1933年抗日戰爭爆發前夕，華北形勢告急，故宮博物院決定將館藏精品轉移，以避戰火浩劫。自此之后的15年中，近百萬件故宮文物歷盡艱辛坎坷，行程數萬公里，由北京經上海、南京輾轉運抵四川。四川重慶，成群的學生在街小游行，要求政府抗擊日寇，還我河山。軍統抓獲了云海后進行逼供審訊，云海的真實姓名是王全林，他是中共重慶地區地下黨的聯絡人，軍統還抓獲了王全林的女兒珍珍，他在一旁都看到了，他已經被捕五個小時，面對軍統的威脅王全森只好說出一些情報。葉釗在咖啡廳和從延安來的同志接頭時發現有特務，他們急忙逃走，他在掩護葉釗時被特務開槍打死，邱同開車將葉釗接應走。
邱同和葉釗逃走后懷疑有內奸，邱同讓他去聯絡站找云海，葉釗向王全林說起接應之事，王全林已經叛變，葉釗還不知情。邱同在開會時對葉釗召集眾人開會表示質疑，他們發現可疑人員后急忙徹離，但發現有特務守在門口。葉釗帶著邱同離開時邱同胳膊受傷，葉釗讓邱同藏好，他將特務引開。王全林向軍統匯報說延安來的特派員跑了，他不知道朝天門死人的身份，只清楚特派員叫邱同，邱同來重慶只是路過，他的目的地是峨眉山。
邱同懷疑名單上的同志可能犧牲不少，他安排任務給葉釗，掩護身份是文物店的老板，要以南京文物專家張金石的身份潛入峨眉山的大佛寺，張金石不僅是文物專家，還是被日本人收買的漢奸。邱同讓葉釗不要相信任何人，葉釗要尋找那些失散的文物并查出大佛寺的內奸。王全林見到邱同后向他問起來重慶的任務，邱同稱任務的紙條已經燒毀，他知道王全林掌握著很多同志的聯絡方式，王全林面對質問拿槍指住了邱同。
日軍得到消息稱從北京故宮轉移的七千箱寶藏就在四川峨眉山之中，他們也想得到它。峨眉山大佛寺的王教授在造冊文物時突然倒地身亡，柳營長趕到后想打開時被拒絕，但他還是強行打開，他向人問起王教授死亡前的情形，專家解釋可能是神鬼因素所致，柳營長讓他們暫時不得與外界取得聯系。峨眉縣沈敬齋縣長準備把專家王教授的死上報為自然死亡，他得知有新的文物專家過來就放心了。
柳絮飛看到字條后讓人追回那封信，他看到信后了解了王懷古死前的想法。軍統聽說過中共有代號云豹的特工，王全林懷疑邱同可能是云豹，邱同被捕后啥都沒交待，他沒想到云海會叛變，軍統沒得到有價值的線索就開槍打死了邱同。葉釗按邱同的命令以張金石的身份趕往峨眉山大佛寺。大佛寺的日本特務正在執行龍脈計劃，王懷古沒和他們合作。沈婕回到家后沈敬齋很高興，他送給她新衣服，她沒想到報紙上的文章很快就發表了，沈敬齋擔心她的安危。
柳絮飛想對王懷古進行尸檢，沈縣長建議他不要深究，還想把他和沈婕的婚事給辦了。沈婕有些事情想不明白就去找聞教授詢問，他們的談話都在監聽之中。柳絮飛加強了大佛寺的崗哨工作，他懷疑內部可能有問題，白玉蘭看到后她的照片后很生氣，沈敬齋從中調解，他讓他趕快把那些東西都收起來。
葉釗以張金石的名義在峨眉山下船，同船一人看出他為那七千箱國寶而來。白玉蘭的上級讓她不要暴露身份，她的實際身份是日本間諜，她要想辦法和張金石取得聯系。沈姨感覺到中國到了最危難的時刻，柳絮飛沒看出她的性格還有這一面，沈敬齋在吃飯時說起白天反對柳絮飛之事，他認為事情沒那么簡單，有可能會牽扯到更大的利益集團。
