1912年5月下旬，孫中山回到家鄉看望鄉親父老，并到陸皓東墳前祭拜，孫中山回首往事，感慨萬千；并向兄長孫眉賠禮。兄弟二人冰釋前嫌、和好如初。孫中山去澳門看望陳粹芬，陳粹芳已人去樓空，只留下一封信給孫中山。在回家的渡口，見到了陳粹芬收養的女兒。?由于袁世凱只要從共和所得到的實權，而不要共和所主張的民主，孫中山非常氣憤，于1912年7月回到上海同盟會本部，因陳其美、蔡元培、宋教仁等紛紛從袁世凱內閣辭職，內閣里已沒有牽制袁世凱的力量了，孫中山決定去北京與袁世凱共商國策。?1912年8月下旬孫中山與袁世凱在總統府會晤，共商國家大計。?1913年2月，孫中山夫婦和宋嘉樹夫婦起程前往日本考察鐵路。?袁世凱把堅決維護臨時約法的宋教仁看成心腹大患，1913年3月20日，袁世凱派刺客暗殺了宋教仁，公開破壞臨時約法，反對共和，孫中山聽到宋教仁被害的消息，急忙趕回上海，召集黃興等共商討伐袁事宜；由于內部出現反對意見，袁世凱得以可乘之機，國民黨坐失良機，二次革命雖在全國發動，卻僅僅堅持了四十八天，就以慘敗告終。?孫中山、黃興等一批革命黨人再次流亡海外，回首苦難深重的祖國，孫中山不得不開始了他更加深刻的人生思索。
袁世凱得知孫中山等人逃亡日本，一面獻媚日本政府以求抓捕孫中山，一面對革命黨人開出巨額懸賞捉拿，并派人去日本刺殺孫中山。?宋慶齡大學畢業，從美國來到日本。見到從小就崇拜的孫中山心情不好，就天真的講故事來振奮孫中山的精神。宋靄齡給宋慶齡講這幾年的經歷，宋慶齡對姐姐能在孫中山身邊工作羨慕不已。宋嘉樹帶宋慶齡到淺草寺拜祭時，道出對靄齡似乎愛上孫中山的擔心，宋慶齡不以為然，買了許多風鈴送給孫中山。?1914年2月26日，袁世凱為滅暗殺宋教仁事件之口在府中設宴，用毒藥害死趙秉鈞。?孫中山召開國民黨改組大會。會間，孫中山總結了以往失敗的經驗教訓，提出嚴格組織紀律，黨員必須服從首領的命令。黃興表現出不滿。會后，慶齡興高采烈地整理記錄，靄齡則對黃興等不同意見表示擔心。國民黨內部骨干對孫中山的提議出現分歧，大家請黃興出面勸阻孫中山。不想兩人意見不一，出現激烈爭吵，黃興一怒出走。?黃興要赴美養病，孫中山把酒為他餞行。席間，孫中山寫下“安危他日中須仗，甘苦來時要共嘗”。?宋嘉樹為了阻止靄齡對孫中山的感情發展，決定將靄齡嫁給孔祥熙，靄齡迫于壓力同意成婚。宋慶齡正式成為孫中山的秘書。孫中山第一次接見蔣介石，孫中山命他回上海發展力量，準備起義。慶齡為姐姐送行，靄齡提醒她要和孫中山保持距離，以免產生感情。
1915年2月，袁世凱為了達到稱帝的目的，向日本政府求助，日本政府便借機提出“二十一條”作為交換條件。孫中山在國內的一片聲討之中發現李大釗的文章和自己很有共鳴。?梅屋莊吉請孫中山到自己家中，交給他黃興托人從美國轉來的蔡鍔將軍提供的有關“二十一條”內幕和推翻袁世凱打算的密碼電報。宋慶齡為孫中山翻譯電報，胡漢民看著兩人忽然覺得他們關系不一般。?孫中山收到哥哥孫眉去世的電報，深為不能回國奔喪而感到痛心，胡漢民、陳其美和廖鐘愷等人商議如何阻止宋慶齡和孫中山的感情發展。胡漢民來找宋慶齡談，碰壁而回。宋嘉樹收到廖仲愷的信，立刻發信稱自己病重，讓慶齡回上海。宋慶齡留信出走。孫中山急忙去追，在火車站孫中山追到宋慶齡，心靈的撞擊使兩人擁抱在一起。?1915年5月9日，袁世凱簽署了喪權辱國的“二十一條”，全國掀起了反日倒袁的群眾抗議浪潮。?胡漢民和朱執信來說勸孫中山，請他不要和宋慶齡發展感情。這反而使孫中山在內心更加確定了對宋慶齡的感情。