申力行有條不紊地為大家分配任務，指揮探案。看到申梓木以及六扇門眾人如此反常地配合自己，申力行自己也覺著很奇怪。
申力行發現不對后，連忙返回六扇門殺個回馬槍。看見六扇門眾人果真是對自己表面服從無比，暗自偷懶怠工，頓時怒從心中來惡向膽邊生，就要沖上前理論，被言亦冬攔下給拽走了。
在目睹了自己父親仍然是不愿意幫助自己查案后，申力行找到齊王，要求齊王幫忙讓自己的的父親“休息休息”。申力行知道父親之所以屢屢阻撓自己辦案，是因為要保護六扇門弟兄的安全，也是為了自己的平安。但他正義在心，只要能將案子查得水落石出，自是萬死不辭。齊王聽此，表面慎重猶豫，實則內心里竊喜無比。
聽吏部于大人說了自己“被休假”一個月，而且在此期間案件由申力行協助辦理，申梓木氣得不打一處來，就要跑回去揍申力行。在于大人的好說歹說好勸歹勸下，申梓木只得頹然接受現實。申梓木回到六扇門，看見申力行正在對著六扇門眾人訓話，聽著兒子擲地有聲的講話以及滿懷的激情，此時的申梓木內心也是五味陳雜，感觸良多。
六扇門眾人不相信申力行真的能撇下臉來懲罰大家，可沒想到申力行說到做到，就要廷杖劉東二十板子。目睹劉東被打，六扇門眾人群情激奮，奪下板子一走了之，申力行真的成了光桿司令。
申梓木終究還是在幫助申力行查案。他找到了一個人脈甚廣的老朋友，那個人看了看手上的鋼針，問申梓木，能使用這種暗器的人功夫恐怕不一般，確定要惹這個麻煩？申梓木表示自己要是不查，自己的兒子就要查了。為了保護兒子，申力行只好自己上陣。在與老友的交談中，申梓木袒露心聲，說自己過去常常阻撓兒子，但是人終究是會長大的。既然申力行心懷正義，以除暴安良為己任，那么自己這個爹便不能再為兒子拖后腿了。
六扇門眾人絲毫不賣申力行面子，連集合也不去。申力行一個人對著空空如也的空地，自顧自地點名，言亦冬不忍再看，離開了。申梓木找到六扇門眾人，向大伙兒坦露了心緒，告訴大家臉是自己掙的，不是別人給的，自己想通了支持申力行的工作，希望大家也能支持申力行，重振六扇門門風。而此時，齊王也在教導申力行應當與眾兄弟搞好關系，像申梓木一樣統領有方，才能更好地領導六扇門破案。
申梓木找到申力行，提醒申力行要小心為上，保護好自己和六扇門弟兄。申力行聽后自然動容，答應了申梓木。之后談及與龔芮溪的婚事，談話又陷入了僵局。
六扇門的眾捕快們開始認真辦案，配合申力行工作，服從申力行的指揮。這個辦案機構此時高效運轉，成果驚人。
所有的線索和證據都指向錦衣衛。申梓木判斷，兇手是錦衣衛指揮使劉進。申力行找到齊王幫忙，并且告訴齊王，劉進近段時間和教坊司的花魁月秀關系密切，可以趁劉進花前月下之時猝不及防而抓捕之。齊王自然是同意，懇請趙無極派東廠高手幫助抓捕劉進。
龔芮溪難忍委屈，再次趕赴京城尋找申力行逼婚。
在得知劉進每月初三初九會來教坊后，申力行和蘇溢清制定策略準備抓捕劉進歸案。
劉進如約而至，蘇溢清讓人用月秀姑娘的手絹將劉進引進了巷子。不明就里的劉進在進入巷子以后遭到了埋伏許久的東廠高手圍攻，輕而易舉地被擒獲。
趙無極借助劉進的心理弱點，軟硬皆施，攻破了劉進的心理防線，讓他交代出了自己是殺害老太監和張世杰的兇手。在趙無極的敘述下，時間回溯：江公公進城前，身為皇子師的曹淵曾經找到過江公公，兩人見面后只長談了一夜，第二日江公公就進了城，然后就面目全非暴尸街頭。這當中原因便是江公公知道一個關乎皇子生死的秘密。在趙無極看來，只有找到皇子師曹淵才能揭開這個秘密。一行人于是開始想辦法。
龔芮溪為了見到申力行，特意在此等候。看到申力行和蘇溢清兩人舉止親密，自然醋意大發，胡鬧了好一番。申力行覺得龔芮溪實在過分，于是拉起蘇溢清就走進王府，龔芮溪急得在身后大叫力行哥哥。
在聽過了兩人的匯報，齊王指出殺死江公公的幕后真兇是皇子。不想此時有人急急忙忙地稟告說，劉進已經逃脫。
