因通道關(guān)閉而被滯留在這里的另一世界外交官、工作人員都要向海關(guān)自首并接受審查，以防混有“靛青”的間諜，可這些人里唯獨缺了大使蘭伯特。外交部長范徹和女婿戰(zhàn)略部主管奎爾坐在鏡頭前向上面匯報最近的情況，奎爾將泄密的責(zé)任推到已死的奧爾德里奇身上，刻意隱瞞了妻子克萊爾就是影子特工的事實。他這么做是想保護(hù)自己的婚姻，保護(hù)女兒斯潘塞。
奎爾還把家從郊區(qū)搬到了市區(qū)里，就是為了不讓克萊爾再與另一個世界的組織有聯(lián)系。在岳父母面前時，奎爾對克萊爾呵護(hù)備至。單獨相處時，就冷若冰霜，甚至還在自己的臥室門上裝了把鎖。
霍華德X也照常上班，收斂起以往的鋒芒，學(xué)會霍華德低調(diào)的生活方式。現(xiàn)在進(jìn)入大樓都要經(jīng)過嚴(yán)格檢查，每天都要說出今天和昨天的代碼，防止被影子調(diào)包。剛走進(jìn)三步一崗五步一哨的辦公室，就聽到主管奈爾宣布重要消息，上面已指派娜雅協(xié)助奎爾查找潛伏的“影子特工”。
娜雅在聯(lián)調(diào)局工作九年，破獲不少間諜組織。現(xiàn)在她迎來新的挑戰(zhàn)，尋找來自另一個世界，與本人一模一樣的間諜。上任第一天，她就頒布了新規(guī)定，任何人發(fā)現(xiàn)任何異常情況都可以向她檢舉。這種舉報制度讓霍華德X很擔(dān)心，一點點失誤都可能導(dǎo)致身份曝露。
在通道關(guān)閉后，霍華德X就和奎爾達(dá)成了停戰(zhàn)協(xié)議。二人各有目的，奎爾要保護(hù)妻子和女兒，霍華德X則要保護(hù)艾米莉。如今娜雅介入，奎爾不得不想辦法獲取她的信任，打探下一步計劃。霍華德X能給他的建議只有一個，讓克萊爾透露點線索。
聽從霍華德X的建議，克萊爾給了奎爾一張字條，是蘭伯特的信使埃德加將會出現(xiàn)的時間和地點。埃德加被捕后，交代蘭伯特可能藏身在薩克洛夫的一座谷倉，隨后便被關(guān)進(jìn)大樓下專門關(guān)押另一個世界人口的特殊監(jiān)獄。不過這條線索已經(jīng)過克萊爾的確認(rèn)，那里只是個情報戰(zhàn)，蘭伯特不會因此被抓。蘭伯特隨即給克萊爾送來了通道關(guān)閉前送達(dá)的最后一封文件，要求克萊爾成為激活最終靜默特工的人。
娜雅有著驚人的直覺。雖然奎爾提供了谷倉的線索，還檢舉奧爾德里奇是內(nèi)奸，但仍沒有逃過娜雅的懷疑。娜雅要知道奎爾的情報源，這讓奎爾頭大如斗，不得不再次向在會計處工作的霍華德X求助。只需偽造一些紀(jì)錄，證明他出錢向線人購買情報即可。
霍華德X最近忙于照顧艾米莉。艾米莉已出院，但因大腦受傷，記不清以前的事。還得了失語癥，無法正常閱讀和書寫。在霍華德X悉心照顧下，她的記憶逐漸恢復(fù)，想起了那場車禍，還有安德烈。記起曾在戰(zhàn)略部工作，為了工作而欺騙丈夫。她痛恨以前的自己，戰(zhàn)略部的工作讓她很混亂。霍華德X在安慰她的同時，也體會到霍華德的生活。這種溫馨是霍華德X在另一個世界無法感知的。
霍華德X按奎爾的要求，開了一張支票。奎爾取了錢剛進(jìn)辦公室，娜雅就來了。底樓的監(jiān)獄出事了，埃德加割腕自殺。關(guān)押前明明經(jīng)過搜身，自殺用的刀片又是從何而來？奎爾感覺到后背發(fā)涼，大樓內(nèi)仍有潛伏的“影子特工”。
