秋田正喪心病狂地給沈冰連打毒針逼沈冰說出高飛的弱點，沈冰寧死不說，秋田卻才意識到高飛的弱點正是沈冰。高飛和金小班等人在德宏旅社搜查秋田的蹤跡，抓到秋田的手下帶回警局。高飛根據秋田手下的鞋底和表情分析出秋田在惠豐糧倉，但來到糧倉卻發現空無一人。秋田設下圈套約高飛孤身前往燕子塢，并通知沈燕茹派兵協助他們抓捕高飛。
高飛來到燕子塢，按照秋田的指示蒙頭騎馬被帶到他們的據點。而此時金小班和賀敏正急速趕往燕子塢尋找高飛。高飛略施小計將秋田等人打倒在地，準備帶著沈冰離開時，卻被沈燕茹帶來的隊伍包圍了，危急時刻，龍九趕來清理門戶，將沈燕茹等人趕跑，高飛和沈冰終于得救。
沈冰已脫離了軍統，答應跟高飛在一起，永不分開，這對糾結的虐戀情人終于和好如初。而盧定軍收到麻泗水的消息，推斷高飛很可能跟共黨有關系，而那批珠寶很可能會出現在黑市交易里。麻泗水逼黑市的賴八爺供出了倒賣珠寶的實情，并帶隊逼死了三娘，逮捕白少樓進行嚴刑逼問關于地向黨人的情報。
少洪波請求盧定軍審問白少樓遭拒絕，而麻泗水見逼供無效便故意將白少樓押送青山監獄，并散播押送路線，引共黨上鉤。地下黨員們全力營救白少樓，卻不料被事先埋伏好的官兵伏擊。白少樓被送到青山監獄，麻泗水借機使用離間計令白少樓供出了少洪波是共黨，并且珠寶已被運出龍城的重要情報。
盧定軍將白少樓殺死以蒙蔽共黨他已得到情報的事實。隨后，他逼秋田交出手中的鑰匙想要將其殺之，卻得知只有得到兩把鑰匙才能打開地下軍火庫，而只有秋田知道打開軍火庫的方法，于是盧定軍不得不答應秋田護送其出城。
少洪波意識到白少樓已經招供，于是他一方面通知高飛等人去火車上抓捕秋田真吉，另一方面做好了為黨捐軀的準備。沈冰收到鐵面人的指示，令其拿到鑰匙后殺掉高飛，并以沈冰女兒的性命做要挾，面對這兩難的抉擇，沈冰痛不欲生。
高飛和沈冰等人混進火車上抓秋田真吉，卻不料中了盧定軍的圈套。盧定軍逼高飛交出鑰匙，并以封格格的性命要挾。危急時刻，高飛打死了秋田真吉并告知鑰匙在封格格身上，并且她知道怎樣打開軍火庫。于是盧定軍挾持封格格去了順請王府碑林——地下軍火庫。
與此同時，高飛和沈冰等人、地下黨員們、麻泗水挾持著少洪波紛紛前往順清王府碑林，一場決戰就此拉開序幕。
狡猾的盧定軍以少洪波的性命做要挾，逼封格格幫他打開了地下軍火庫的大門。不料，剛走進地下密道，盧定軍就殺了麻泗水，因為他早就知道了麻泗水的甲先生身份。封格格被逼著帶盧定軍一步步地走近軍火庫。此時，高飛在順清王府外正帶著地下黨人們與官兵們交戰，拼力營救她。
封格格趁機逃跑，少洪波被殺，盧定軍等人困在機關里。幸得顧明找到了生門，盧定軍和沈燕茹才得以逃出機關。而此時，被盧定軍射殺的麻泗水突然睜開了眼睛。
盧定軍、沈燕茹和顧明三人終于找到了軍火庫的大門。盧定軍打開大門，發現軍火庫的大批細菌武器和金銀珠寶，大喜過望。他命顧明將這些東西裝載到運輸車上，而顧明卻利用這個機會偷偷在車上安裝了定時炸彈，企圖釋放病毒。
麻泗水趕到據點指揮著軍統特工們開始行動。盧定軍發現了顧明的真實身份，將其一槍斃命，準備離開之際才發現顧明在兩輛車上都裝了炸彈。此時，麻泗水帶著軍統特工們和高飛等人齊齊包圍盧定軍等人，并對其開火射殺，不料，盧定軍以炸藥逼迫開車逃走。軍統和共黨雙方試圖搶奪盧定軍留下的病毒和珠寶，卻得知車上都被裝了定時炸彈。軍統發現拆彈不成，帶隊撤離。炸彈很快會引爆運輸車，為了龍車百姓的安慰，老宋和賀敏駕車離開，金小班急忙跳上了賀敏的車。
盧定軍帶著珠寶和沈燕茹坐上了逃亡的火車，卻不料高飛和沈冰追來。雙方展開了生死之戰，一番殊死搏斗后，沈燕茹被沈冰殺死，盧定軍被高飛打倒。此時，金小班成功將運輸車開到郊外引爆，危機化解，賀敏得救，老宋壯烈犧牲。
高飛回到車廂內準備帶沈冰離開，卻不料此時火車開到了斷崖，而沈冰被盧定軍用手銬銬住，無法逃脫，危難之際，沈冰將高飛甩下火車，并囑托高飛一定要救他們的孩子。火車沖下了斷崖，高飛攤倒在地。
金小班抓了麻泗水逼他供出了高飛女兒的所在，高飛孤身前往救出了女兒高小飛，臨出門之際，他們突然遭遇襲擊，一個形似沈冰的女人救了他們一命，高飛告訴女兒她媽媽回來了。
此時，賀光輝收到了一份電報，上級祝賀特工003與他們順利合作完成任務。