1946年的秋天注定是個多事之秋，保密局總部遷回南京，留在重慶的特務越發猖狂。延保密局向延安輸送了大批的特務，陳玉婷悄悄把這個消息告訴了趙云飛，。為了肅清在延安的特務，組織通過對李金平的考驗派她跟隨琳達清理特務。這些潛伏在延安的特務，已經被延安盯上了。琳達回到了延安和李金平見面，李金平在延安工作發現了許多的特務。
馬五的妻子和小舅子四處找曹順和莊媚嬌送禮疏通關系，不過曹順并沒有收，而是叫他拿下去給兄弟們分了。莊媚嬌更是軟硬不吃，姐弟倆為了撫恤金的問題著急不已。趙云飛和陳玉婷坐在河邊聊天，有些東西，趙云飛看見了就忘不掉，他和陳玉婷講了小時候的故事。現在戰爭已經消失了，趙云飛不理解自己繼續做情報工作的意義。
延安。琳達和李金平正在全力搜捕特務，幾人經驗豐富效率很高。吳嫂又去雜貨店買東西，說是家里來了客人，陳炎和趙云飛去府里喝酒了。吳嫂一直在被莊媚嬌跟蹤，便利店也一直處于被監視狀態，莊媚嬌實施了分區停電縮小范圍，王震川和謝小雅察覺他們已經被懷疑了。特務深更半夜闖入雜貨店搜捕，弄得一片狼藉后才離開，王震川只能下令把其他情報通過另外渠道發出去。琳達和李金平迅速鎖定了特務，曹順對莊媚嬌沒日沒夜讓兄弟們巡邏一事很不滿，莊媚嬌卻直接叫他滾蛋，震驚了一辦公室的人。
戰亂時期，軍屬賴以生存的生活費和撫恤金被斷掉，引發了他們的極大不滿。馬五妻子和小舅子更擔心了，只能夾緊尾巴做人。陳玉婷現在為了撫恤金這件事忙的焦頭爛額，除此之外還要忙著查清楚父親陳懷恩去世的真相，趙云飛也想要幫忙。
延安方面暫時無法證明季敏和敵特有關系，但是依然沒有放松警惕，李金平發現了一個熟悉的面孔，雖然不記得他是誰，但是確認他一定是軍統的人。趙云飛再一次去了資料室，想要調查一些陳懷恩的資料，差點被發現。趙云飛查了李卓群的兩份清單，并且記得清清楚楚，陳玉婷一直再找李卓群的孩子，他可能知道些什么。陳玉婷和趙云飛找到了李卓群的小老婆，可是她說自己什么都不知道，不然也不至于在李卓群死后一直做皮肉生意。
琳達和李金平抓捕特務，卻漏掉了躲在人群里的漏網之魚。潛伏在延安的特務十分謹慎，經常利用一個動作一個眼神來傳遞情報。
潛伏在延安的特務無所不在，利用一個眼神一個動作就能傳遞消息。深夜，李金平帶人抓捕了崔教官，他是李金平的老師，李金平希望他棄暗投明。但是崔教官什么都不說，李克農表揚琳達抓住了一個關鍵特務，更是親自去見了崔教官，勸他棄暗投明與我們合作。共產黨地下小組要將一幫孩子運往上海，曹順的任務是抓到這批孩子，對他們抓捕他們的父母很有幫助。孩子們都想走出這里站在藍天下，沈潔答應他們一定要帶他們離開。曹順開始重點監視碼頭，沈潔他們已經接到了撤離通知。
沈潔收拾行李時簡妮來與她告別，她真的很擔心孩子們，簡妮決定陪他們一起轉移孩子們。但是沈潔不想把她牽扯進來，她應該平平安安的，可是對于簡妮來說，她只是做了一個最正確的決定。曹順他們發覺自己收到的是假消息已經來不及了，沈潔和簡妮順利把孩子們帶上了船。但是，上海那邊也是一道關卡。
家屬們都求著陳玉婷幫他們說話，他們需要那些錢過日子。馬五的小舅子告訴陳玉婷自己知道李卓群留下來的東西在哪里，陳玉婷拿出了一筆錢，得到了一些新的消息。陳玉婷打算自己去做剩下的事情，不讓趙云飛繼續繼續插手了，趙云飛離開之前，陳玉婷依依不舍的抱了他。
崔教官希望李金平看在往日情誼放了自己，他是自己最心愛的學生，但是李金平更加希望他留下里，選擇一條正確的路。烈士家屬進行游行要求把撫恤金還回來，軍統只能把家屬會代表請過來。陳玉婷替他們去陳情，還提到了李卓群的家產問題，和陳懷恩的死頗有關系。陳玉婷無法忍受父親不明不白的死因，只想要一個真相，可是他們依舊堅持是共產黨害死了陳懷恩，外面的那些流言蜚語都不是真的。陳玉婷失落離去，一整天都悶悶不樂的。陳玉婷突然要和趙云飛到此為止，他們沒有結果，趙云飛和自己綁在一起只是白白耽誤時間，但是趙云飛想要陪著陳玉婷把真相查清楚，陳玉婷還是無情的甩開了他的手，她滿心只有父親。
