歐普數度嘗試與地球聯合交涉，但是地球聯合的要求只有一個：要歐普解除武裝。在再度展開總攻擊的情況中，煌與阿斯蘭互相表白自己的心意，化解了誤會，同時阿斯蘭也開始詢問自己，戰爭的意義為何。而，以禁斷、瘟神、侵略鋼彈為首的地球軍MS部隊，開進了歐普的大地，幾乎覆蓋了整個淤能碁呂海岸線。在這情況下，烏茲米.那拉.阿斯哈放棄淤能碁呂島，要求國民與大天使號脫離該地，自己則留在國內，決意戰斗到底。為了將煌等人發射上宇宙，質量投射裝置展開了發射準備。好像早就瞄準好這機會一樣，在煌等人的面前，有三架鋼彈阻擋了他們的去路。同時，決定留在國內抗戰到底的烏茲米，告訴了卡加里沖擊性的事實真相…。
草薙號與大天使號飛上了宇宙。草薙號接舷完畢，船員們為了補給與整備，航向因戰亂而化成廢墟的L4殖民地。此時，拉克絲在殖民地以全體市民為對象做地下廣播，秘密進行反抗活動。其影響力連薩拉議長也大感棘手，派出搜捕的憲兵也全都無功折返。另一方面在地球，地球軍雖然奪取歐普的質量投射裝置不成，卻也搶回了維多利亞基地，成功拿下進出宇宙的途徑。地球軍在打敗扎夫特MS部隊后，想乘勢收回宇宙，以新型MS部隊為主力，用質量投射裝置將物資發射上空，想要展開大規模侵略行動。阿茲萊爾總合手上三架鋼彈的戰斗記錄，察覺到自由與正義鋼彈使用的動力之秘密，企圖得到這兩架鋼彈。此外，阿斯蘭下定決心，為了解父親的真意，離開了大天使號，獨自飛返殖民地…。
為了了解自己的父親，扎夫特最高評議會議長派屈克.薩拉發動戰爭的真正想法，阿斯蘭來到了殖民地。煌自愿駕駛自由鋼彈護衛阿斯蘭的航天飛機。阿斯蘭向煌道出了自己的覺悟。煌體會到其中的深意，在分開時說道:「不論是你、或是我，現在都還不能死」。?阿斯蘭當面詢問父親對這場戰爭的真正想法。但是，他所面對的并不是以往的父親。對于薩拉帶著瘋狂眼神道出的戰爭的目的，阿斯蘭吃驚到顫抖。薩拉槍口指向自己的兒子阿斯蘭，質問正義鋼彈與自由鋼彈的下落，派人押走被烙上叛徒標記的阿斯蘭。?達哥斯塔率領拉克絲派的成員，救走了解送途中的阿斯蘭。拉克絲終于展開行動了。她奪走最新戰艦永恒號，逃離殖民地。在她的艦橋上，赫然可見過去人稱「沙漠之虎」的渥特菲德的身影。?大天使號、草薙號、與永恒號在L4會合。放下過去的敵我之分，一支獨立部隊在此成立。然后，拉克絲投入煌的懷里，宣泄自己的喪父之痛…。