十年前，威斯利因未能保守通道的秘密，導致妻子不幸身亡。他也被安排了另一個身份，來到另一個世界成為內務部探員伊安。現在，因為這段不可告人的歷史，伊安被迫帶著人前往艾科抓捕艾米莉X。
艾米莉X尚不知自己的危險處境，她找到躲過一劫的霍華德，還在亞尼克的辦公室發現了米拉的照片。她努力思索著，想理出個頭緒。總覺得米拉大費周章的闖入艾科，絕非營救父親亞尼克那么簡單。等接到伊安電話，從艾科出來看到還有其他人在場，她方知不妙。對艾米莉X的感情還是讓伊安臨陣倒戈，雙方發生火并。槍戰中，艾米莉X顧不上伊安，跳上車帶著中彈受傷的霍華德迅速逃走。
此時在另一個世界，奎爾把自己說成是個被色相所誘，為人所用而不自知的傻子。從密拉公寓搜出的幾份機密文件似乎也印證了奎爾的話，或許他真的是與密拉勾搭成奸被人利用。在事情查明前，雅娜要求將奎爾軟禁在家中。下面就是審問霍華德，雖然奎爾承認是他指使霍華德偷槍，用以對付密拉，可雅娜認為這個理由太牽強。在她看來，霍華德不像是個在妻子和上司的陰影下委曲求全的小人物。
艾米莉應雅娜的邀請來到辦公室，以便確認密拉是否為她口中所說的女性影子特工。艾米莉的記憶還沒有完全恢復，只記得影子特工與奎爾的關系密切，所以密拉的可能性很大，這讓雅娜松了口氣。不過密拉的死勢必會招來靛青的報復，雅娜下令派出四名保安人員守在艾米莉家門口。一方面可以保護艾米莉，另一方面還可以監視霍華德的一舉一動。
真正的影子特工克萊爾今天的日子可不好過。丈夫無精打采的回家，一反常態的不去上班。父親范徹怒氣沖沖的趕來，硬是要把停職的奎爾帶去外務部。臨出門前，范徹望向女兒。他不明白女兒為什么對丈夫與秘書出軌的事毫無反應。這事不僅讓家族蒙羞，更讓他抬不起頭來。范徹不留情面的斥責惹惱了克萊爾，拒絕父親再任意評價自己的生活和丈夫。
女兒莫名其妙的怒火讓范徹不敢再多言，開車去外務部的路上，他才說了一個突發事件。就在今天早上，通道臨時開啟，對面的世界釋放了賽大使。大使帶回了信息，對面的管理層要求與這邊的管理層面對面交談。時間定在明天，地點是在對面世界的某個不知名地點。
會議室里，各部門負責人均已抵達。范徹剛要宣布重大事件，雅娜就打斷了他。雅娜不認為奎爾還能出席這種重要會議，甚至認為范徹此舉是在偏袒女婿，為女婿的仕途站臺。受夠了任人擺布的奎爾憤然辭職，但這樣他也將面臨一個后果，沒有了至關重要的地位，靛青是否還會留下他的性命。
回到家后，奎爾緊張的收拾了幾件衣物，準備帶女兒離開。他給了克萊爾一個選擇，事業還是家庭。其實今天克萊爾又接到斯潘塞的電話，在一個秘密據點，她見到了當年學校里的同學。他們對完成米拉的事業抱著無比的向往，米拉計劃將管理層聚集到一起，他們正在為此事做準備。至于是什么準備，斯潘塞沒有多說。
自從得知父母是死于米拉之手后，克萊爾就產生了動搖，只是不敢在斯潘塞面前表露出來。如今奎爾決意離開，不想再受制于人的克萊爾選擇一起逃離。他們離開不久，擺脫了監視人員的霍華德X就推開了大門。霍華德X是想知道克萊爾還隱瞞了多少影子特工，可他只看到空無一人的公寓。
艾米莉X把霍華德帶回了家，還叫來了做醫生的女兒安娜。在安娜的眼里，眼前這個受重傷的男人就是她的父親，那個曾經不顧家庭，之后又有所轉變的父親。在這種情況下，艾米莉X才吐露自己特工的身份。安娜不禁如釋重負，難怪多年來父母總是遮遮掩掩、分分合合。原來并非感情問題，而是工作原因，這樣的情節是很多孩子夢想中才會出現的。取出子彈，包扎好傷口，已近天明。安娜出門時看到艾米莉X隨手丟在櫥柜上的鑰匙，只覺得心中一暖。鑰匙上的掛墜讓她想起童年和母親用化名去度假村的事，那會母親是用貝琳達的名字，自己則用瑪麗亞。艾米莉X聽了一愣，頓時明白了是怎么回事，安娜所說的母親是那個世界的艾米莉。
