封格格跑到高飛住所通知高飛司令部是個陷阱，卻來晚了一步。幸好高飛識破了盧定軍的詭計，帶著沈冰離開了司令部。封格格趕去救高飛的路上遇到了返回住所的高飛帶著沈冰，她不禁地心生失落。
沈冰將劉遠被盧定軍關押劉遠的消息報告給上司戴局長，于是軍統立即下令叫盧定軍將劉遠以火車運往重慶。而靈兒收到了鐵面人的命令叫沈冰劫持劉遠。高飛和沈冰等人攔截運送劉遠的汽車，雙方展開交戰，沈冰帶著蒙著頭的犯人劉遠逃跑，為了完成任務她誓與高飛決裂。高飛放走了沈冰等人，因為他早已料到蒙著頭的并不是真劉遠。果真，他收到了封格格的消息，立馬趕往順清王府去找真劉遠。
盧定軍和沈燕茹等人在順清王府遭遇埋伏，高飛和封格格等人趕去時，盧定軍等人早已撤離，空無一人。高飛根據現場碑文分析得出結論，劉遠留下的線索并不是什么密碼而是九宮圖。終于，高飛發現了一個神秘的地下密道。
高飛等人走進密道，與早已埋伏著的一伙黑衣人交戰周旋。此時，真的劉遠和他的妻子卻被鐵面人關在了地牢里。鐵面人自稱軍統局站長要劉遠交代軍火的所在地。
劉遠向鐵面人交代了軍火庫的秘密是特洛伊計劃——利用細菌武器毀滅整個龍城，而打開軍火庫的兩把鑰匙，分別的秋田真吉和高飛手里。高飛經過一番推理終于發現了打開軍火大門的鑰匙孔。而此時劉遠剛道出打開大門需兩把鑰匙共同打開，否者后果不堪設想，不知真相的高飛，卻正把他手里的那把鑰匙放進了鑰匙孔里。
高飛和金小班及時發現了大門的玄機，躲過一劫。眾人逃出密道后，封格格突然暈倒，高飛抱起封格格和小班、賀敏離開，卻被在高處埋伏的沈冰發現，沈冰心生醋意，但還是為高飛等人一路護航，射殺埋伏在地下的黑衣殺手，高飛等人順利逃生。
沈燕茹受傷面臨昏迷或癱瘓的危險，盧定軍緊張又擔心。此時，高飛正和金小班、賀敏計劃著找到另一把鑰匙。而鐵面人卻命令沈冰殺掉高飛拿到他身上的那把鑰匙。
盧定軍在病床前傷心落淚，終于等到了愛人沈燕茹的蘇醒，同時命人打探劫走劉遠的人是什么身份。而軍統站長正暗中派人找解鎖工匠打開軍火庫大門。
沈冰孤身來到高飛的住所，她告知高飛劉遠死了的消息，并卻說高飛退出，高飛斷然拒絕，二人不歡而散。
龍城站長告知軍統上級特洛伊計劃，隨后，盧定軍便收到了重慶方面的電文。盧定軍立馬致電張光墨準備下一步計劃。而此時，高飛正根據盧定軍接手龍城前后的地圖推斷出關鍵人物張光墨。為得到更多資料，高飛在封格格的幫助下與賀光輝見面，果然，日本軍事基地的所有資料都在張光墨師部的機要室里。
沈冰正和靈兒偷偷查探劉遠的下落，卻無意間發現劉遠卻被突然冒出的一伙人射殺。軍統站長收到了劉遠和解鎖專家被被忍者射殺的消息。沈冰跟上級提出啟用高飛協助她完成任務的建議。
高飛和金小班準備夜探機要室，而張光墨正交代下屬加緊防備。賀敏發現封格格發燒，出門去買退燒藥遇到了父親賀光輝。就在此時，高飛剛要打開機要室的大門，警報突然響起。
高飛正與敵軍發生激烈的槍戰，另一邊，賀光輝交代女兒賀敏要好好監視高飛，不要參雜個人感情。高飛在金小班的接應下，終于安全回到住所，賀敏卻因高飛關心封格格而吃醋。
龍城站長一方面派人搶奪高飛手中的鑰匙，另一方面查找秋田的下落。此時，封格格收到情報重慶方面又派了一個巡查專員來龍城。張光墨加強警戒，高飛無從下手，只能等待時機。
軍統特工查探秋田消息未果，捕殺高飛也未能成功。龍城軍統站長大怒，但又因發現高飛有打開軍火庫的能力和鑰匙，于是軍統決定利用沈冰控制住高飛。
封格格去藥店抓藥遇上土匪調戲，有病在身的格格無力還擊，幸虧高飛及時趕到救她離去。封格格告知高飛重慶專員即將到來的消息，于是高飛為治好封格格的病，決定和金小班利用這個機會去軍方偷“奎寧”。
盧定軍收到了重慶會派一個周專員來龍城新風車站的消息，決定派顧明埋伏抓捕。卻不料高飛假扮盧定軍的副官搶先把周專員劫持走。隨后，高飛假扮周專員與封格格等人來到了張光墨的師部巡查。在車站守候的盧定軍見專員遲遲不到，突然想起清剿日軍基地時日軍留下的重要資料，決定去機要室查看。
張光墨想通知盧定軍重慶專員的到來，卻發現盧定軍不在。張光墨專門為專員高飛擺起了接風宴，席間，他端起酒杯敬酒，卻被高飛斷然拒絕。