悟空以月光寶盒穿梭時空，改變歷史，在萬妖女王殺死唐僧前救回他，隨即燒毀了月光寶盒。東海龍王知寶盒被毀大怒，找來蚧仙人嚴刑烤問，使他講出使用另一寶物七情六欲石的咒語。萬妖女王搶去七情六欲石，控制了龍宮眾人，使龍王拔劍自刎，受控制的九千歲，珍珠及龍王之冤魂齊在天庭指證悟空殺死龍王。悟空百詞萬辯，脅持玉帝后決定與唐僧斷絕師徒關系。萬妖女王欲等悟空被斬后率兵攻打花果山……
悟空被玉帝通緝，天地不容，去到哪里都有無數神妖來對付他。悟空仇恨愈來愈大，大打天兵天將出氣，又加入了六妖陣容。唐僧八戒及沙僧不去取經，往找悟空，悟空扮入邪道也趕走不了他們，唐僧答允在日落前攀過六妖山，以誠意感動了悟空重歸正道，并一同找觀音指引。觀音指悟空必須洗盡內心七情六欲，才能對付魔石，安然過關，修成正果。蜘蛛精、白骨精及黑熊精幫悟空到龍宮查明真相，反被魔石控制，準備襲擊唐僧……
悟空回到六妖廟，及時阻止了三精殺害唐僧，悟空怒闖龍宮，被萬妖女王以魔石一照而受制于她，舉棒欲打唐僧。萬妖女王以魔石照唐僧，卻出現一個佛字，然后砰然爆炸，悟空恢復本性。萬妖女王受神猴幻象牽制，要與悟空同歸于盡，當她在“轉世輪”見到神猴已參透紅塵，不禁慘然，原來一切均是自己心魔作祟。觀音以楊枝甘露助三精還陽，萬妖女王亦帶著眾妖來皈依，唐僧為眾妖剃度。唐僧師徒歷盡辛苦，但見大雷音寺已在望了……