楊燦告訴林指山，這次去參加厲劍峰的婚禮，什么都沒問到，還和他們吵了一架。林指山說，沒想到特戰(zhàn)隊真把你當外人了。曉波為和楊燦決裂傷心，他不明白為什么二十年的友誼，變成這個樣子。楊燦知道他們房間有監(jiān)聽，用手機打字告訴詩文，他擔心她沒經(jīng)過訓練，參與臥底行動很危險，詩文卻堅持要和他在一起。
會長給火狐送來私密武器，一個和那敏長得一樣的女人，擁有價值二十五萬美元的臉。林指山看到那敏的替身，也吃了一驚，他知道是用來試探楊燦的，并沒有阻止火狐。
而真正的那敏剛好從替身旁邊擦身而過，她當年并沒有犧牲，在爆炸的一瞬間跳進了水里。根據(jù)特勤組的安排，那敏這一年多一直潛伏在BY集團，化身為一名清潔工。
火狐的陰謀早已被特戰(zhàn)隊掌握，杜局長命令那敏執(zhí)行影武者行動。常健安決定將計就計，敵人送來替身，我們就讓真身亮相，讓那敏堂而皇之地登場。
教授看到火狐讓人設置引爆裝置。火狐帶著替身經(jīng)過教授身邊時，替身女孩忍不住叫了聲“爸爸”，被火狐拖開的瞬間，教授看到女孩手臂上的傷疤，他懷疑是自己的女兒玲玲被火狐控制了。火狐威協(xié)玲玲老實點。
火狐把裝有引爆裝置的箱子交給楊燦，要他坐火車去車站交給接頭人。火狐得意地對藍雪說，這是個死亡任務，火車到站這個炸彈就會引爆。藍雪覺得他不應該私自行動。教授看見楊燦拿著裝著引爆裝置的箱子上了火車，女兒玲玲也跟在后面。他為女兒擔心，猶豫著要不要告訴楊燦。???
那敏和玲玲同時上了這輛列車了。玲玲坐在楊燦身邊。楊燦看到玲玲的長相，驚呆了，自己明明參加了那敏的追悼會，她不可能還活著。可這人不管聲音還是長相都這么像那敏。
楊燦努力控制自己的情緒，主動和“那敏”聊天探個究竟。“那敏”自稱是個失去記憶的女人，現(xiàn)在她的名字叫沈莉，因為一年多以前遇到意外，怎么也想不起來自己原來是什么樣。楊燦聽到這番話激動起來，眼眶濕潤了。這時服務員過來故意把咖啡打翻在沈莉身上，沈莉只好中斷了談話，起身去洗手間。楊燦接到教授發(fā)來的短信暗語，提示他火車上有炸彈，這個女孩是危險人物。
火狐指示沈莉套出楊燦是臥底的證據(jù)，并把對話錄下來。那敏利用這個機會在洗手間打暈了沈莉，換上她的衣服。
得知列車上有炸藥，特戰(zhàn)隊安排王鐵豹進行遠程排爆。王鐵豹發(fā)現(xiàn)這是一顆裝有遠程發(fā)射器的定時炸彈，需要找到引爆器。楊燦打開他帶來的手提箱，卻無法獲取引爆器密碼，他只有鋌而走險，直接打電話給會長，告訴他火狐沒有得到他的同意私自安放炸彈。會長責罵了火狐，迫于會長壓力，火狐在炸彈引爆的最后一分鐘把密碼發(fā)給楊燦。
楊燦怒氣沖沖地去找火狐算帳，并把沈莉推在火狐面前，大罵他找個冒牌貨來算計自己。在楊燦用槍指著火狐的時候，林指山趕來阻止了楊燦。
詩文身體不舒服老是嘔吐，楊愛萍懷疑她懷孕了。特戰(zhàn)隊發(fā)現(xiàn)從火車上帶回的那敏替身體內(nèi)有慢性中毒的跡象，常健安要求醫(yī)生全力醫(yī)治。
楊愛萍看到驗孕棒很高興，她要楊燦回來吃飯，告訴他詩文懷孕的好消息。詩文覺得可以把懷孕做為計劃的一部分。這樣才能證明楊燦已經(jīng)忘了過去，林指山也會更信任他。
那敏的替身交代她叫張玲玲，她的爸爸張玉年，是個網(wǎng)絡安全專業(yè)的教授，父女倆都被綠瑪瑙控制了。她的任務是套出楊燦是臥底的證據(jù)。
楊燦擔心詩文和孩子的安全，想送她去療養(yǎng)。詩文卻覺得孩子來得正是時候，在肚子里就和爸爸一起完成任務了，她很驕傲能和楊燦戰(zhàn)斗在一起。
