鐵豹和沈樂進行個人軍事能力比賽，前三項都打了平局。倆人都不服氣，最后決定比試對手擅長的。鐵豹解密網(wǎng)絡程序，沈樂拆解炸彈。誰先完成任務誰贏。沈樂小心地剪斷最后一根線，高興地說，“我贏了”，話音未落，鐵豹就沖過來把她撲倒，這時炸彈爆炸了。原來鐵豹已經(jīng)看出她的拆彈程序不對，有危險。這次又是平局。
鐵豹和沈樂在訓練中互相斗氣，成為一對歡喜冤家。沈樂覺得他們除了對方的專業(yè)，其它的技能都是棋逢對手。鐵豹送給沈樂一個禮物，是他第一次參加排爆任務時拆下的起爆器。沈樂逗鐵豹這是不是定情信物，把鐵豹羞成大紅臉。倆人一起訓練，夜深了，沈樂又提議比睡覺，看誰先睡著。在拳擊擂臺上，鐵豹和沈樂背對背坐著，不知不覺中，倆人都睡著了。
清晨，衛(wèi)鐵軍帶領隊員來訓練，把他們喊起來，批評他們違反特戰(zhàn)隊的紀律。鐵豹緊張得一跳。潑辣的沈樂卻把衛(wèi)隊反駁一番。還當著隊員的面親了鐵豹一口。鐵豹嚇得都快暈倒了。
鐵豹被沈樂說得暈頭轉(zhuǎn)向，他提醒自己，沈樂是美女博士，而自己個農(nóng)村兵，不能再想了。他們還是當哥們好。
張玉華教授被綠瑪瑙基金從黑日組織里贖出來?？伤呐畠哼€未解救，會長要他和綠瑪瑙合作，才能救出女兒。教授不知這是會長早就設下的圈套。
林指山進入APR項目基房的數(shù)據(jù)中心庫，并用錄像拍下來房間格局。其實這是常健安早已安排好的陷阱。
教授告訴林指山，他要得到項目的初始數(shù)據(jù)資料樣本，才能分析出網(wǎng)絡安全系統(tǒng)資料。
皮特森藏在邊境，準備給綠瑪瑙基金充當打手。常健安準備利用這次代號為“截肢行動”的計劃，全殲黑日組織，讓林指山失去助力，這樣才能把臥底安插進去。
綠瑪瑙基金給皮特森豐厚的傭金，讓他攻擊APR項目基房，獲取初始數(shù)據(jù)樣本，皮特森準備晚上就動手。
特勤組的杜副局長和那敏秘密見面，要她下周內(nèi)離開反恐特戰(zhàn)隊，進入特勤小組執(zhí)行任務。這次行動要對所有人保密，包括楊燦。
常健安和陸長風正式告訴楊燦，他的親生父親就是黑日組織背后的勢力，綠瑪瑙基金會中國區(qū)的負責人老總。為了徹底催毀綠瑪瑙基金，有一項臥底任務要他來完成。同時把早就安排在林指山周圍的臥底，代號美人魚的詩文介紹給楊燦。楊燦雖然吃驚，但并沒有慌亂。
看到楊燦鎮(zhèn)靜的表現(xiàn)，詩文覺得楊燦好象心里有數(shù)一樣，知道他已經(jīng)成長為一名優(yōu)秀的特戰(zhàn)隊員，否則那天不會同意結(jié)婚。他心里明白這場婚禮的特殊意義。常健安肯定楊燦的成熟和冷靜，在親情和正義面前，楊燦選擇了正義。他還感謝詩文為了完成任務，犧牲自己的幸福。詩文說自己很高興能參與到楊燦的事業(yè)中來。
常健安宣布“截肢行動”開始，旨在切斷綠瑪瑙的四肢，全殲黑日組織。
林指山分析這次行動如果有好消息就是皮特森進入機房拿到了教授需要的數(shù)據(jù)樣本；壞消息是他被反恐特戰(zhàn)隊盯上了，全被消滅；至于不好不壞的消息，雖然全軍覆滅，但剩下皮特森一人，這肯定是個陰謀。他命令藍雪到時候找個外人去拿數(shù)據(jù)，然后殺了皮特森滅口。
