萬歷十七年，陸宅是蠹縣最富裕、又最冷清的宅院，沒有女眷和孩童，只有幾個仆人追隨陸遠暴，作為當地名氣較大的員外。陸遠暴收養了一流浪兒，一直在養在家里，起名陸直，前幾年跟在老管家陸忠身邊，逐漸長大后，越發聰明機靈，陸遠暴十分喜歡，便將其留在身邊做了書童。
陳旺負責陸宅的采買，但沉溺賭錢，常常趁著值夜的功夫偷偷架梯子翻墻出去，輸得分文不剩。有一次拿著給母親抓藥的錢去賭錢，結果輸得連藥都買不起，陸直知道后，自己掏錢替陳旺買藥，因此陳旺更喜歡陸直。
陸直天資聰穎，陸遠暴將其送到無類齋跟隨王夫子念書，陸直幾乎是最聰明的一個，也深受王夫子器重。時間一長，陸直發現王夫子一個秘密。
有天夜里，陸直把硯臺留在無類齋，便返回去拿，準備進門時，聽到房間內有人痛苦呻吟，便偷偷扒開窗戶往里瞧，只見王夫子正坦露后背，被一個書童拿著戒尺抽向肩背，過了一段時間，書童離開后，王夫子走出房間，在院子一個角落處朝著一尊石像祭拜，請神明高抬貴手，不要再給自己托夢。
王夫子回到房間后，陸直跑到石像前，挖出一只木箱，里面裝了一只猴子的骸骨。陸直只覺得有趣，把這件事情記在了心里。
陸遠暴有個愛好，經常和趙舉人及另外兩位員外比試書法，每次比試地點就定在翠華樓，論楷書書法，趙舉人更勝一籌。但每次比試的書法為榜書大字。似乎有意讓著陸遠暴。
陸遠暴經常到翠華樓光顧，便包養了林四娘，被陸遠暴選中后，別人便不敢在沾染。每次林四娘去陸宅都由隨從小寶子送達，小寶子和陸直年齡相仿，兩人經常趁著林四娘在陸宅的功夫，偷偷溜出去玩。
老管家陸忠是個啞巴，和陸遠暴交流時，和常人使用的手語不太一樣，陸忠心思縝密、老謀深算，是陸遠暴的心腹，替陸遠暴做了很多事。
陸直曾聽陸遠暴提起過陸忠變成啞巴的原因，被后娘用鹽巴浸壞了嗓子，后來便不能發聲，陸直向陸忠證實過，陸忠笑而不語。
林四娘雖然被陸遠暴保養，卻私下和捕頭冷無疾成了相好，有次林四娘被送到陸宅，小寶子偷偷給冷無疾送信，被陸直發現。晚上，林四娘從陸遠暴房間出來，和冷無疾在院子見面，又被陸直撞見，陸直躲在一旁，聽冷無疾詢問林四娘是否被打得厲害，陸直不小心踢翻了燈籠，被冷無疾一把抓住。
為了不被更多人知道自己和林四娘私通，冷無疾準備處理掉陸直，半路被更夫曲天明發現，陸直伶牙俐齒，分析了冷無疾殺掉自己的利弊，又再三保證不會泄露冷無疾和林四娘的私情，才逃過一死。為了讓冷無疾信任自己，陸直干脆說了心里的秘密，其實自己也仰慕林四娘。
也正是經過這一次，冷無疾不再對陸直懷有戒心，每次小寶子送林四娘去陸宅的路上，自己都偷偷藏在轎子里，陸直和小寶子一塊趕車，誰也不泄露秘密。
經過魏知縣兩次請示，府臺終于開始重視蠹現發生的命案，派夏捕頭到蠹縣進行調查。夏捕頭一上任，就先給快班所有捕快打了一頓板子，除了責罰快班破案無進展以外，更重要是樹立自己的威望，魏知縣面對夏捕頭的下馬威，一言不發。
聽說曲三更在不斷調查冷無疾遇害案，夏捕頭便上前詢問有何線索，曲三更表示已找到一個叫陳旺的男子，曾經是陸宅的仆役，幾天前在城外上吊自殺，再沒有更多線索。夏捕頭嘲笑曲三更，枉為冷無疾愛徒，事情發生已有一段時間，即使單問訪行打行，也該不止這些收獲。曲三更不假思索回答，自己已經解散了蠹縣的訪行打行，替夏捕頭節約了不少時間。
