靈犬逃至車頂，復興社的追兵也追到車頂。這時，顧明杰與葉琳琳也共用一車準備追上火車，而秦川先其一步，追上火車，一躍跳上車頂營救靈犬，隨后，察覺顧明杰快要追上火車了，秦川為了不讓他們懷疑，讓靈犬假裝搏斗。而火車準備駛過橋時，顧明杰和葉琳琳的汽車眼看沒有路再追趕過去，葉琳琳一個著急，便向著靈犬開槍，不料擊中秦川。秦川中槍，在火車駛過橋時，落入江水之中。
秦川落入江中后，生不見人，死也不見尸。眾人因秦川的失蹤而陷入了一遍悲傷之中，夏嵐經受著失夫之痛，而葉琳琳也因自責而離開南京。夏嵐內心堅信著，自己深愛的秦川還沒死，歐陽澈見夏嵐如此悲傷，讓她先休息，暫時不要工作。
轉眼，五年過去，夏嵐每天都思念著秦川。在這段時間里，侵華日軍占領了上海，日軍在上海成立了特務組織——梅機關。
一天夜里，一群在碼頭做搬運工的難民們起哄鬧事。是因為知道自己要搬運的軍火是屬于一位為日本人做事的飛輪幫掌控人古老板的，這些軍火，是幫日本人運來打自己中國人的。國家興亡，匹夫有責，搬運工們不愿吃賣國飯，故鬧起上來。日軍的淺倉大佐掏槍殺一儆百，并警告搬運工們，誰不怕死的可以出來。
這時，一位被難民們喊作桿子哥的人站了出來，用利落的行動奪過淺倉大佐的槍，反手便指著淺倉大佐，威脅古老板和淺倉大佐身邊的武藤須賀，要求放過難民們。這位桿子哥，就是五年前中槍失蹤的秦川。
在雙方僵持之時，秦川說這批軍火已被人盯上，已被安裝定時炸彈，幾秒后便爆炸。果然不出所料，軍火爆炸了，武藤須賀責怪古老板的時候，淺倉也質疑為什么秦川知道這事，秦川說他只是無意中發現。正當雙方一陣唇槍舌劍時，成為機關長的星野千里出現，秦川打算反抗，卻因以寡敵眾而被打暈。
秦川清醒后，發現自己被捆綁拘禁起來。星野打算從秦川口中套出今晚發生的爆炸，并打算問出為什么本該失蹤或死去的秦川為什么會出現碼頭，卻不料秦川失憶了，只有三年的記憶。
在秦川失蹤前，夏嵐懷上了秦川的骨肉，現在夏嵐的兒子已是一名機靈可愛的小男孩子。夏嵐帶著兒子到上海，與現在正在上海做探長的沈若寒碰頭，并到沈家里吃個便飯。吃飯時，沈母說要安排沈若寒相親，然而，沈若寒卻無意此事。因這些年來，代替秦川照顧夏嵐的日子，已經讓沈若寒對夏嵐心有所系。
夏嵐此次到上海，原來是組織的安排。夏嵐與歐陽澈碰了頭，談論了工作安排，也閑話了舊事。
早前在碼頭發生的日軍軍火一事，原是復興社田海濤所為。曹三白為此對田海濤有所嘉獎，也為了安全，讓田海濤暫時撤離上海，避開梅機關的追查。
另一邊廂，古老板也受到淺倉大佐半命令半威脅，要求他動用幫派在上海的勢力，找出軍統躲藏的地方。
田海濤在閑時到了一家青樓打算與朝思暮想的j女小粉蝶共度良宵。田海濤對粉蝶說起，要暫時離開上海，并給了一筆錢粉蝶，在閑聊時粉蝶告訴田海濤，她全家都被日本人所殺，也非常痛恨日本人。田海濤醉上心頭，田海濤直腸直肚的性格，一時為粉蝶的遭遇感到氣憤，便掏出一支手槍給粉蝶，讓她不要怕日本人。此時，粉蝶窺探到田海濤軍統的徽章。