急匆匆趕到的齊王被趙無極以公務繁忙為由晾在了客廳好不尷尬。見趙無極的舉動，齊王明白趙無極這是在逼齊王明確表態。齊王讓人給趙無極送去一張畫有乾坤八卦的白紙，表明了乾坤即定的決心，矢志爭奪皇位，不再半黑半百。而這邊趙無極明白了齊王已有明確的爭奪皇位的心思后，終于才肯出來接見齊王，共謀大事。
劉吉推測，趙無極之所以對齊王態度不陰不陽，是因為他看到齊王連連失利，大樹將傾猢猻將散。
蘇溢清聽齊王說六扇門如若貿然抓人，必會引火燒身。對申力行情根深種的她夜闖曹府，最后被錦衣衛的人攔下。得知情況的申力行匆匆趕到，詢問蘇溢清這么做到底是為了齊王還是為自己，蘇溢清不好意思承認，謊稱是為了齊王。
齊王看出了蘇溢清這么做完全是為了申力行，絲毫沒有顧及自己的利益，狠狠訓斥了蘇溢清。
龔芮溪就在言亦冬家中，申力行來到言亦冬家找尋龔芮溪，結果言亦冬謊稱龔芮溪已經離開京城回到通州，還趁機勸說申力行對龔芮溪好點。申力行無奈執行終于表明心跡，原來，他一直把龔芮溪當作親妹妹，自己想要的女人不是龔芮溪，自己和龔芮溪也絕對不可能走到一起。躲在里屋的龔芮溪聽了個一清二楚，她哭著走出懇求原諒，想讓申力行回心轉意。見事不成難抑悲慟，掩面跑了出去。
申力行剛追出，沒想到此時曹淵竟然主動上門找到他。
曹淵與申力行促膝長談，并且以擅長的古彩戲法，告訴申力行眼見未必為真。他承認自己的確去找過江公公，但那是因為他發現齊王想加害于江公公，才派劉進保護他，可是沒想到有人先下手為強殺死了江公公遇害。突然，屋外有響動，申力行警惕地查看，并無發現。
曹淵隱晦地告訴申力行，有人在房頂上偷聽。不過他也顧不了這么多了，他湊近申力行，輕聲而急速地告訴申力行：張世杰不是劉吉的臥底，倒是他的大舅哥是齊王安插在劉吉身邊的臥底，張世杰他們三人發現事情敗露，連夜逃跑，首輔大人寬宏大量不予追究。沒想到他們三人暴死街頭，這當中一定有蹊蹺。再說，劉進武功高強，殺死江公公根本不需要用暗器。這一切都是聰明人用來欺騙聰明人的把戲，說罷趕緊離開。沒想到曹淵出門后遭到黑衣人劫持，申力行在后拼命追趕不上，再經過龔芮溪一糾纏后，待發現曹淵時，皇子師曹淵已然遇害。
更糟糕的情況還在后面，就在申力行檢查曹淵尸身的時候，孫乾帶著錦衣衛沖出來把他抓進了昭獄。因為曹淵是私下里會面申力行，且遇害時申力行就在一旁，申力行此時是百口莫辯。劉吉決定趁此機會置申力行于死地，宣判斬監侯，從而了斷心病，。
聽說兒子下了昭獄，申梓木震驚萬分，意識到千萬個叮囑和保護，不明世事的申力行還是被人陷害了。他拉下面子，赴齊王府懇求齊王救救申力行，蘇溢清告知，齊王早已經到刑部打點關系，準備撈出申力行。
齊王來到刑部，與劉吉一伙的刑部尚書徐大人自是找借口避而不見。刑部的陳大人此時卻刻意接近齊王，二人不懷好意地密謀之后，齊王假裝事情未辦成，失魂落魄回到府中。申梓木給齊王下跪，懇求齊王救救申力行，自己愿意聽從齊王的差遣。獄中的申力行聽聞自己已經被連夜定罪斬監侯，頓時驚呆，萬念俱灰。
申梓木依言亦冬所言，變賣了家產讓言亦冬上下打點，盡早安排申力行和申梓木見面。這邊老家的龔芮溪在得知申梓木把老家的田產全部變賣后，才意識到了申力行出了事，急忙到六扇門找言亦冬問個明白，言亦冬隱瞞不了，聽后的龔芮溪焦急萬分，要湊錢救申力行。
在獄中的申力行仔細推敲事情的前因后果細枝末節，終于醒悟了申梓木說過的話，明白了自己被齊王利用。
在花了一大筆錢后，獄卒終于答應放申梓木與申力行見面。假裝成錦衣衛的申梓木進入大牢，見著兒子，又氣憤又心疼。接著居然與申力行互換衣服，讓申力行逃出大牢找回清白，自己卻代申力行受刑。言亦冬向獄卒塞了許多銀兩，迷惑獄卒然后把獄卒灌醉，帶著申力行跑出大牢。
之后申梓木替換申力行被發現，被嚴刑拷打。
申力行不忍父親受苦，要去救回父親。但此時錦衣衛已經包圍了六扇門，要緝拿申力行歸案。言亦冬勸申力行逃出去找龔家老丈人。結果申力行剛一逃出，就被發現。情急之下幸虧龔芮溪騎馬出現，救走了申力行。