封格格跑到高飛住所通知高飛司令部是個(gè)陷阱，卻來(lái)晚了一步。幸好高飛識(shí)破了盧定軍的詭計(jì)，帶著沈冰離開了司令部。封格格趕去救高飛的路上遇到了返回住所的高飛帶著沈冰，她不禁地心生失落。
沈冰將劉遠(yuǎn)被盧定軍關(guān)押劉遠(yuǎn)的消息報(bào)告給上司戴局長(zhǎng)，于是軍統(tǒng)立即下令叫盧定軍將劉遠(yuǎn)以火車運(yùn)往重慶。而靈兒收到了鐵面人的命令叫沈冰劫持劉遠(yuǎn)。高飛和沈冰等人攔截運(yùn)送劉遠(yuǎn)的汽車，雙方展開交戰(zhàn)，沈冰帶著蒙著頭的犯人劉遠(yuǎn)逃跑，為了完成任務(wù)她誓與高飛決裂。高飛放走了沈冰等人，因?yàn)樗缫蚜系矫芍^的并不是真劉遠(yuǎn)。果真，他收到了封格格的消息，立馬趕往順清王府去找真劉遠(yuǎn)。
盧定軍和沈燕茹等人在順清王府遭遇埋伏，高飛和封格格等人趕去時(shí)，盧定軍等人早已撤離，空無(wú)一人。高飛根據(jù)現(xiàn)場(chǎng)碑文分析得出結(jié)論，劉遠(yuǎn)留下的線索并不是什么密碼而是九宮圖。終于，高飛發(fā)現(xiàn)了一個(gè)神秘的地下密道。
高飛等人走進(jìn)密道，與早已埋伏著的一伙黑衣人交戰(zhàn)周旋。此時(shí)，真的劉遠(yuǎn)和他的妻子卻被鐵面人關(guān)在了地牢里。鐵面人自稱軍統(tǒng)局站長(zhǎng)要?jiǎng)⑦h(yuǎn)交代軍火的所在地。
劉遠(yuǎn)向鐵面人交代了軍火庫(kù)的秘密是特洛伊計(jì)劃——利用細(xì)菌武器毀滅整個(gè)龍城，而打開軍火庫(kù)的兩把鑰匙，分別的秋田真吉和高飛手里。高飛經(jīng)過(guò)一番推理終于發(fā)現(xiàn)了打開軍火大門的鑰匙孔。而此時(shí)劉遠(yuǎn)剛道出打開大門需兩把鑰匙共同打開，否者后果不堪設(shè)想，不知真相的高飛，卻正把他手里的那把鑰匙放進(jìn)了鑰匙孔里。
高飛和金小班及時(shí)發(fā)現(xiàn)了大門的玄機(jī)，躲過(guò)一劫。眾人逃出密道后，封格格突然暈倒，高飛抱起封格格和小班、賀敏離開，卻被在高處埋伏的沈冰發(fā)現(xiàn)，沈冰心生醋意，但還是為高飛等人一路護(hù)航，射殺埋伏在地下的黑衣殺手，高飛等人順利逃生。
沈燕茹受傷面臨昏迷或癱瘓的危險(xiǎn)，盧定軍緊張又擔(dān)心。此時(shí)，高飛正和金小班、賀敏計(jì)劃著找到另一把鑰匙。而鐵面人卻命令沈冰殺掉高飛拿到他身上的那把鑰匙。
盧定軍在病床前傷心落淚，終于等到了愛人沈燕茹的蘇醒，同時(shí)命人打探劫走劉遠(yuǎn)的人是什么身份。而軍統(tǒng)站長(zhǎng)正暗中派人找解鎖工匠打開軍火庫(kù)大門。
沈冰孤身來(lái)到高飛的住所，她告知高飛劉遠(yuǎn)死了的消息，并卻說(shuō)高飛退出，高飛斷然拒絕，二人不歡而散。
龍城站長(zhǎng)告知軍統(tǒng)上級(jí)特洛伊計(jì)劃，隨后，盧定軍便收到了重慶方面的電文。盧定軍立馬致電張光墨準(zhǔn)備下一步計(jì)劃。而此時(shí)，高飛正根據(jù)盧定軍接手龍城前后的地圖推斷出關(guān)鍵人物張光墨。為得到更多資料，高飛在封格格的幫助下與賀光輝見面，果然，日本軍事基地的所有資料都在張光墨師部的機(jī)要室里。
沈冰正和靈兒偷偷查探劉遠(yuǎn)的下落，卻無(wú)意間發(fā)現(xiàn)劉遠(yuǎn)卻被突然冒出的一伙人射殺。軍統(tǒng)站長(zhǎng)收到了劉遠(yuǎn)和解鎖專家被被忍者射殺的消息。沈冰跟上級(jí)提出啟用高飛協(xié)助她完成任務(wù)的建議。
高飛和金小班準(zhǔn)備夜探機(jī)要室，而張光墨正交代下屬加緊防備。賀敏發(fā)現(xiàn)封格格發(fā)燒，出門去買退燒藥遇到了父親賀光輝。就在此時(shí)，高飛剛要打開機(jī)要室的大門，警報(bào)突然響起。
高飛正與敵軍發(fā)生激烈的槍戰(zhàn)，另一邊，賀光輝交代女兒賀敏要好好監(jiān)視高飛，不要參雜個(gè)人感情。高飛在金小班的接應(yīng)下，終于安全回到住所，賀敏卻因高飛關(guān)心封格格而吃醋。
龍城站長(zhǎng)一方面派人搶奪高飛手中的鑰匙，另一方面查找秋田的下落。此時(shí)，封格格收到情報(bào)重慶方面又派了一個(gè)巡查專員來(lái)龍城。張光墨加強(qiáng)警戒，高飛無(wú)從下手，只能等待時(shí)機(jī)。
軍統(tǒng)特工查探秋田消息未果，捕殺高飛也未能成功。龍城軍統(tǒng)站長(zhǎng)大怒，但又因發(fā)現(xiàn)高飛有打開軍火庫(kù)的能力和鑰匙，于是軍統(tǒng)決定利用沈冰控制住高飛。
封格格去藥店抓藥遇上土匪調(diào)戲，有病在身的格格無(wú)力還擊，幸虧高飛及時(shí)趕到救她離去。封格格告知高飛重慶專員即將到來(lái)的消息，于是高飛為治好封格格的病，決定和金小班利用這個(gè)機(jī)會(huì)去軍方偷“奎寧”。
盧定軍收到了重慶會(huì)派一個(gè)周專員來(lái)龍城新風(fēng)車站的消息，決定派顧明埋伏抓捕。卻不料高飛假扮盧定軍的副官搶先把周專員劫持走。隨后，高飛假扮周專員與封格格等人來(lái)到了張光墨的師部巡查。在車站守候的盧定軍見專員遲遲不到，突然想起清剿日軍基地時(shí)日軍留下的重要資料，決定去機(jī)要室查看。
張光墨想通知盧定軍重慶專員的到來(lái)，卻發(fā)現(xiàn)盧定軍不在。張光墨專門為專員高飛擺起了接風(fēng)宴，席間，他端起酒杯敬酒，卻被高飛斷然拒絕。