林指山買了一堆東西興奮地來看望詩文，楊愛萍卻說自己沒做好思想準備，讓他當孩子的爺爺。林指山激動起來，訴說自己的委屈。楊燦攔住媽媽，說他只有李遠征一個爸爸，孩子可以有兩個爺爺。楊愛萍最后對林指山說，兒子的幸福你沒法彌補，孫子的幸福給你機會吧。林指山建議楊燦和詩文搬去他們公司的頂級套房住，方便照顧他們。
詩文明白，楊愛萍的APR項目一旦完成，林指山就會啟動暗夜計劃，那他們的光明行動馬上就要開始。詩文擔心如果林指山的真面目揭開，楊燦會難過。楊燦堅定地告訴詩文，自己是李遠征的兒子，特戰(zhàn)隊和國家的兒子，這才是真的血濃于水。
藍雪竊聽到楊愛萍家的對話，有些吃醋，找林指山興師問罪，林指山用甜言蜜語哄她。藍雪覺得林指山象個謎，讓人猜不透。林指山告訴她，因為他的信仰是利益，只有利益才能實現(xiàn)一切目標。藍雪知道如果暗夜計劃成功，倆人就要一拍兩散。林指山告訴藍雪，在他身邊的人都不會幸福，包括楊愛萍和楊燦。
楊燦派他的新秘書沈莉開車送詩文去醫(yī)院體檢。詩文覺得她太像那敏了。在醫(yī)院，常健安給詩文看張玲玲的供詞，詩文才相信這個沈萍真的是那敏，倆人緊緊地抱在一起。
林指山帶楊燦參觀公司里的高級套房。楊燦表示很滿意。
楊燦接詩文回家，他想讓詩文成為世界上最幸福最快樂的女人。趁楊燦看孕驗報告書的時候，詩文用手機打字告訴楊燦，沈莉是真的那敏，她的犧牲是組織安排的，這一年一直潛伏在BY集團當清潔工。楊燦得知這個消息話都說不出來了，那敏沒有犧牲讓他如釋重負。
教授升級了之前的病毒，只要把這個新病毒放進TPR系統(tǒng)里，就會讓電力系統(tǒng)的TTY防御系統(tǒng)癱瘓。火狐不放心楊燦，派了兩個手下跟著去執(zhí)行任務。
常健安指示利用這次行動甩開敵人，策反教授。
楊燦帶著他的秘書“沈莉”、教授和火狐的兩個手下，五人偽裝成保衛(wèi)部的，混入電力系統(tǒng)機房。教授找到主機，插入閃存等待值入病毒。
衛(wèi)鐵軍帶隊進入大樓，混戰(zhàn)中殺死火狐的兩個手下，楊燦挾持衛(wèi)鐵軍走出大樓，開車“逃走”。楊燦擺脫火狐后，帶著教授到約定的地點見到了女兒張玲玲。教授得知了真相。
教授深知只有消滅了綠瑪瑙，他和女兒才能真正的安全。作為綠瑪瑙基金暗夜計劃的技術總負責人，教授覺得自己也犯下了不少罪。綠瑪瑙殺害妻子，綁架女兒，還脅迫自己為他們做事，教授覺得不僅為了復仇，就是為了贖罪也要把綠瑪瑙一網(wǎng)打盡。他愿意和特戰(zhàn)隊合作。教授建議借口TTY系統(tǒng)升級，新研制的病毒無法破解，然后引誘綠瑪瑙用自己的主網(wǎng)攻擊目標，趁機值入病毒，毀掉他們的系統(tǒng)，獲取他們的內(nèi)部資料，做為他們犯罪的罪證。
綠瑪瑙的會長親自來中國督戰(zhàn)。火狐前去接機。
林指山宣布暗夜計劃實施，病毒開始破解系統(tǒng)。任何知道暗夜計劃的人都不能離開BY集團總部大樓。
陸長風做最后的戰(zhàn)前部署。他向大家出示敵人的主犯林指山、藍雪和火狐。當需要特別保護人員的照片中出現(xiàn)楊燦、柳詩文和那敏時，隊員們都長吁一口氣，原來之前錯怪楊燦了，他和那隊并沒有離開，一直和大家在一起并肩戰(zhàn)斗。得知那敏沒有犧牲，厲劍峰的眼眶紅了。
教授值入的新病毒沒有奏效，因為電力中心升級了TTY防御系統(tǒng)。教授建議用綠瑪瑙基金的主網(wǎng)，強行攻入電力系統(tǒng)內(nèi)部。但這項行動需要得知電力系統(tǒng)的網(wǎng)絡密碼。會長從火狐那得知林指山的病毒并沒有攻克TPR系統(tǒng)的防御體系，生氣地撤回了資金資助。林指山急于逼楊愛萍說出系統(tǒng)設置的網(wǎng)絡密鑰。
詩文肚子痛，林指山安排藍雪送她去醫(yī)院檢查。在醫(yī)院，詩文正好遇到因為勞累過度而送來醫(yī)院的楊愛萍。詩文陪楊愛萍一起回家，發(fā)現(xiàn)林指山正在家里。