環保局局長將化工廠的水質取樣悄悄調包，馬頭村拿到的污水標本悄無聲息被處理掉，中午他與化工廠的老板一起吃飯，故意稱自己會努力把事情擺平，吃完飯還向甲方暗示最近家里資金周轉不靈。
齊衡一直關注著馬頭村排污案件，聽到環保局出來的結果是化工廠沒有排污，各項檢測完全在合格范圍內，如果化工廠沒有排污，那些腎衰竭的村民是怎么回事。齊衡專程去到檢察院院長那里商議，院長知道這件事引起的輿論風波，他覺得既然環保局那邊的檢測結果合格，政法部門這邊也沒有理由提起上訴。
緊跟著，公益律師朱黎明重新向法院遞交了狀子，他起訴化工廠應該對周邊患病村民進行民事賠償，羅懷功聽到朱黎明的名字不以為然，覺得他是跳梁小丑，沒多久就會銷聲匿跡。
既然有人提交了起訴狀，法院就要接手審理，張延軍也很關注這件事，特意問齊衡要不要立案。齊衡透露，有人把馬頭村的水質送到上海第三方鑒定機構，結果和環保局有出入。張延軍聽到很不解，強調說環保局是政府單位，怎么也得保留形象，建議不公開審理，如果化工廠真的有問題，今后該賠償賠償，該管理管理。齊衡明白張延軍的意圖想庭外和解，這件事牽扯甚多，他仔細斟酌耐心回復張延軍。
劉縣長也聽說了姜云化工廠的事情，他指著環保局局長拍案大罵，問到底怎么回事，這些年姜云化工廠給縣里財政交了很多稅，立了大功，千萬不能影響化工廠的生產。環保局局長拍胸脯保證化工廠的污水排放之前都經過處理，不存在任何問題，是朱黎明在搗亂。
齊衡最終決定立案審理，院長聽到他的決定還特意問他準備好了沒有，鄭重提醒他一旦立案，齊衡就等于在公開和那些看見看不見的魔鬼任務做對。齊衡知道院長這番話是對他的關心，但是看到馬頭村村民受到病痛的折磨，他不忍心，也做不到熟視無睹。
羅懷功接到法院的傳票，他不同意庭前和解，堅決要對薄公堂。一場硬仗就要到來，馬拉松和同事聽到這個消息躍躍欲試，這是本地第一次以民事訴訟打環保的官司，對他們來說意義重大。法庭上，辯護律師稱環保局的取樣過程合法合理，而對方的取樣來不不明，不能作為證據反駁。法官經過鄭重考慮，決定再次對化工廠的水樣進行檢測。
羅懷功聽說了還要再次取樣，特意找了很多人扮成化工廠工人模樣前去阻撓，不僅如此，取樣的員工去給附近井下泥土取樣，發現泥土上已經澆筑了厚厚的水泥。化工廠的人分批一天二十四小時守著取樣地點，第三方鑒定機構根本沒有機會拿到樣本。
再次進行庭審時，將當地的環保局也同樣列為被告，法院聘請的第三方水質鑒定確實發現在水流管道中發現金屬鎘，所以排污水還是有毒的。因此環保局存在明顯的職務疏忽，現在不僅僅化工廠要賠償生病的患者，還有環保局也有連帶賠償責任。
陳述宣讀答辯狀，并不認為化工廠有錯，一再強調市環保局的檢測有效，證明化工廠并沒有偷排污染當地的地下水，化工廠和環保局的答辯狀異口同聲對起訴狀的不滿，都是自己是清白的。公益律師朱黎明聽后極為憤慨，他在法院陳述，根據掌握的水質樣本，完全可以證明化工廠排出的水中有大量的鎘元素，并且排污設備的技術人員曾經檢測化工廠的機器，發現只是運行過，但是連續運行不會超過二十個小時，迄今為止，化工廠在當地已經開了不止六年，運行時間還不超過一天，足以證明，平時都是裸排，沒有經過任何處理設施。
被告代理人提出他有新的證據，證明當地村民患病和化工廠沒有關系，按照法律逾期提供證據是不被認可的，被告代理人堅稱他拿到的證據事關重大，和本案件有直接關系。齊衡同意他舉證，結果被告代理人拿出了一份機器使用時間檢測表，稱過濾機器并非使用了二十個小時，而是操作工人不會操作，不小心將數據重置，因此，他們化工廠又特意請了專業的技師檢測，可以證明機器運行了很長時間。