夏捕頭作為外來官員，本來也準備從訪行打行入手，眼下得知曲三更解散了“五候府”，十分生氣，便質問宋辰為何準許，宋辰竟直接掏出一把拔掉的牙根給夏捕頭觀賞，言外之意是自己不但默許解散訪行打行，還對一行人進行了審訊，現下已經移交至府臺。
曲三更和高士聰到無類齋找風可追，發現正在熬制一種顏料。風可追告訴兩人，將熬制好的顏料涂刷于畫作上，便可使紙張發舊，和陳年珍藏畫作并無太大差別，自己已經靠這種途徑賣了幾幅畫，曲三更不解，紙張可以刷色作假，但字跡不會說謊。風可追告訴兩人，從小跟隨舅舅練字，在整個蠹縣，除了舅舅的書法，恐怕再沒人勝過自己，至于臨摹，根本不在話下。
曲三更忽然生出一計，要借用風可追之手，從王夫子保存的《傷寒論》上，模仿程逸致的字體湊成一個藥方。當曲三更拿給程逸致看時，對方先是有些驚訝，定下神后就向曲三更解釋，自己從沒有開過如此藥方，而且單雷公藤的分量，就足以致人當場死亡，藥店也不會胡亂抓藥。
曲三更干脆直接詢問，當年陸遠暴的死程逸致是否知情，程致逸一口否定，表示陸遠暴當年被兄弟投毒致死，衙門早已定案。片刻后，程逸致好像轉換了思路，不再任由曲三更提問，直接說明即使知縣生病，也是由自己把脈，斷不會被一個小小的捕快指使。
夏捕頭只領了一個月的時間，為了及早破案，將一些舊案分到每個捕快頭上，唯獨剩下曲三更，意圖指責曲三更解散訪行打行，讓眾捕快將其孤立。
果然，幾個捕快擔心無法在夏捕頭指定的時間內完成任務，便圍攻了曲三更，恰好宋辰路過，幫曲三更解了圍。
看到曲三更在快班的遭遇，冷桂兒幫忙出招，不能任由夏捕頭欺負，要想翻身，就必須抓住夏捕頭的軟肋，眼下夏捕頭最擔心的，就是不能如期破案。一個人最大的長處往往也會是最致命的短處，曲三更忽然得到靈感，夏捕頭最大的長處就是穩重老練，自己恰好可以從此處入手。
高士聰一組負責調查王員外家中珠寶失竊一案，經過和周邊當鋪逐一核實，最后才知原來是王員外看鄰居可憐，故意給鄰居當掉換錢，令高士聰哭笑不得。
宋辰招呼張繼祖到衙門，有意詢問關于陸家滅門慘案，當張繼祖趕到時，宋辰正在審理村民強占土地一案，搶奪土地者不說實話，被宋辰施了手段，挨了皮肉之苦后才老實交代。讓張繼祖看到審理過程，也是故意設計。
宋辰先提到張繼祖前幾日打聽的購買胭脂巷院落一事，張繼祖明白宋辰的用意，反問宋辰想了解的是不是另一所宅子，意指陸宅，宋辰也不再躲避，張繼祖告訴宋辰，自己并不知道關于陸遠暴的事，更不用拿刑罰手段嚇唬，做為趙舉人的管家，還不至于像一個普通百姓一樣，隨便由宋辰上刑。
冷無疾兒子冷銳和隔壁劉木匠兒子打架，冷桂兒叮囑曲三更不要摻和小孩子的事情，曲三更表示會當面和劉木匠解釋，高士聰告訴曲三更，找劉木匠要趁早，如今人人躲避猴妖，不到晚上就早早鎖門。
關于猴妖的來歷，蠹縣這樣傳說，有一年外縣來了個耍猴的藝人，很快吸引了周邊百姓觀看，無類齋學童也都跑上街頭看熱鬧，王夫子擔心荒廢學業，跟到街上拉回了書童，經過一鬧，看客紛紛離開，無人打賞，王先生請幾個富家公子好心施舍一些，不料卻被玩弄一番，王夫子氣憤至極，將帶頭奚落自己的兆豐里史六暴揍一頓。
不久后，冷無疾將耍猴藝人抓了起來，原來他經常訓練猴子到別人家里偷東西，在衙門挨了一頓毒打后，不久死去了。民間開始流傳此人訓練的猴子是猴妖，王夫子和冷無疾的慘死都是遭到了猴妖的報復。