奎爾的精神防線崩潰了，不知道自己什么時候就會成為“影子特工”的目標(biāo)，更不知道克萊爾是否真的與組織斷絕了聯(lián)系。他把所有事情錄了下來，再把磁帶放進(jìn)辦公室的保險箱里。萬一有一天他遭遇不測，這盤磁帶就會將真相公諸于世。
霍華德X過著低調(diào)的生活，刻意隱藏自己的身份。另一邊的霍華德就沒有這樣的機(jī)會，通道關(guān)閉沒的同時，他就因為殺害亞歷山大被捕，從而曝露了穿越者的身份。每天等待他的只有枯燥的審訊，艾米莉與霍華德X之間的郵件也成為證據(jù)，他無從證明自己并不知情。而通道關(guān)閉前收到的最后一條情報就是艾米莉已從昏迷中蘇醒，想著心愛的妻子與另一個自己生活在一起，他就感覺到心里隱隱作痛。
艾米莉X沒有因為霍華德的被捕受到影響，仍照常上班。每天各部門的例行會議上，大使都會提出返回自己世界的要求，可外務(wù)部長每次都以圓滑的外交辭令敷衍了事。實際上，艾米莉X對管理層一意孤行關(guān)閉通道，而不是尋求合作的做法同樣很不滿。會后，她時常會到關(guān)押處要求會見編號14的囚犯霍華德，但一再被駁回。安娜與馬可分手后，便住在家里，很懷念前段時間那個顧家的父親。艾米莉X卻不敢告訴她實情，只能任由女兒認(rèn)為父親又故態(tài)復(fù)萌。
一天早上，艾米莉X剛踏進(jìn)辦公大樓就被兩名保安人員帶上了四樓。四樓曾是管理層所在的樓層，如今空無一人，只有一張桌子兩把椅子和一臺攝像機(jī)。管理層從不以真面目示人，只有他們的授權(quán)人與艾米莉X面對面交談。顯然，艾米莉X對霍華德表現(xiàn)出的關(guān)心讓管理層很擔(dān)心，根據(jù)《哥尼斯堡法案》艾米莉X可能因幫助和支持穿越者受到懲罰。
不過，這一次管理者愿有條件的破例一回。管理層承認(rèn)，幾周前艾米莉X提到靛青計劃時，他們有所隱瞞。有一個叫米拉的女人于1996年實施了針對大使館的爆炸案，當(dāng)時管理層下令除掉此人。可目前來看，米拉仍在世，并且策劃了“靛青計劃”。今天凌晨一時，通道暫時開啟，對面世界管理層提供了一個議案，用米拉交換和平。所以從即日起，艾米莉X取代鮑勃擔(dān)任戰(zhàn)略部代理主管一職，執(zhí)行抓捕米拉的任務(wù)。資料顯示，施密特夫婦涉嫌將子女送到了波茨坦學(xué)校。可以從他們那里入手，，然后找到米拉就“立即消滅”。
艾米莉X以戰(zhàn)略部副主管的身份拜會施密特夫婦。這對夫婦聽說了艾米莉X的來意后態(tài)度迥異，施密特夫人堅稱兒子21年前就死于流感，不可能去什么另一個世界偽裝成那個世界的自己。就算艾米莉X承諾，只要配合調(diào)查就能與兒子團(tuán)聚，施密特夫人仍堅持自己的說法。整個過程里，施密特先生卻一言不發(fā)。
離開施密特家后，艾米莉X又去了關(guān)押處。有了副主管的身份，申請?zhí)揭暤囊蠼K于得到批準(zhǔn)。艾米莉本想以協(xié)助調(diào)查為由讓霍華德獲得自由，哪知霍華德已心灰意冷，無意離開。在接受審訊時，審訊人員曾要求他返回自己的世界監(jiān)視妻子艾米莉。霍華德已不是第一次聽到這種要求，亞歷山大就曾提出過，自然不會同意。可審訊人員播放了一段錄音，是艾米莉不同意奎爾將霍華德從界面部升至戰(zhàn)略部。難怪工作了三十年，每次走進(jìn)奎爾辦公室要求升職都會被拒絕。