沈敬齋晚上接到玉林街金店被土匪搶的消息后就過去了，丟的都是真金白銀，店老板很著急，所幸器材完好，沈敬齋是峨眉山軍統站長，他的掩護身份是縣長。葉釗下船后被軍方接走，沈婕帶領學生在街上演講，葉釗看到她站在臺上，軍警來到現場后一片混亂，葉釗接住了從臺上掉下來的沈婕，她被嚇了一跳，沈敬齋出現后將她帶走，沈婕對葉釗的幫忙表示感謝。
王全林成了重慶地下黨組織的最大嫌疑人，他也成了軍統一員。柳絮飛給葉釗介紹了大佛寺和那里文物的情況，葉釗不想在下班時間內被干預。葉釗見到了沈敬齋，兩人這是第二次見面了，第一次是在混亂的街上。日本特務見到過江龍提起大佛寺的寶藏，大佛寺有一營國軍兵力駐守，日本人稱只想要所有文物中的一件，還說有內應在大佛寺，過江龍因利益被利用，他看到日本人身上掉的項鏈，還懷疑他是外國人。
沈敬齋讓沈婕以少參與政治活動，她對國民黨的看法不好，沈敬齋向她說起在街上遇到的人就是文物專家張金石。白玉蘭得知軍統工作的重點是抓共產黨，日本特務準備從中伺機得利。沈婕去找葉釗表示感謝，還帶了特產過去，她以前是重慶女專歷史專業的，沈婕想堅持自學，葉釗給她一些建議。柳絮飛見沈婕出來就和她一起去湖邊兒散步，她說起在街上葉釗救她之事，她輟學后感覺價值觀有些迷茫，聽完葉釗的話后明朗開來，柳絮飛讓她不要輕信別人之言，她清楚自己應該做些什么。葉釗發現了那個十字架后懷疑是日本人內應放在那里的。
柳絮飛對葉釗進行檢查，葉釗的全身被搜查，他在他在身上搜到那條十字項鏈，柳絮飛還讓他脫褲子檢查。軍統對民主人士進行監聽，還掌握了他們全部的資料。柳絮飛認為抓共產黨會破壞國共聯合抗日，沈敬齋對他的想法有些擔憂。
白玉蘭時刻盯著大佛寺的專家們，專家們都沒見過這么多的文物，他們對于遺失的文物有些遺憾。葉釗是故意戴那個十字項鏈在身上，他也注視著白玉蘭的動向。盛老板也找到過江龍，過江龍說起有人來說談合作之事，盛老板自稱認為國方的人，過江龍想多要幾條槍。日軍想國快龍脈計劃，還起用了新的電臺和密碼，它藏在張金石身上。
王全林在軍統會議上被表揚，他愿意再立新功。葉釗來到教堂和日本特務最得聯系，對方要電臺和密碼本，他的回答應滴水無漏。柳絮飛和沈婕想等抗戰結束后再結婚，沈敬齋不想讓他去前線，沈婕也想去。葉釗不想把電臺和秘密本那么快交到神你手上，他還沒有破解，葉釗準備利用柳絮飛來緩解時間。
葉釗在晚上故意弄暈一名士兵，柳絮飛知道后命士兵馬上集合，整個大佛寺緊張起來。柳絮飛將專家們請到了會議室，葉釗再次去見神父時說大佛寺戒嚴，很難將電臺和密碼帶出來。盛老板看到葉釗后追趕出去，但出門后發現他不見了。盛老板被過江龍的人抓起來搜到一張銀票，過江龍認為他是軍方派來的人，他說教堂的人都有那個十字架。
葉釗準備和組織上取得聯系，雖然沒查出大佛寺的內應，但神父已經暴露。青龍幫的土匪在夜里去在佛寺打探消息時被槍打死，柳絮飛從他們身上的圖案看出來。柳絮飛根據情況對大佛寺進行戒嚴，任何人不得私自外出，這讓葉釗有了不交出電臺的理由，但無法和組織上接頭，他看到電話后給沈縣家找去電話，沈婕接到電話后知道是葉釗，她答應親自去接他喝茶，兩人去了峨眉山茶館，葉釗在喝茶時說出和組織上聯絡暗號。