王海軍任改裝后的159艦艦長，李強被派到艦艇學院學習，任政委。王山魁著急抱孫子，為了生男孩還是生女孩的事和馬建成半開起玩笑，兩人小酌怡情，相談甚歡。信息化終端海上試航會議，王海軍自信的準備了兩套作戰方案，王山魁覺得兒子有些托大，便單獨叮囑李強，如果海軍指揮失當立即接替他指揮。李強勉強答應。王海軍幫助李美花找到一份比較合適的工作，李強萬分感激。在訓練中，試驗艦遭遇魔鬼天氣，許多新人不能適應海上惡劣的條件上吐下瀉，有的甚至打了退堂鼓并不斷的抱怨為何挑選這種天氣訓練，王海軍怒斥說訓練也要當作實戰來看待，繼續堅持帶隊訓練。最終王海軍帶領新兵們完成了難度極高的訓練任務，順利返航。為了給孩子治病，李美花耽誤了上班時間，為了避免被開除，美花跟酒店簽了一份她看不懂的合同，合同的工作性質其實是陪客人吃飯。美花受到了客人的調戲和侮辱，酒店反而以她以女色勒索客人要小費而向派出所報案，結果聞訊趕來的李強誤會了美花。王海軍聽說美花被欺負了，怒不可遏沖到酒店，教訓無良老板，卻被糾察帶走。
盧向泉來李強家見到李美花和孩子要回老家，感到心酸，讓李美花留下來并把美花還來的錢拿給她。事影響很惡劣，王山魁和盧信泉都感到棘手，但誰也沒想到這家酒店的董事長竟然是盧向東，盧向東聞訊出面教訓老板，卻被老板用匕首刺傷，盡管向東最終制服了老板，自己還是傷勢過重昏了過去。盧信泉痛苦萬分，拿著向東要交給海軍的夾子。海軍拿到夾子發現向東交給他的是幾張存折和一封信。醫院里，盧向泉和向東冰釋前嫌。第一號實戰演習迫在眉睫，王海軍打人事件還在處理中，王山魁破格將海軍暫留軍艦，降為副艦長，戴罪立功。159艦進入強風區，陳艦長決定繼續向前。因觀通系統出現故障，王海軍命令切換到戰時程序，關閉所有儀器，狀況緊急，王海軍下達作戰命令，李強與王海軍之間起了沖突。王海軍解除李強的指揮，要求他離開指揮室，副艦長也說李強違反了海軍條例。李強發現自己理解錯了司令員的意思，被戰士押下。109指揮室里，彭向前和陳艦長認為王海軍改變計劃是因為終端失靈，他們面臨兩種選擇，全力出擊或者原地不動。藍方旗艦見王海軍沒有使用電子供給系統，猜測他們終端系統失靈，艦長下令繼續尋找109，并活捉王海軍。情況危急，李強和戰士們及時搶修了錯綜復雜的光纜，隨著一連串的報告聲，各項系統全部恢復正常。王海軍立即連接109，對敵艦展開了全面進攻。
藍軍旗艦失去了戰斗的能力，王山魁無奈地站在前甲板上默默吸煙，艦長唯有苦笑。演習結束，整個觀察室一片沸騰，只有馬建成一動不動，眾人立即將他送往醫院搶救。醫院的手術室里，眾人匆匆趕到，手術室門緩緩打開，眾人急忙迎了上去追問結果，主刀大夫終于流出了眼淚，馬建成去世了。隆重和莊嚴的遺體告別會，大家追思著馬建成過往的功績……宜川號拉響志哀的笛聲，馬玉將父親的骨灰撒向了大海。馬玉因勞累及傷心過度流產。醫院里，馬玉向海軍提出自己去北京考國際海洋法博士的想法。馬玉考上中國政法大學國際海洋法博士；向東的公司開得如火如荼，還將公司開到了沙特；海軍和李強繼續完善159的訓練科目，在全軍大比武中取得優異成績。馬玉在答辯過程中和海軍愛情修成正果。作戰會議又一次緊急召開，這是一次全新的戰爭，王山魁要求王海軍單獨指揮宜川號，并要他不立功不要回來見他。王海軍說他只要記住，他是王山魁的兒子。另一頭，挺著大肚子馬玉在許錦云的陪同下，為馬建成掃墓。宜川號發現了目標，全速前進。王海軍帶領全新武裝的159艦進行返航訓練。