其實艾米莉X能理解艾米莉的想法，因為她也做過同樣的事，目的是為了保護(hù)丈夫和女兒。但她沒能成功，反而因此與霍華德X結(jié)怨。從某種方面來說，艾米莉是個更成功的女人。只是艾米莉X沒能說服霍華德，霍華德一再拒絕配合，獄方已申請將其送至艾科關(guān)押。這卻正合了米拉的心意，只有如此才能找到朱馬藏匿起來的盒子。
走在回家的路上時天色已黑，艾米莉X意外碰到了等候多時的施密特先生。為了再見到兒子，他愿意幫助艾米莉X。次日，施密特先生與波茨坦學(xué)校負(fù)責(zé)人之一的奧爾德斯在咖啡館碰頭，艾米莉X和伊安帶人監(jiān)視。他們跟蹤奧爾德斯進(jìn)了一幢公寓樓，艾米莉X命令確認(rèn)米拉是否在公寓內(nèi)之前，不許打草驚蛇。可伊安的手下伊萊沉不住氣，持槍踹開了奧爾德斯的大門。艾米莉X和伊安只得前后包夾，被堵在樓梯間的奧爾德斯被逼無奈，逃上樓頂，跳樓身亡。
在公寓的電腦里，發(fā)現(xiàn)了襲擊另一個世界的人員名單。桌上一疊資料中，有處房產(chǎn)照片，需要確認(rèn)其具體地址。艾米莉X翻看著其他資料，突然冷汗直冒。文件夾里有她出入診所的照片，時間顯示是在2008年2月。可艾米莉X知道那不是自己，只有一個可能，照片里的人是艾米莉，而且她曾來過這個世界。
霍華德X盡量模仿著霍華德的生活方式，以免艾米莉或者雅娜產(chǎn)生懷疑。可不論他做什么事，都會讓艾米莉想起一點點往事，迫使他不得不刻意與艾米莉保持一定距離。即便再小心行事，還是躲不過另一些人的眼睛，曾經(jīng)的同事。二局的三名特工雷米、桑德琳和巴恩斯找到了他。他們在這個世界只是情報人員，對“靛青計劃”毫不知情，卻因那場襲擊滯留在這里。埃德加的離奇死亡讓他們很不安，認(rèn)為有必要采取行動自保，比如抓住蘭伯特交給這個世界的戰(zhàn)略部，用以換取保護(hù)。
對于蘭伯特的下落，霍華德X也愛莫能助，想不到雷米等人已經(jīng)有了線索。霍華德X來到他們的藏身處，驚訝的看到被綁在椅子上的鮑德溫。鮑德溫拿了霍華德X的錢后，對女友念念不忘，并沒有離開柏林，因而成了雷米的目標(biāo)。到現(xiàn)在，她仍不失殺手本色，淡定的要求與霍華德X單獨交談。霍華德X明白她的用意，她已經(jīng)是組織上的棄子，不可能知道蘭伯特的去向。不過蘭伯特知道太多的秘密，交給戰(zhàn)略部只會惹來更大的麻煩。霍華德X便與鮑德溫達(dá)成交易，霍華德X負(fù)責(zé)找到蘭伯特，鮑德溫負(fù)責(zé)鏟除后患，然后離開柏林。
而這會，奎爾在用自己的辦法尋找蘭伯特。他在妻子的跑鞋底裝了竊聽器，每晚克萊爾外出跑步回家，他都會偷偷取出芯片，聽聽有無異常。這一天，他果然聽到妻子與蘭伯特接頭時的對話。錄音中，蘭伯特除了催促克萊爾盡快激活影子特工外，還要求籌筆錢，用于賄賂那些審核假護(hù)照的人。蘭伯特說出了一個地址，奎爾馬上記了下來。
克萊爾當(dāng)然清楚蘭伯特的伎倆，那個地址只是測試內(nèi)容。所以她仍按既定的程序，在公交車上把錢交給特工。只是她沒料到，前來接頭的特工會是以前的戀人斯潘塞。故人相見，克萊爾卻默然無語，轉(zhuǎn)頭下了公交車。