這時候，飛龍幫的風爺正按照古老板的指示到處在上海查探軍統的消息。查至青樓，遇到老相好小粉蝶，粉蝶為不敢隱瞞，把田海濤在青樓的事告訴了風爺。風爺把消息傳至淺倉大佐處，淺倉大佐帶上人馬，把田海濤捉了起來。田海濤被囚禁在日軍梅機關的監牢里被嚴刑逼供，受盡折磨。
星野千里依舊不相信秦川失憶的事，星野向秦川說了一些往事，無奈秦川還是堅稱想不起來，星野感到氣憤便用測謊儀替秦川測謊。機器顯示出來表明秦川在撒謊，星野氣上心頭，不停質問秦川為何撒謊，秦川沒有回答，只是說自己失去了很多事，想求星野了結他性命，結束這一切，讓他不再痛苦。星野再問秦川是否要繼續要軍統賣命，秦川說他不再為任何人賣命，只想一個人靜靜地活下去。星野看見現在的秦川這么脆弱，便放下了戒心和脾氣，勸秦川與他合作，并承諾保全秦川性命。
星野察覺淺倉有煩心事，問及原因，淺倉說，既然測到秦川說謊，為什么不一槍斃其性命。星野笑話淺倉腦子笨，留秦川性命的原因是，秦川是個可以利用的人，他熟悉軍統的一切，如果好好利用，將會對自己有很大作用。
機緣巧合之下，田海濤和秦川共同囚禁在同一個梅機關的監倉里。兩人談及往事，秦川表達了一些對復興社的不滿。這時，有批人馬殺進監牢要救出田海濤，田海濤表示要帶上秦川，是自己人。二人在一輪槍林彈雨之中，坐車脫險。到達安全的地方，田海濤邀秦川一同回復興社，然而秦川以道不同不相為謀作理由，拒絕了田的好意。田海濤見秦川拒絕，便以槍威脅秦川，說他當年是復興社的人，而現在只要還活著，就是軍統的人，軍統需要他這樣的人才。
秦川以不凡的身手奪過槍，堅持不再受軍統控制，并開槍打了田海濤。這時淺倉出現，把秦川帶至星野處。原來剛這一出，是星野用田海濤試探秦川的，而田海濤，也已經投靠日本。
秦川和星野千里、田海濤一同與特工總部的胡先生和胡太太會面。胡太太認出秦川，說當年給秦川做過煤，并且聊了一些舊事。星野在聊天時，不忘說起曹三白壞話，然后似是故意地說起曹三白與胡太太的表親關系。胡太太立刻與曹三白劃清界線，并表示了胡先生與自己的忠心。
聊著聊著，也說到了當年南京火車站的事。星野說多謝那時還是復興社的秦川，念在了二人的師徒關系從而放掉了自己。田海濤聽了，知道了當年是秦川放掉日軍的，表示對秦川的佩服。
而秦川與星野一行在與胡先生會面的地方，被沈若寒看見了，沈若寒告訴夏嵐，說看見了一個很像秦川的人。夏嵐當作秦川是死了的，但是因為沈若寒的話仍然抱有希望，無奈到了他們會面的地方，秦川已經上車了。苦命鴛鴦再次擦肩而過。
而剛才飯局上的一出，星野是故意告訴其他人的，目的為了讓大家認為當年是秦川幫他脫的身，這樣可以令秦川在其他人眼中對國家的忠誠度大打折扣，也斷了秦川后路。
星野任命秦川為情報二課課長，并交待秦川第一項任務，而當秦川在任務中與人周旋之時，星野出現。原來又是一個試驗秦川的局。
而星野千里的妹妹美和也是星野的一名得力助手，星野根據從美和那里得來的情報，得知重慶政府正要與美國空軍的陳納德談判籌備建立中國空軍的事，星野故此安排秦川殺掉陳納德的談判代表麥克嚴，并嫁禍到軍統頭上。
秦川收到任務后回到住處，不料遭到軍統的人埋伏，最后被帶到曹三白面前。多年不見，曹三白假惺惺與秦川寒暄幾句，便提出目的，希望秦川成為軍統潛伏在梅機關的間諜。