燕王包圍了皇宮以后，卻不敢擅自闖宮，他令部下嚴守皇城，不準任何人出入，打算在天明后才入乾清宮。?趁著夜色，建文帝和徐妙云化裝成一僧一尼，從地道里爬出了皇宮。?奉天殿內，馬皇后悲壯地穿著龍袍皇冠，代替建文帝在朱元璋的神像前自焚了。?奉天殿一著火，朱棣立即以救火為名闖入宮內，他首先來到毓秀宮，又來到坤寧宮，但都沒有找到徐妙云，他萬分失望。?金殿外，文武百官對燕王朱棣的到來十分冷淡，抵觸情緒嚴重，御史連根欲刺殺燕王，未成而被燕王所殺。?眾大臣皆一口咬定皇上已自焚殉國，燕王將信將疑，而道衍在奉先殿發現一縷青絲，再經過對太監王欽的詢問，懷疑建文帝和徐妙云尚在人世。
燕王通過一只一直為他和徐妙云之間互遞信息的信鴿，找到了建文帝和徐妙云出宮的地道，地道外面碰上正在追隨皇上而去的內務總管王欽，王欽不肯說出皇上的去向，彼燕王殺死。?建文帝不知所終，燕王將計就計，布告天下，帝后以身殉國，普天同哀，著以天子禮厚葬。?承天門外，身披重孝的方孝儒率領文武百官前來送喪，當送殯隊伍到來時，方孝儒張臂擋住靈樞，大喊：建文受冤而死，冤魂不入孝陵啊！?在方孝儒的帶領下，鄒瑾、魏冕等群情激憤，痛斥燕王謀逆之罪，終于激怒朱棣，下令拘捕方孝儒，強行出殯。?道衍再次勸告朱棣善待方孝儒，朱棣親到獄中看望方孝儒，方毫不領情。?建文帝和徐妙云在逃生途中，親眼目睹黃子澄、齊泰被燕王部下追捕，提心吊膽，歷盡艱辛，終于來到紫云觀安身。
朝中無主，有人提出冊立谷王為新君。朱棣得知，剖齊泰、黃子澄之心派人送給谷王，谷王大驚，便出面呈請燕王繼位。?燕王要登基了，他到獄中請方孝儒寫一篇登基之詔，方孝孺當著燕王之面寫下“燕賊篡位”四個字，擲筆等死。?朱橡終于大怒，他忘了道衍對他的告誡，下令滅方孝孺十族，一個不留，全部殺盡！?燕王朱棣終于登基了，改帝號為永樂。?徐王妃和朱高熾、朱高隧從北平趕來會合，祭拜孝陵后，朱高煦把朱高熾、朱高隧帶到毓秀宮住下，讓紅杏服侍著。他自己卻住到了東宮，做起了當太子的美夢。?剛剛成為皇后的徐王妃因一路勞頓，臥病在床。永樂來看她，她向永樂談了立太子的看法，她認為次子高煦從小驕縱，不知禮法，不能委以重任，而永樂卻不以為然。