在奎爾家撲了個空的霍華德X返回家中，想用另一個辦法尋找線索。他激勵艾米莉努力回憶，艾米莉在家中四處翻找，就像肌肉記憶一樣，會不自覺的找到些東西。比如書架夾層里的手槍，油畫背后的信封。不過艾米莉想到的越多，霍華德X的問題反而也越多。信封里有張蠟筆涂鴉，是座湖畔教堂，右下角還歪歪扭扭的寫著“安娜”。艾米莉想起另一個世界的女兒，她不只一次去過那里，就是為了安娜。當時艾米莉X忙于工作和進出戒毒所，艾米莉就會陪著安娜，去那個度假村，還有湖邊的教堂。
艾米莉記得在那一邊，一場失敗的婚姻，藥物上癮的妻子和暴力而又無情的丈夫。她卻沒想到面前的人，正是她口中沒有善意的丈夫。就在回憶的過程中，無意中找到了一串看似沒有意義的字符。霍華德X意識到是密碼，破譯之后得到一個地址，諾多福85號。二人還沒來得及慶祝，霍華德X的手機上就收到一條語音信息。
鮑德溫有心嘗試娜迪亞曾經的生活，可靛青卻陰魂不散。斯潘塞找到了她，要求她繼續完成之前的任務，刺殺艾米莉。霍華德X收到的信息就是來自鮑德溫的警告，這才讓他能出其不意的除掉兩名翻窗而入的殺手。但他敏捷和狠毒的身手也暴露了自己真正的身份，艾米莉意識到這個人絕不是自己的丈夫。
克萊爾能想到的安全地點只有一個，貝塞斯達，父親童年時的家。在那個世界，貝塞斯達是訓練影子特工的學校。在這個世界，只是幢荒廢的，陰森古老的大房子。斯潘塞等人曾在這里藏身，但他們已奉命就位，不可能再回來。安置好女兒斯潘塞后，克萊爾在房子里轉悠，回想當年接受特工訓練時的光景，想起那個策劃了整個計劃，也是學校創辦人的米拉。米拉知道兩個世界會毀滅彼此，如果成功關閉通道，就能重回平衡。但至于如何達到平衡，克萊爾并不清楚。
就在克萊爾四處查看的時候，奎爾在女兒斯潘塞的衣服口袋里找到了個U盤。U盤里的錄音，讓他毛骨悚然。原來克萊爾的父母是被米拉所殺，不僅如此，在那場流感中，很多人實際上是砷中毒而死。因死亡人數太多，死狀又相似，他們沒有尸檢就被草草火葬。米拉所謂的“偉大事業”都是建立在謊言之上，這就難怪妻子會放棄畢生的事業，與他亡命天涯。
得到丈夫的理解，克萊爾也很寬慰。她突然想到斯潘塞的話，在為米拉的下一步行動做準備，或許能在這里找到點線索。來到地下室，桌上還殘留著幾張體溫記錄和一些燒杯器皿，地上還丟著一只冷藏箱。克萊爾明白了，米拉在研制流感病毒，這就是她恢復平衡的方法，讓這個世界同樣遭受一次浩劫。數億人的生命危在旦夕，奎爾和克萊爾當機立斷，不再隱藏。他們一起敲響了雅娜的門，坦白一切，阻止米拉的行動。
霍華德X被艾米莉趕出家之后無處可去，只能找到藏身在廢棄小屋里的鮑德溫。說來也是諷刺，鮑德溫成了他在這個世界唯一能信任的人。屋里播放著娜迪亞的小提琴曲，霍華德X拿出此前破譯出的地址，諾多福85號。他已做了調查，那是家建筑公司，在第三世界國家開發技術，靛青特工必定潛伏其中。這個世界已岌岌可危，霍華德X看得出鮑德溫留戀這里的生活，那就應當聯手鏟除隱患。
