果他有逃出升天的計劃，自己一定全力配合，金生火答應保她周全，問她諜報工作的職業生命是什么？顧曉夢答是信仰，金生火告訴她是生命，保住自己的性命比什么都重要。
另一邊的吳志國一直在破譯室外守著李寧玉，他甚至幻想著自己為保護她大開殺界的場景。金生火告訴顧曉夢，從現在起，不要和李明玉有任何接觸，馬上將相機事件寫一份檢討書，向張司令請求處分，之后去找吳志國，他們的計劃如果沒有吳志國的配合，完全是水上堆沙。
顧曉夢剛站到吳志國艙外，就被他一把推了進去，他已料到顧曉夢是受金生火授意來找自己，其實對這次的死亡任務，吳志國心知肚明，卻佯裝事不關己，顧曉夢提醒他李寧玉也身處險境，只要他肯配合，金處長有辦法讓大家搏出一條生路。二人來到金生火艙內，金生火非常高興地拿起酒和吳志國碰杯，殺氣騰騰的吳志國卻把琉璃杯捏得粉碎，金生火安排顧曉夢立刻寫檢討書，吳志國奉勸他別害人害己，金生火解釋他是救人自救，沒功夫害人，吳志國拆穿他身為機要處處長，檢討書一發出去，張司令就得看在顧民章的面子上放人，那時他和顧曉夢就可以一走了之，顧曉夢也提出質疑，，她不想把李寧玉這個破譯天才擋在自己面前，金生火稱三人如果結盟同生，背盟共死，愿意相信自己還是背叛，他們自己選。吳志國又說出金生火是想當副司令的人，如果得償所愿自己就得死，金生火稱自己能救了顧民章的千金，副司令的官職也太小了。他計劃第一步救自己，第二步救顧曉夢，第三步就能救李寧玉，因為他已經找到了破解二代密碼機的方法。此時另一邊的金圣賢拿著李寧玉驗算的稿紙，向森田告狀說李寧玉根本破解不了二代密碼機，她是想假借密碼機竊取機密，而自己退出是為了拿到李寧玉延誤破解工作的證據。
金生火安排吳志國將自己破譯的德軍電文帶給李寧玉，他猜到日軍不到萬不得已，不愿和蘇聯開戰，所以他們情報部急于破解二代密碼，應該就是為了監控德軍對蘇聯的戰略動向，所以只要他們破解的這份電文是與蘇聯行動有關的，森田就會相信，至少李寧玉可以過了眼下這道關。而日方要驗證電文是假的需要三個條件，第一要有密碼機的內部結構，第二要有德軍的操作守則，第三要有德軍發報員發報前所要執行的密碼口令，而他們每天更換一個口令，所以要破譯根本不可能，只能靠間諜竊取。因此只要日軍間諜沒有竊取到當日的口令，他們就沒辦法驗證密碼的真偽，就為他們爭取了時間，再加上汪主席和顧民章的保護，他們三條命應該可以保下來。之后讓吳志國馬上發電報，李寧玉再宣布改裝成功，吳志國隨便再殺一個人，讓他們相信船上混進了特務，而敵特行動歸陸軍特務機關，情報部必然不愿意讓他們插手，所以他們情愿息事寧人，這樣破譯的真假就不會再追究了。吳志國提出一個問題，李寧玉連七十六號的禁閉室都敢下，這樣的人讓她拿假電密逃命不大可能。他的建議是殺出去，第一步挾持森田，第二步殺幾個人，第三步搶到后艙的救生艇一起走。金生火稱比起吳志國的計劃，還是自己的弄虛作假體面一些，即使能逃出去，一輩子也要隱姓埋名當逃犯，李寧玉必是不肯的。這時吳志國下屬悄悄向他匯報了金圣賢向司令告密的事，現在森田正要審訊李科長。吳志國立即趕去，金生火讓顧曉夢帶著檢討書一起去。三人看到森田正怒氣沖沖地往破譯室走，吳志國想辦法拖延時間，讓曉夢和金生火去找李寧玉通個氣。
吳志國拉響了機電室的警報，把森田吸引了過去，顧曉夢立即溜進會議室，告訴了李寧玉來龍去脈，讓她趕緊拿著金生火偽造的密電，向森田證明自己已經破譯了二代密碼機。
森田這時接到總部來電，稱船上有人用不明電臺發報，被總部截獲了，他們相信船上混入了特務。森田立即提審了李寧玉，認定她不僅竊取了初代密碼機的機密，而且還用發報機把它發了出去，因為剛才有人盜用了機電室的發報機，向不明電臺發送了情報。李寧玉臉色蒼白生氣她為完成森田下達的任務不眠不休，卻被他們如此誣陷，金圣賢指控說她的演算都是在初代機的構造機密上，李寧玉解釋他只在銷毀前拿到了一張稿紙，如果拿到其他三張，就會明白她是由初代機的構造推算出了二代機的密碼規律，而且如此高級別的密碼，豈是他三言兩語就能向局外人解釋清楚的，自己更不可能只用一條電文就能把它發送出去，而是會活著下船，親手交給上級，不會冒這樣愚蠢的風險。金圣賢無法自圓其說，于是咬定李寧玉根本破解不了密碼，李寧玉則宣布她已經破解了。金圣賢不服氣地要親自驗證，李寧玉稱結果驗證成功，就必須解除她竊取情報的嫌疑，如果驗證失敗，她愿意認罪。很快驗算完成，金圣賢讓李寧玉親自為森田大佐翻譯。
