南宋學子宋慈，自小著迷于斷案釋疑，在睡夢中解開一個骷髏之迷，醒來豪言，此生必得成就刑獄偉業。翌日，京榜題名的宋慈與同科好友孟良臣相邀酒肆，舉杯暢飲。席間，孟良臣告訴義兄他已請命受任梅城知縣。宋慈深知梅城縣地處邊遠，人事艱險，前任知縣上任僅半年就不明不白地遇難身亡，宋慈對好友此去甚感憂慮。梅城縣已故知縣竹梅亭之女竹英姑懷疑父親死的蹊蹺，來到京城找到曾在衙門當過捕頭并有著“捕頭王”之稱的遠房兄長商議，欲請當朝著名刑獄推官宋鞏出馬，查明父親遇難真相。宋慈完婚之日，良辰已到，花轎臨門，任嘉州推官的父親卻遲遲未歸，只得先將新娘迎入府中。正當一對新人行三拜大禮之際，一輛馬車冒雨而至，馬車載回的竟是宋父遺體……
宋慈從父親的遺容上發現父親是死于中毒，就向老家院追問。老家院只得呈上宋父的遺書：原來，四十年刑獄從無錯案的宋鞏，卻是因誤斷命案而服毒自殺以死謝罪的。父親的遺書給兒子留下一道“終身不得涉足刑獄”的遺命。從小立志子承父業的宋慈從此心灰意冷，整日以酒澆愁。宋老推官的猝然作古，使英姑和捕頭王到嘉州之行落了空，而梅城縣卻又傳來新任知縣孟良臣在赴任途中死于客棧起火的惡訊，捕頭王和英姑以此力請宋慈赴梅城破案，宋慈卻礙于父命而去留兩難。好友孟良臣的猝然遇難，使宋慈更加焦灼不安。在母親的開導下，宋慈頓然領悟父親臨終遺書的良苦用心：老推官是以自己的過失和生命的代價，告誡兒子一個“人命大如天”的至理。解開了心頭的郁結，宋慈毅然出征，帶著捕頭王和英姑，義無反顧地趕赴梅城……
梅城縣果然水深難測、暗含殺機。以楊主簿為首的一班縣吏早有防備，以至使宋慈到梅城后每每遇壁，處境艱難。英姑為緩解宋慈的煩亂心緒，端來腳水，為宋慈泡腳調理，宋慈心態放松，果然想起了父親遺書中提到過的一著驗法，遂往火燒現場驗證孟良臣死因。用釅醋潑地，果然見臥尸之處，浮現出一大片血跡。正在宋慈驗地之時，楊主簿率縣吏們突然趕來。宋慈臨危不亂，機智應變。在知州府，宋慈向盧知州道明了孟良臣死于謀殺的疑點，并問縣衙是否有人出身忤作？盧知州告之楊主簿正是仵作出身。楊主簿在j女“六月紅”房里，受雇于他的殺手黑三突然闖入……