克萊爾沒有中計，奎爾則一腳踏進(jìn)了陷阱。就在同一天，雅娜拜訪了在家休養(yǎng)的艾米莉。艾米莉看著雅娜提供的一些資料，想起車禍前自己在調(diào)查一件事。腦子里很模糊，隱約記得有所學(xué)校，還有教堂里母親的靈龕。但她能確定一件事，奧爾德里奇絕不可能是影子特工，因為那名影子特工應(yīng)當(dāng)是女性。此言一出，雅娜對奎爾的懷疑更甚。
回到辦公室，雅娜恰好看到奎爾召集行動隊執(zhí)行任務(wù)。雅娜是特別調(diào)查員，要求一同前往，奎爾也不便拒絕。等行動隊沖進(jìn)奎爾指定的地點，發(fā)現(xiàn)只是間空無一人的廢棄辦公室。桌上唯一一部電話詭異的響起，奎爾剛拎起來，雅娜就看到對面大樓有狙擊手，急忙將他推倒在地。
奎爾死里逃生，怒氣沖沖的回到家，質(zhì)問“心如蛇蝎”的克萊爾。克萊爾一聽便知大事不妙，奎爾的行動無異于告訴蘭伯特，克萊爾已經(jīng)曝露，今后只怕永無寧日。恰在此時，霍華德X敲開了奎爾的家門。既然蘭伯特成了大家的麻煩，不如聯(lián)手想辦法，解決這個麻煩。
通道另一邊的世界里，霍華德被關(guān)進(jìn)艾科。這里有別于其他的監(jiān)獄，犯人可以自由活動。霍華德剛踏進(jìn)活動區(qū)，就看到了電視機(jī)前的奎爾。與他認(rèn)識的奎爾不同，眼前的奎爾是籍籍無名又很重要的囚犯。他會把自己的弱點、思路告訴亞尼克。通過這種方式，管理層就能了解另外一個奎爾可能做出的決定。這就是艾科的作用，開采和發(fā)掘囚犯的記憶，用于對付另一個世界。在這里，霍華德還看見了搶走戰(zhàn)略部職位，又死于鮑德溫之手的同事馬塞爾。當(dāng)晚，霍華德就被馬塞爾等人痛毆。當(dāng)初是霍華德X將他們關(guān)進(jìn)艾科，霍華德也就成了代罪羔羊。看守坐在監(jiān)視器前無動于衷，絲毫沒有阻止的意思。
艾米莉X得知霍華德被送去了艾科，即失落又無奈。向管理層匯報工作進(jìn)展時，管理層對文件夾里那套休閑別墅并不感興趣，強(qiáng)調(diào)艾米莉X只需查清奧爾德斯與米拉之間的關(guān)系。管理層如此有意避開這套別墅，必有隱情。再結(jié)合艾米莉來過這個世界，管理層不可能不知道此事。他們掩蓋艾米莉的行蹤，誰又知道有沒有隱瞞其他事。
艾米莉X不會任人擺布，仍決定讓伊安前往調(diào)查休閑別墅。在別墅里，伊安找到一具死去多日的尸體。根據(jù)鄰居描述，曾有個女人找過戶主，想來必定是米拉。別墅里被翻得亂七八糟，像是在尋找什么東西。鄰居的一句話引起伊安的注意，十幾天前，戶主在后院做園藝。時值冬季，沒人會在這種時候種植花草。伊安拿起鐵鏟，在后院草地下挖出一個帶密碼鎖的旅行箱。
艾米莉X此時在檔案室調(diào)閱艾米莉的檔案，顯示其曾與朗斯頓特工接觸。朗斯頓已退休數(shù)年，開了家汽車銷售店。到了店里，朗斯頓一眼就認(rèn)出此艾米莉非彼艾米莉。事到如今無須隱藏，朗斯頓承認(rèn)多年前艾米莉來過這個世界，向管理層提交了一份報告。報告指出，上世紀(jì)九十年代爆發(fā)的流感疫情確為彼世界試驗室失誤釋放出病毒，再由通道傳到此世界。管理層收到報告后不久，便調(diào)走了朗斯頓。此后，他也再沒見過艾米莉，也沒有那份報告的消息，更沒聽說過米拉的名字。最后，朗斯頓提醒艾米莉X，艾米莉會把機(jī)密資料藏在一個地方。也就是說，只有艾米莉X才會想到“自己”把答案藏在了哪兒。