創(chuàng)世紀(jì)的第二次發(fā)射摧毀了地球聯(lián)合軍的月面基地。下個(gè)目標(biāo)是地球嗎?聯(lián)合軍重組潰散的艦隊(duì)，讓調(diào)解隊(duì)再度出擊，企圖以核彈直接攻擊殖民地。煌等人在創(chuàng)世紀(jì)與核彈之間奮戰(zhàn)。激烈戰(zhàn)斗中，M1異端鋼彈隊(duì)?wèi)?zhàn)死。穆與拉烏也在戰(zhàn)斗中受傷。但是伊薩克與迪安卡的連手合作，總算打敗了瘟神鋼彈與禁斷鋼彈。同一時(shí)候，與大天使號戰(zhàn)斗的主天使號內(nèi)部，阿茲萊爾與娜達(dá)爾兩人意見不合，抓狂的阿茲萊爾對命令全員離艦的娜達(dá)爾開火，而且還發(fā)射羅安格林破壞炮。大天使號來不及閃避。在危急的剎那間，穆挺身保護(hù)大天使號，壯烈爆炸。眼見穆的死去，瑪琉發(fā)狂的也下令發(fā)射羅安格林破壞炮。同時(shí)娜達(dá)爾亦制伏阿茲萊爾，大喊“快動(dòng)手!瑪琉.雷明斯!”。犧牲了所愛的男人的二位女性，同心協(xié)力的埋葬掉戰(zhàn)爭的元兇之一，藍(lán)色宇宙的盟主…。
即使付出了多人的犧牲，戰(zhàn)爭還是沒有結(jié)束。芙蕾離開主天使號，受到那份對煌的割舍不下的感情牽引，卷入了自由鋼彈與天帝鋼彈的死斗中。然后，在煌的面前，被拉烏的無情之刃所殺死。在無法守護(hù)自己想守護(hù)的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的靈魂終于在結(jié)束的時(shí)刻與煌融合了嗎…。另一方面，薩拉下令創(chuàng)世紀(jì)瞄準(zhǔn)攻擊地球。扎夫特軍中出現(xiàn)了試圖停止其瘋狂行動(dòng)的人士。正好在此時(shí)，阿斯蘭與卡佳理一起闖進(jìn)雅金.杜威，想阻止父親的兇行。但是他們到場后，卻目擊到薩拉被士官槍殺的場面。薩拉咽下最后一口之前，依然不停詛咒著自然人。然而他的死，并無法停止失控的事態(tài)。雅金的自爆，連帶啟動(dòng)了創(chuàng)世紀(jì)。阿斯蘭單身闖入讓核引擎失控，摧毀整個(gè)創(chuàng)世紀(jì)。行動(dòng)后阿斯蘭本想同歸于盡，卻被卡佳里制止，一同逃出。同一時(shí)刻，煌與拉烏在死斗之后，兩人同歸于盡。而在扎夫特方面，舊克萊因派發(fā)出停戰(zhàn)的呼吁，和平之路似乎已經(jīng)開啟。阿斯蘭看著戰(zhàn)場凄涼的遺跡，內(nèi)心深深感到絕望。這時(shí)候，小鳥飛向宇宙了。它飛向化成殘骸的自由鋼彈的機(jī)體。在那里，有煌的身影…希望并沒有消失啊。