與此同時，克萊爾已向雅娜坦白了靛青特工的組織架構。特工小組都是彼此隔斷，每名特工都不會掌握全部計劃，由蘭伯特負責下達指令。為了女兒，她還交待了斯潘塞的小組，以及當天看到的冷藏箱，確信裝有致命病毒。聽到斯潘塞的名字，一旁抱著女兒的奎爾就明白了。
雅娜要求克萊爾佩戴竊聽器與斯潘塞接觸，恐怕奎爾和克萊爾都沒有權力拒絕。與斯潘塞聯系之后，克萊爾收到斯潘塞發來的地址，諾多福85號。當克萊爾走進地址所在的大樓時，儼然就像是個正規的大公司。在斯潘塞的辦公室里，她盡力想套出米拉的具體方案。打聽過多的細節，反而引起斯潘塞的警覺，從她的身上搜出隱藏的竊聽器。
斯潘塞正欲下毒手時，有員工敲開辦公室的門，恰好讓克萊爾有了逃生的機會。克萊爾不敢停下腳步，斯潘塞又不想驚動周圍的員工。二人就在大樓里，一個快步逃跑，一個在后緊追。一出大門，克萊爾就馬上打電話讓雅娜和奎爾到地鐵站出口接應。可斯潘塞還是快了一步，在地鐵站內截住了克萊爾。螳螂捕蟬，黃雀在后，一直在附近監視的霍華德X和鮑德溫正好把二人一舉拿下。
在另一個世界，艾米莉X和霍華德向伊安自首，目的也是為了與管理者見面。被伊安押進通道辦公大樓后，二人分開關押。伊安隨后在鏡頭前向管理者匯報抓捕艾米莉X的情況，才說到一半就被打斷。有突發事件，那邊世界有特工要求會面，而且指定要與艾米莉X對話。
艾米莉X被帶到界面部，萬沒想到坐在玻璃另一頭的人會是艾米莉。她們二人都已經知道身邊霍華德的真正身份，艾米莉X倒并不奇怪，這很符合霍華德X的做事風格。艾米莉透露出一個消息，今天兩邊的管理者會與米拉會面，但那是個陷阱。至于艾米莉為什么會知道，原因很簡單，從某種角度來說，是她創造了靛青。
很多年前，艾米莉找到一些證據，證明她所在的世界策劃了流感病毒的研發。她將這個情況向上匯報，卻不受重視。為了晉升，她沒有再堅持，而是保持低調。直到最近，她發現自己的報告被恐怖份子利用。米拉就是用這份報告，洗腦了整整一代人。
見艾米莉X對自己多次闖入她的生活仍耿耿于懷，艾米莉沒有否認。她不想要孩子，只想維持原本的生活，卻又不忍心看到安娜的生活中缺失母愛，這的確很自私。對話結束，艾米莉提醒艾米莉X，這邊已經在疏散大樓，千萬不要讓米拉與管理者見面。另外，霍華德的回歸是這次會談的條件。艾米莉希望艾米莉X能核實一下，霍華德是否還愛著自己。艾米莉X多少有些傷感，即使發生了這么多事，霍華德不是愛著艾米莉，沒有改變。
經過開會商議，艾米莉X說服管理層采取同樣的防范措施疏散大樓，派重兵在外圍把守。米拉一旦露面就會被收押，確保她不能靠近四樓的會議定。不過整個行動由伊安負責，而不是艾米莉X。艾米莉X的職務將被解除，直至事件平息。她能做的，只有依依不舍的護送著霍華德穿過通道，交給另一邊等候多時的艾米莉。
伊安帶領應急小隊在指定地點逮捕了現身的米拉和亞尼克。按事先的方案，米拉被關押，由伊安看守，只允許亞尼克一人到四樓會議室。站在會議室門口，看著兩個世界的管理者，亞尼克感慨大家都已白發蒼蒼。亞尼克支持女兒的看法，早就應當關閉通道，但其他人不會讓一個恐怖份子決定兩個世界的未來。
然而米拉的計劃仍在有條不紊的進行著。米拉從一開始就知道自己不可能與管理者見面，已對伊安進行了全面的調查。他們綁架了諾米，在那個世界，諾米因為伊安而死，伊安不能讓這邊的諾米為自己再承受一次劫難。他打開囚禁室的門，米拉邁著輕快的步子，走到了四樓會議室。
在眾人驚訝的目光中，米拉一槍一槍擊斃在場的每個管理者，除了亞尼克。她留下亞尼克的命，放他返回自己的世界，然后關閉通道。這就是米拉的計劃。