為了安全起見，馬大帥被安排在城中某家j院的客房內，由陳宇負責保護其安全，然而馬大帥卻一心想回大帥府。在馬大帥看來，暗中被害，不如高調入住大帥府，此番一來，日本人不得不派兵保護自身安全。李三等人得知馬大帥的住所后，由徐鐵頭等人喬裝開路，李三則遵守承諾，帶著馬小宛前往j院，欲刺殺馬大帥。誰知被狡猾的菊村早一步料到，唱了一出空城計，李三和馬小宛的第一次刺殺計劃以失敗告終。馬大帥以手中的兵權為籌碼，讓菊村和渡邊不得不同意重新修繕大帥府，擇日讓馬大帥重返大帥府。
馬大帥高調回府的消息傳到了燕子門，李三等人安心馬小宛沖動。果不其然，馬小宛趁著天黑，只身一人前往大帥府。陳宇發現此事，不動聲色，欲借馬小宛之手，為自己除掉馬大帥這個眼中釘。然而，馬大帥早有準備，躲過了馬小宛的刺殺，馬小宛被尾隨的張鵬飛強行帶走。馬小宛氣不過，張鵬飛告知馬小宛已被陳宇盯上，即使是殺了馬大帥，馬小宛也羊入虎口。張鵬飛的話讓馬小宛感到了遭遇欺騙和背叛后的一絲溫暖。兩顆悸動的心，也在兵荒馬亂的日子里越走越近。
菊村為了讓馬大帥趁早派兵前往濟南，以便控制馬家軍，欲用美人計來討馬大帥歡心。與此同時，燕子門也想到了美人計，并從張鵬飛和馬小宛口中得知了馬大帥鐘情的七姨太是刀馬旦，于是東方玉在方俊生的幫助下進入童家班，以刀馬旦的身份為馬大帥表演。馬大帥對東方玉動情，當即下令讓馬家軍即刻趕往濟南城，正中菊村下懷。
后臺，馬大帥為得到東方玉，答應東方玉的婚禮要求，擇日在大帥府舉行盛大的婚禮，迎娶東方玉。新娘入洞房后，馬小宛偷梁換柱，換出東方玉，自己成為新娘坐在洞房里。為了保護馬小宛的安全，李三和張鵬飛潛伏在大帥府后院附近，隨時接應馬小宛。美人計奏效，馬小宛果真在馬大帥結束婚宴回洞房后殺了他，并成功在李三和張鵬飛的掩護下離開了大帥府。
讓李三萬萬沒有想到的是，婚宴只是菊村等人設下的套，菊村得到了馬大帥的武裝，又借李三等人的手，除掉了馬大帥。菊村欲和李三比武，李三答應，但是以放走其他人為前提，菊村允諾。眾人在東方玉的帶領下，暫且離開，方俊生偷偷重回城中，欲救李三。
李三和菊村的比武難舍難分，卻因中了菊村的毒刀落敗。李三利用燕子三抄水的獨門功夫逃脫，回到山寨，卻因中毒過深面臨著和東方白一樣的厄運。與此同時，方俊生被陳宇等人抓獲。
在燕子精神和強大的意念下，李三挺過了難關，為自己爭取營救的生理時間。東方玉和馬小宛找到解藥，救下李三，李三確定將計就計，命小七等人在城中大肆購買花圈冥紙，為燕子俠之死造勢。果真，燕子李三的死傳到了日本商會，菊村命山木趁機將搗毀燕子門，將其連根拔起。渡邊擔心山木越權，派陳宇尾隨。
陳宇嗅到了一絲不對勁，借口讓山木打前陣，沒想到卻被燕子門里早已埋伏好大炮轟成了碎片，陳宇等人趁亂逃離。李三利用山木等人搗毀燕子門的時間差，救出了大牢里的方俊生，又從方俊生口中得知了菊村來濟南城的目的，李三和東方玉一同想到了李云飛的寶藏，李三決定再探一次師父留下的寶藏。
果真如李三等人所料，菊村來中國的目的確實是李云飛的寶藏。菊村在警察署的井里發現了寶藏的秘密，得意忘形之時，死于重生的燕子俠李三手下。李三將菊村的尸體放在了日本商會大牢外，混淆視聽，菊村的死令渡邊和陳宇大為震驚。唯一知道寶藏秘密的菊村已死，于是李三等人開始計劃運輸寶藏一事。
陳宇根據菊村尸體的推斷，來到了警署，在井口發現了菊村的血跡，印證了他的推理。隨后，陳宇和王峰來到了井下，發現了真正的寶藏。為了不遭到來自東京的壓力，渡邊打算讓陳宇背這個黑鍋。
陳宇本想利用寶藏的事情來牟利，卻被渡邊迫害。王峰不得不將寶藏的秘密告知渡邊，卻也難逃一死。為了能夠順利將寶物全部運出城，李三事先將寶物分給老百姓，然后自己做誘餌吸引了日軍的注意力。為了抓住李三，渡邊派出了菊村調來的狙擊手小隊，沒想到狙擊手并沒有殺死李三，反倒被李三各個擊敗。
渡邊利用李三和狙擊手對抗的時間差，迅速調集好火力，一頓炮火，將李三擊倒捕獲。渡邊抓到李三后，嚴刑拷打，決定將燕子李三吊在城門上示眾。在城門前，渡邊將李三的生死交給全城的百姓，只要他們同意李三死，百姓們就能活下來，反之，如果要李三活著，百姓們就不得不死。
令渡邊意想不到的是百姓們寧可自己去死也要讓心目中的燕子俠活著。這時，渡邊心愛的養女美子居然在城墻上用中國話大喊打倒日本鬼子。一旁的日本士兵將美子打死，渡邊受刺激分神，被李三趁機脫身并將其殺死。
方俊生的部隊趕到，和東方玉帶領下的燕子門一起奮力抗擊日本鬼子。這場持續了三天三夜的戰爭之后，誰也沒有見到過燕子俠，誰也不知道燕子俠身處何處，但是燕子門的弟子越來越多，他們懲惡揚善，抗擊敵寇，活躍在整個山東地區。