局座勸陳玉婷放手，很多事情并沒有想的那么簡單，他讓陳玉婷回去休息不要再管審讀組的事情，這樣對她也是一種保護。陳玉婷怒氣沖沖地回到辦公室，有時候真相讓人無法接受。陳玉婷跑去買醉，她加入軍統是為了像陳懷恩一樣除惡揚是，可是為什么會變成現在這樣。趙云飛把她送回了家，讓她回去之后好好休息，陳玉婷想和他一起去一個沒有人認識他們的地方重新開始，趙云飛答應了，可是陳玉婷知道根本沒有這種地方。趙云飛一直在樓下，陳玉婷卻沒有勇氣開窗。
次日，趙云飛帶著吃的去陳玉婷家，但是陳玉婷一直不開門。延安，琳達和李金平分頭行動抓捕了又一批特務，延安的清查活動很厲害，敵方懷疑他們之中有共黨密探。
國民黨內部也有許多倒向共產黨的人，他們決定重點注意一下這些人，也許他們已經叛變了。李金平和琳達在延安的活動很成功。中原的剿匪計劃到底是如何泄露出去的，程世儒認為也不一定是泄露，毛澤東的作戰計劃一向都是他們摸不透的，這場戰爭雖然兵力懸殊，但是結局如何也很難說。莊媚嬌路過審讀組特地去看熱鬧，沒看到陳玉婷和趙云飛的人影很得意。陳玉婷很快就回來了，莊媚嬌諷刺道審讀組一直都是擺設，她回不回來也無所謂。大家都收到了調令，明天就要走了，他們畢竟要為自己的未來考慮，以前好歹有陳玉婷和上面通氣充門面，可是現在什么都沒了。
大家都收拾東西離開了，陳玉婷強撐著獨自流淚，趙云飛在辦公室門口看到這幅情景也很失落。辦公室突然傳出一聲響動，陳玉婷摔碎了照片，摔碎了桌上所有的東西。趙云飛可以留下來陪陳玉婷，陳玉婷要他別演戲了，他們本來就不是情侶，趙云飛應該去做自己想做的事情。趙云飛看了一眼報紙說，也許他真的該做想做的事情了。
趙云飛去王震川店里照例買了一些巧克力和酒，讓他用有志青年去延安的報紙包起來，王震川很是警惕地把他趕出去了。李金平看到季敏時又想起來石佩英，石佩英死的時候剛好是季敏當班，但是她也受傷了。可是李金平心有疑慮，他們懷疑季敏很長時間了，但是一直沒有證據，而且季敏要和劉處長結婚了。琳達認為一切皆有可能，他們要多多關注她的行動。
趙云飛和陳玉婷一起喝酒，他第一次見到陳玉婷就是從酒開始，陳玉婷很難相處，命運卻很奇怪地把他們綁在了一起，趙云飛漸漸不再演戲假戲真做了，他很想牽著陳玉婷的手永遠不放開。趙云飛向陳玉婷坦露了心跡，可是與此同時，趙云飛聽從內心深處的召喚準備去往延安，他必須做出自己的選擇。
劉處長去接季敏下班缺額被告知她已經下班了，有人看到她去了后山，季敏去看卻沒看到什么。回到家，季敏已經回來了，說是被老伯拉去給羊接生了。實際上，季敏就是潛伏在延安的國民黨特務。趙云飛和陳玉婷去店里買了些東西，王震川躲起來沒有出現。莊媚嬌一直盯著雜貨店，但是一直沒找到什么可疑的人。趙云飛去教堂找沈潔，陳玉婷答應幫他打聽。趙云飛想要調到前線，說要給他們爭取一個光明的未來，陳玉婷牽起了趙云飛的手，趙云飛心中卻很忐忑，他根本沒辦法去前線和一直敬佩的共產黨打仗，至于陳玉婷為什么不說話，也許是看破不說破。
趙云飛帶著陳玉婷去高大福家里吃飯，高太太本來幫他物色了一些結婚對象，見狀連忙把照片收起來。大家都希望他們早點結婚，不過趙云飛的意思是要等他們離開保密局再說。吳嫂送他們離開，陳玉婷總覺得吳嫂有些不對勁。延安特務傳來消息，程世儒親自部署抓捕七叔。程世儒認為王震川沒那么簡單，并且叮囑莊媚嬌抓捕七叔的任務一定要保密，尤其不能讓趙云飛和陳玉婷知道。程世儒帶領曹順去抓七叔，喧囂的街上暗流涌動，程世儒和曹順等不及了直接動手。