在地球軍的月面基地，大天使級二號艦主天使號，一直忙于戰斗訓練。坐在艦長席的，是娜達爾.巴吉路少校。搭載侵略鋼彈、禁斷鋼彈、瘟神鋼彈的主天使號，以及觀察員阿茲萊亞，為了討伐大天使號，即將開往L4殖民地群。娜達爾對于自己必須槍口指向過去的戰友一事，受到不小的沖擊。在此同時，抵達廢棄的殖民地，門德爾后，大天使號、草薙號、永恒號三艦正商討今后的計劃。卡佳里見阿斯蘭沒有出現，擔心的去找阿斯蘭。苦惱已久的阿斯蘭開口道出心聲：「我什么都辦不到，什么都不了解．．．」。卡佳理拼命的安慰阿斯蘭。此時阿斯蘭突然抱住卡佳理。阿斯蘭與卡佳理之間，迷惑與安祥的時間流逝。但是，停在門德爾港內的大天使號還是被娜達爾發現，主天使號先發制人發動攻擊，與過去的同袍的戰爭就此開始。
主天使號為了討伐大天使號而開啟了戰端。三架鋼彈在煌與阿斯蘭默契十足的連手攻擊下，落居下風。得知草薙號可能參戰，娜達爾判斷戰況不利，決定暫時撤離戰線。大天使號勉強脫困。?另一方面，穆與迪安卡察覺扎夫特軍混入殖民地內，一同前往迎擊。駕駛新型ＭＳ出現的拉烏，與穆的命運決斗開始了。在戰斗中，伊薩克發現對峙的暴風鋼彈，深感困惑。伊薩克不知駕駛者正是迪安卡，不停憤怒地攻擊。拼命躲避攻擊的暴風鋼彈，一直不肯對決斗鋼彈出手，最后終于呼叫伊薩克。伊薩克的決斗鋼彈果然因而停止動作。兩人下了ＭＳ，氣氛極度緊繃。此時，拉烏與穆的激烈死斗因為駕駛自由鋼彈趕來支持的煌而中斷，逃入一棟建筑物里面。煌與穆也跟著追入，在那里見到沖擊性的事實真相．．．！
煌與穆追蹤克魯澤，進入某棟建筑物里頭。殖民地門德爾基因研究所…拉烏、穆、煌三人在這個地方展開了槍擊戰。然后，拉烏打破了緊張的沉默，道出沖擊性的事實真相。同一時刻，伊薩克與在地球失蹤的迪安卡對峙許久，尖銳質問迪安卡的真正想法。另一方面，在殖民地外側，強力說服了娜達爾的阿茲萊爾，指示主天使號與大天使號再度展開戰斗。槍擊戰中，拉烏道出過去這個研究所進行的，以人工子宮生產調整者的實驗。煌的親生父母是該計劃的研究者，自己便是研究中唯一的成功例子。同時拉烏還告白自己與穆的關系。原來他是利用穆的父親的基因，制造出來的失敗的復制人。事實真相讓兩人大為震憾。拉烏大喊:「我有制裁全人類的權利!」后，匆匆逃離。?返回旗艦苻澤琉斯號的拉烏，委托俘虜芙蕾一張磁盤片，宣稱那是可以結束戰爭的最后一道門。