南征出戰前，燕青往御香樓辭別李師師，李師師為其祈禱，保佑燕青平安歸來。魯智深借拜謁智清長老為名，再次皈依佛祖，留在大相國寺修行。另公孫勝不辭而別，南征之時，宋江軍營大旗被狂風吹折，梁山頭領心情沉重。梁山軍攻破蘇州城，蘇州守將──方臘之弟方貌城南逃。蘇州之戰，雙方死傷慘重，楊志斷腿。?而蔡京、高俅為其「以盜制盜」之計奏效慶祝，同時催促宋江于限期內攻克杭州，不得延誤，加速宋江與方臘之間相殘。宋江、吳用看出高俅的險惡用心，便冒著「私下議和」的罪名，與方臘化干戈為玉帛。先派燕青與李逵進城，找龐氏兄妹疏通，以求言和。涌金門外，兩軍對壘，宋江、方臘各抒己見，談判遂告失敗。宋江「私下議和」之事，被蔡京、高俅得知，蔡、高面奏皇上，要拿宋江問罪，虧宿太尉金殿力辦，蔡、高陰謀才未能得逞。
宋江勸降無望，只得與方臘決戰，盧俊義率軍從旱路攻城，被守城的龐萬春用擂木滾石壓下，時遷攻城，方臘軍以磨盤石塊拋下，時遷終至斃命。杭州之戰，宋江先勝，但梁山將領三十余人陣亡，城內一片狼藉。蔡京、高俅得知宋江攻陷杭州，恐怕宋江獲得南征首功，特讓童貫取代南征招討張叔夜，并讓童貫務必搶在宋江剿滅方臘前趕到南軍營，同時又將張叔夜召回京城問罪。宋江吳用等人深知必須搶在童貫到來之前結束南征。為了通過烏龍嶺，盧俊義帶解氏兄弟上山探路，解珍及解寶在攀登絕壁時被方臘軍擊死。張叔夜回到京城，未能面君，就被高俅巧立罪名投入大獄，后朝廷降旨，以“督戰不力”為由將張削職為民，遣返原籍。烏龍嶺下，宋江只得硬拼。
梁山軍與方臘軍短兵相接，方臘軍節節敗退，烏龍嶺的天然屏障終被宋軍打破，方臘終被生擒，宋軍攻下青溪城，此時童貫趕來，殺了方軍兩千名俘虜，押著方臘的囚籠，搶先回京領功。梁山軍經過南征方臘，死傷大半，武松左臂致殘后，留在六和寺作了清閑道人。宋軍在凱旋路上，李俊、童威、童猛又借病離隊。宋江率領的這支隊伍成了得勝的哀兵，七零八落，氣氛沉悶。東京城外，宿太尉等迎接梁山軍。宿查問誰才是擒方臘之人，宋江愕然，原來童貫押解方臘回京，要冒功邀賞。宋江不禁悲從中來，同時，燕青又不辭而別……