張繼祖和神秘中年男子商量兇手接下來的目標，從捕快冷無疾，教書王夫子，到掛起陳旺尸骨，三個人二十年來沒有改變過身份，想要查明三人之間的勾連，還得從二十年前找答案，還有兩人和慘死的三人情況相似，張繼祖表示會和師兄將其當做關注的對象。神秘男子關心是否還嫻熟于曾經的業務，張繼祖回答：三更滅燈火，不聞五更雞。
夏捕頭依著坊間傳聞，準備從猴妖開始查幾起兇殺案，魏知縣傳喚了集市上賣鎮壓猴妖符的半仙，本來是一個怪誕的傳聞，半仙也只是以此掙些糊口錢，沒想到知縣當竟當真，半仙只覺得可笑，編了些更離奇的故事。魏知縣看找不到線索，便準備嚴刑招供，半仙終于說出了自己認為的實情。
現在盛行的猴妖，多半是白蓮教無生老母門旗下的一只，屬于悟空門，江湖上耍猴戲的，皆歸這一門派，屋檐高飛、隔空取物，均有些不凡技藝傍身，把自己扮成猴子入室行竊，純粹是裝神弄鬼。如果一個人被發現偷盜，會被報官，但是看到一只靈猴，就會當做怪異奇談，恐懼而不敢深究。
神醫程逸致找到張繼祖，詢問是否已把自己的事匯報給薛舉人，張繼祖告訴程逸致，不要隨便把自己的事和薛舉人扯上關系，程逸致擔心曲三更發現藥方里的秘密，按說自己開的藥房已經天衣無縫了，別說一個小捕快，就是高明的郎中，也難看出端倪，但程逸致還是難免憂心忡忡。張繼祖安慰程逸致，現下貼了滿城的神符已經是最終答案，不用過分擔心。
夏捕頭身邊的呂三曾行走江湖多年，證實了半仙的說法，夏捕頭便示意呂三先在猴妖出沒的地點埋伏幾天，伺機進行抓捕。
程逸致污蔑曲三更勒索自己的錢財，將其告至知府，魏知縣平日依靠程逸致治病，處處偏袒，但曲三更不慌不忙為自己辯護，解釋自己收的錢為程逸致給的小費，自己不舍得花捐給了寺廟的功德箱，還特意留了程逸致的名字，程逸致無法狡辯，魏知縣也只好放人。
到了夏捕頭規定的時間，快班捕快破案仍沒有絲毫進展，每人各領了一頓板子，夏捕頭為難曲三更，讓其喊節奏，有意拉仇恨，曲三更只能服從，打完眾捕快，夏捕頭要求曲三更親自打高士聰，曲三更卯足勁，一下子重重打在夏捕頭腿上。
夏捕頭命令杖責曲三更，宋辰正好路過，提議按程序處理，于是曲三更先被收押。
夏捕頭看到宋辰與自己作對，便向謝師爺詢問宋辰的背景。謝師爺講述了宋辰的過往。
宋辰原名宋仲虬，十多年前是名滿江南的大才子，字畫非常值錢，幼年既有神童之名，十六歲中秀才，十九歲鄉試第一，拿了解元，二十八歲赴京趕考，第一場又拿了會元，可到了殿試的時候，因為曾經拜見過主考官，成了朝廷官員斗爭的犧牲品，以徇私舞弊的罪名被送進監獄，受盡種種折磨后，曾經的主考官又翻身，于是宋辰被翻案。皇上給了很多職位任宋辰挑選，宋辰只選了典史。至于后來宋辰審訊手段多也就不足為奇，他自己全部經歷過。
還有謝師爺不知道的，宋辰出獄后，命人在自己身上刺了睚眥，是一種兇狠殘忍的動物，象征有仇必報。
夏捕頭得知宋辰的過往，不敢再糾纏下去，只想盡快破案，早日給聶臺一個交代。
宋辰依然只能在郁悶煩躁時，到翠華樓找春杏消遣，春杏并不明白宋辰的遭遇，只能陪宋辰買醉。宋辰大醉后，愛練字，因右手只剩下兩個手指，宋辰在衙門時常以左手寫字，但是在春杏面前，宋辰綁起衣袖，用右手大拇指當筆題書，書法無人能及。
張繼祖告訴神秘男子，猴妖最近經常出現在蹲點的地方，仿佛提前預知自己的打算。呂三做足了功課，布置重重機關，終于抓住了猴妖。