鑒于新的證據產生，不能證明化工廠未使用凈化污水裝置，庭審最后齊衡宣布休庭?；氐睫k公室，馬拉松憋了一肚子火，她根本不相信陳述的話，齊衡叮囑她，作為一個執法人員，要相信證據，不能全靠推測，案件還在偵查，相信這幾天一定會有新的線索產生。
朱黎明提到可靠消息，在法院立案之后的那幾天，化工廠車間燈火通明加班了好幾天，這期間化工廠的車間主任秦厚土住院了，好像傷得很重。朱黎明特意去醫院看了，聽到護士說秦厚土好像是被重物砸傷的，下半身徹底癱瘓，應該是挖管道時，被一條管道給砸到。朱黎明想讓秦厚土出庭作證，證明檢測的那條管道是臨時切斷，并且臨時鋪上了速干水泥，秦厚土心里很清楚，前幾天化工廠的人還送來十萬塊錢，稱只要他不開口，不給外界說排污的事情，他們家今后的生活費和治病的費用廠里全部報銷。
秦厚土無奈反問朱黎明，剛剛朱黎明表示只要能主動揭發廠子的偷排，會給他努力爭取養傷的費用，但現實是只要廠子在，他們全家的吃穿用度都不用發愁，如果這讓朱黎明選，他會選哪個。朱黎明啞口無言，在正義和活著之間，這些可憐的人只能選擇一樣。
轉眼又到了開庭的日子，朱黎明以為秦厚土不會作證，意外的是，秦厚土坦言廠子很少啟用排污設備，一直以來都是裸排，直接將污水排放的河里，因此村民大多都生病。
秦厚土的供述給庭審帶來了轉機，但是辯護人卻稱是秦厚土因為受傷，對工廠懷恨在心，因此蓄意栽贓陷害。秦厚土聽到辯護人的說辭，氣得眼眶通紅，辯護律師讓他舉證證明所說的都是事實，老實憨厚的秦厚土幾近哽咽，他一遍遍重復自己說的都是真的。
盡管辯護律師企圖通過各種技巧削弱秦厚土的供詞，但是朱黎明又提交了車間十幾個工人的聯名親筆信，證明秦厚土當天確實是因為排污管道砸傷，并且過濾污水的裝置很少啟用，并不是某個工人疏忽給重置。
人證物證俱全，任憑辯護律師巧舌如簧，現在也是回天無力只得保持緘默，化工廠這些年排污確鑿無疑，一旁坐著環保局局長的臉都黑了。接下來就是判決和賠償等問題了，羅懷功知道庭審的結果后如坐針氈，他讓助理蘇寒把陳述請來，商量之后的對策，最好盡快解決這起官司，避免輿論影響過大。
陳述和朱黎明商量，看能不能給每一位患者家庭多補貼十萬塊錢，但是希望他們不要對外說是因為受到化工廠的有毒水污染才致病，朱黎明看到協議極為憤慨，他覺得化工廠在推卸責任，這十萬塊錢顯然是封口費。朱黎明憤然離席，這次調解沒有成功，齊衡立刻緊跟其后，把朱黎明讓到一邊的辦公室聊天，他知道朱黎明一心追求正義，想讓化工廠這起惡劣影響引起社會重視，唾棄偷拍行為，齊衡忍不住感慨但目前對馬頭村的村民來說最重要的是拿到賠償，讓那些患病的盡早治病，盡早康復。
朱黎明沒有聽進去齊衡的勸解，反而認為對方“油滑”，因為調解不成，馬根木也沒有及時拿到賠償款。這天朱黎明接到醫院的電話，馬根木等到了合適的腎源，需要盡快做手術，最晚不要超過下午兩點半。
就在齊衡要出庭宣讀判決的時候，市里來了緊急電話，讓齊衡過去一趟，姜縣縣長親自為化工廠求情，懇求齊衡不要判化工廠敗訴，因為他們縣迫切發展經濟，現在化工廠每年的給縣財政提供幾個億的稅收，一旦倒閉，他們縣的經濟又會倒退，并且其他想要來投資建廠的企業也會知難而退。姜縣縣長緊緊握住齊衡的手，言辭懇切，姿態低的差點下跪。
最終，法院判決馬頭村三十五戶村民勝訴，齊衡頂著重重壓力，毅然選擇了正義，為馬頭村村民討回一個公道。馬根木沒有等到判決下來便一命嗚呼，這件事也給朱黎明不小的打擊，他很后悔當初沒有接受齊衡的建議，如果走庭外和解，說不定馬根木能盡早拿到錢，也不會這么年輕就去世。庭外，齊衡和馬拉松看到朱黎明坐在那喝了很多酒，他對當初自己的固執懊悔不迭，馬拉松非常能夠理解他的心情，只得安慰他，馬頭村還有那么多村民，并且大家都能理解他，感激他為村民打官司。