金圣賢驗算完畢后宣布驗算失敗，稱李寧玉不可能完成二代恩尼格瑪機的改裝，森田剛下令立即帶李寧玉去審訊室，士兵匯報說在金圣賢艙內發現了李寧玉的演算稿紙，上面有二代機的改裝字樣。森田看了一眼大喜，稱譯出了蘇聯就說明沒有完全失敗，他下令立即找軍醫治療李寧玉的哮喘，之后向金生火證實了李寧玉確實有哮喘的病根，森田稱贊李宋寧玉確實是位破譯的天才，只要他們足夠忠誠，不會浪費他們的才華。
李寧玉沉睡了七個小時，醒來后，看到吳志國守在床邊，他告訴李寧玉：森田下令，她睡的這段時間不算在任務時間之內。為阻止李寧玉破譯，吳志國把她的右手劃傷，李寧玉表示只要還有命在就不會停止破譯，吳志國疼惜地幫李寧玉包扎手上的傷口，稱他能挾持森田，搶到船后的救生挺帶她走，而金生火只想攀附顧民章，根本不是真心想幫她。李寧玉堅定地說她不走，她的命在密碼里，吳志國的命在刀尖上，逃不脫就不要說誰帶誰走的話。二人正僵持著，顧曉夢闖了進來，吳志國悻悻而去。李寧玉問顧曉夢來情報處的目的，顧曉夢稱自己是為了她這個破譯天才，想變成和她一樣的人。她忘不了那日，自己帶著金生火的那份假密電想讓李寧玉用它逃生，李寧玉卻氣憤這種做法是在侮辱自己，指責顧曉夢比金生火更可恥，顧曉夢生氣李寧玉為了自己的天才虛榮要拉著所有人陪葬，李寧玉罵顧曉夢是個蠢貨，自己破譯不是為了加官進爵，在她眼中，諜報的的職業生命是毀滅，毀滅一切正義和邪惡，信仰和背叛，如果有不能破譯的密碼，就把自己投進火里，讓它燒得更熱，更烈，直到燒成天書。
顧曉夢告訴李寧玉，她把假密電藏了起來，一時半會金生火和吳志國不會再來逼她了，顧曉夢拿出從軍醫那買來的止咳約讓李寧玉服下后，李寧玉立即出艙繼續破譯。
顧曉夢回艙后回憶，金生火曾經告訴他，森田根本沒想查假密電的事，他是想玉石俱焚，一網打盡，當下的唯一辦法是把軍統間諜的罪名都推給李寧玉，所以才安排她馬上到顧曉夢艙房取得她的信任。顧曉夢正在思緒亂飛，三井壽一過來稱李寧玉受了重傷，無法繼續破譯，點名讓顧曉夢過去協助。
虛弱的李寧玉告訴顧曉夢，現在還剩不到十個小時，她來發指令，李寧玉操作，選中她，是因為她想成為像自己一樣的人。此刻的金生火正在艙內和吳志國聊天，吳志國告訴他，自己發的電文里沒有涉及金生火，但張司令接到一定會趕過來。
森田收到日方總部截獲的電文，是用不明發報機發給剿總司令部的，三井壽一由此懷疑間諜就在金生火一行人中，森田認為他們不可能愚蠢到不顧一切地發報，而且二代機沒有破譯，他們沒有發報的必要，三井壽一提醒這種事應該立即報備特務機關，而森田已經失去等待的耐心了，他根本不關心李寧玉是否破譯成功，只希望中國的天才越少越好。
李寧玉殫精竭慮，時刻提醒顧曉夢，一個指令錯誤就會前功盡棄。另一邊的金生火對吳志國說，李寧玉如果不愿用自己的假密電，只有等張司令這把尚方寶劍了。
森田收到剿總司令部的電報，張司令要上船親自監督，他命令將船立即停靠等待張司令。此時距離約定破譯時間還有七分鐘，在最后時刻，李寧玉完成了改裝，她請示森田將所有專家都叫過來一起驗證，因為迄今為止恩尼格密碼機是人類密碼的最高峰，如果她可以破解二代密碼機，說明人類的智慧可以戰勝機械，他們就有了存在的價值，她希望諜報專家來共同見證這個時刻，如果自己失敗了，必將上下而求索，死而無悔，將激勵他們繼續破譯恩尼格密碼機。顧曉夢申請森田不要通知金生火處長，因為他只是個官僚，早不配稱為諜報人員了。
所有專家到齊后，李寧玉讓顧曉夢進行驗算，森田當眾宣布驗證結果：李寧玉成功破解了二代恩尼格密碼機，她的大腦戰勝了機械，疲憊的李寧玉咳嗽不止，很快昏睡過去。金生火和顧曉夢、吳志國三人舉杯為此慶賀。
船到港后，剿總司令部張司令的機要秘書白小年來了，金生火告訴他，千方百計把他請來，是因為這幫兄弟需要他來救。