秀子開槍殺害了唐母，唐余錦深夜攜帶城防圖見秀子，將城防圖扔在地上，與秀子比試槍法。
秀子技高一籌戰勝了唐余錦，拾起地上的城防圖，出奇不意打暈唐余錦，揚長離去。
秦永川從復興社逃出來，找到東山，從東山手中拿過城防圖，認定城防圖是假的，東山信以為真，派出秀子繼續向唐余錦索要城防圖。
其實，秦永川已經改邪歸正，?聽從地下黨員老丁指示，打入日軍內部，向老丁提供情報，數日之前，老丁帶著秦永川見秦母，秦母責罵秦永川做漢奸，老丁趁機提起秦永川的情人小燕。秦永川得知情人小燕死在日本人手中，悲憤交加，決定棄暗投明幫助地下黨對付日本人。
秦永川獲得東山信任，偷走了幾份城防圖，被石野藤殺害。
唐余錦昏睡了一天一夜，蘇醒過來，為母親出殯，復興社的姚站長趕了過來，不由分說認定唐余錦通日，唐余錦身正不怕影子斜，與姚站長商談，提出先為母親出完殯再隨姚站長走一趟。
姚站長鐵面無情，不同意唐余錦提出的要求，企圖強行帶走唐余錦。緊急關頭，秀子出現，追殺唐余錦，奪取城防圖。
劉子妍隨唐余錦奔跑，被秀子開槍擊中，唐余錦將劉子妍背出胡同，將其送到醫院搶救。
劉子妍手臂中彈，日后恐怕難以再有力量攜帶狙擊槍，令日軍聞風喪膽的黑羿由劉子妍所扮，劉子妍日后不能再使用狙擊槍，意味著無法再扮成黑羿，這對于她來說無疑是毀滅性的打擊。
唐余錦耐心的安慰劉子妍，隨后返回家中，打開一個柜子，里面存放著長短不一的槍械，如同一處小型軍火庫。槍械下方擺放著幾塊黑色令牌，每個黑色令牌上都刻著黑羿兩個字。
唐余錦拿起其中一塊黑色令牌，臉上露出決絕的神色，劉子妍已經沒有能力再假扮黑羿，唐余錦決定取而代之，扮成新一代黑羿，在上海市區行俠仗義鋤強扶弱，與入侵中國的日本人斗爭。
從1932年開始，一個叫石井四郎的日本人對中國人實施病毒戰，建立臭名昭著的七三一生化部隊，研究出許多致人慢性中毒的細菌。
這些細菌被日本人投放到上海各處水井內，上海市民們渾然不知，照常取水回家食用。阿寶到一口水井打了一桶水，返回住處，口干舌燥喝了幾口打回來的井水。
中國面臨著被日本人細菌侵害的危險，愛國醫學博士葉振元攜女葉莎莎奔赴上海，帶了一箱抗生素資料，打算送給醫術精湛的唐余錦，讓唐余錦根據資料研發出抵抗細菌的藥物。
日軍特務部門第一狙擊手崗倉在列車上等侯多時，侍機奪取葉振元手中的資料。與此同時，復興社姚站長派出劉子剛在內的幾個下屬踏上列車，眾人的目標也是抗生素資料。
崗倉身手不凡，制奇混亂奪走了葉振元手中的箱子，將假箱扔在地上，葉振元拾起假箱子，以為資料還在，下車與地下黨員丁偉漢會面。
東山將崗倉領到日本料理館進食，崗倉與黑羿有不共戴天的仇恨，此番來上海，一為替父報仇殺掉黑羿，二為東山執行任務。
唐余錦得到葉振元贈送的抗生素資料，返回住處，阿寶因為喝了含有細菌的井水，不時咳嗽，漸而咳出了大量的血液。
劉子剛未能奪到抗生素資料，返回姚站長身邊復命，姚站長氣急敗壞訓了劉子剛一頓。
崗倉為了不打草驚蛇，晚上來到葉振元的住處，放下裝有抗生素資料的箱子，制造聲音悄悄離去。劉子妍聽到門外有聲音，開門發現地上放著一個黑箱子，里面放著抗生素資料，葉振元曾把黑箱子交給唐余錦，黑箱子忽然被人送回來，葉振元以為送箱子的是唐余錦，漸而認為唐余錦不愿意研發抗生素。
深夜，唐余錦坐在辦公室認真研究資料，阿寶的病情迅速加重，躺在房間里面劇烈咳嗽，唐余錦察覺到阿寶身體出了大問題，離開辦公室往阿寶睡覺的房間跑去。
阿寶病情加重，咳出大量血液，唐余錦獲取阿寶咳來的一部份血液，放到顯微鏡下觀察，發現血液中包含不明細菌。唐余錦從醫多年，從未見過阿寶這樣的病例，他漸漸意識到阿寶患上了傳染疾病。
葉振和計劃離開上海，姚站長派出劉子剛攔下葉振和，欲從葉振和手中得到抗生素資料。護送葉振和的丁偉漢掏出手槍，與劉子剛一方對峙，雙方劍拔弩張之時，崗倉趁機開槍搞偷襲，在混亂中殺害了幾個復興社的人，令劉子剛與丁偉漢產生誤會，以為是對方的手下藏在暗處開槍。
丁偉漢在混亂中帶著葉氏父子上車逃走，葉莎莎發現丁偉漢的雙手沾滿了鮮血，立即猜到丁偉漢受了傷，在眾人的注視下，丁偉漢兩眼一黑昏死過去，被眾人送到醫院搶救。
唐余錦決定親自為丁偉漢做手術，一個女護士自告奮勇愿意做唐余錦的助手，時間緊急，不容遲疑，唐余錦與女護士關上手術室房門，全力搶救丁偉漢。
阿寶也在同一家醫院，患了不知名的傳染病，已被醫院隔離，劉子妍一行人站在隔離帶外面，打量躺在床上昏迷不醒的阿寶。
曾幾何時，東山以為唐余錦就是黑羿，后來因為黑羿幾次出手搭救唐余錦，東山意識到唐余錦不是黑羿，唐余錦雖然不是黑羿，但槍法精準是上海的新一代槍王，身手不在黑羿之下。崗倉從東山嘴中簡單了解唐余錦的底細，決定找時間會一會唐余錦。
劉子剛帶人來到醫院，不由分說奪取葉振元攜帶的一些資料，同時強行押走了葉振元父女。唐余錦也沒有幸免于難，被劉子剛的同伴一并帶走。
當天晚上，唐余錦被劉子剛帶到姚站長身邊，姚站長提出與唐余錦一起合作研發抗生素，唐余錦爽快的同意了姚站長提出的合作要求，他無論跟誰合作，主要目的就是搶救已經感染了病毒的阿寶。
姚站長見唐余錦為人干脆，喜出望外決定把唐余錦送到南京研究抗生素。他顧著與唐余錦談話，沒有發現藏在窗戶外面的崗倉。