衛(wèi)隊帶領的雪狼特戰(zhàn)隊第一作戰(zhàn)組潛伏在機房大樓，厲劍峰帶領的第二作戰(zhàn)組殲滅黑日組織據(jù)點的敵人后，又馬上趕往機房大樓接應雪狼特戰(zhàn)隊。雪狼特戰(zhàn)隊放皮特森和他的手下進入機房，準備擊殺他們時，發(fā)現(xiàn)匪徒身上全都綁著烈性炸彈。情況有變，特戰(zhàn)隊無法在樓內(nèi)攻擊，陸長風指示讓匪徒出來，進行外圍打擊。黑日組織成員剛逃出大樓，就被雪狼和神鷹兩支特戰(zhàn)隊內(nèi)外夾擊，全部殲滅。
老殲巨滑的皮特森一看形勢不對，換上特戰(zhàn)隊員的衣服，準備溜出大樓上車，被小川發(fā)現(xiàn)追上去，皮特森回身開了幾槍，全打在小川身上。鐵豹和曉波開車追皮特森，見他扔過來一個手雷，鐵豹忙把曉波推下車，自己和車炸翻。楊燦緊追皮特森，卻被他的匕首扎傷，皮特森駕駛早已準備好的快艇逃跑。那敏從飛機上降落到快艇上，和皮特森博斗，皮特森引爆身上的炸彈，那敏消失在一片火光中。
楊愛萍聽醫(yī)生說扎在楊燦腿上的刀有毒，弄不好會殘廢，很為楊燦擔心。楊燦醒來后，陸長風告訴他，這次”截肢行動“楊燦、鐵豹重傷，那敏、馬小川壯烈犧牲。楊燦不相信這個事實，爬起來一一瘸一拐地要去找那敏。林指山勸說楊燦，那敏不想看到他這樣，這才讓楊燦平靜下來。
林指山試探陸長風，問楊燦受傷了能不能留在特戰(zhàn)隊。陸長風說，楊燦也許會離開特戰(zhàn)隊，但不會離開部隊，可以做后勤工作。
那敏、馬小川葬禮舉行，全隊沉浸在巨大的悲痛中。楊燦柱著拐杖、鐵豹坐著輪椅也來給那敏小川送最后一程。
陸長風下發(fā)上級通知，因為楊燦的傷情，要求他調(diào)離神鷹特戰(zhàn)隊，到后勤做倉庫主任工作。楊燦不能接受這個命令，覺得部隊拋棄了自己，決定離開特戰(zhàn)隊。厲劍峰向陸長風求情，陸長風不為所動，只是祝福楊燦今后走好自己的路。
在家里，楊燦宣布，我復員了，今天開始就是無業(yè)游民。楊愛萍埋怨楊燦這么沖動，連工作也沒了。林指山讓楊燦到BY公司來幫他。
一年后，火狐在機場接到已在BY集團做高管的楊燦。
在綠瑪瑙基金的某個據(jù)點，教授帶著楊燦一起破解電力系統(tǒng)的防火墻。剛一破解，他們馬上被電力公司的TTY系統(tǒng)盯上，衛(wèi)星定位了他們的位置。教授忙要楊燦退出系統(tǒng)，可是已經(jīng)晚了。林指山要大家趕緊撤離。
反恐特戰(zhàn)隊員包圍了林指山一伙，火狐不相信楊燦，要他帶兩個成員殿后。楊燦殺死兩個正在埋地雷的匪徒，又朝自己肩膀上開了一槍。厲劍峰帶領隊員看到地上兩具尸體，心領神會，朝天上開了幾槍。躲在路邊的林指山見受傷的楊燦來和他們集合，又聽見槍聲離自己遠些了，覺得剛才是楊燦把特戰(zhàn)隊員引開。
常健安知道這次行動為飛天猴的潛伏計劃開了好頭，但更嚴酷的考驗還在后頭。
火狐一直懷疑楊燦是內(nèi)鬼，覺得是楊燦入侵網(wǎng)絡的時候故意沒有及時退出系統(tǒng)才被盯上的。林指山問火狐，如果楊燦是內(nèi)鬼，為什么要為他們引開特戰(zhàn)隊，自己還受了傷?；鸷鼏】跓o言。楊燦聽到火狐的話，沖到他面前，把槍給火狐，要他殺了自己。還說自己受夠了被家一樣的部隊拋棄的滋味，說著把槍頂在自己頭上，林指山搶下他的槍，要楊燦冷靜。
火狐還是相信自己的直覺，他向綠瑪瑙基金會長報告楊燦有問題，是臥底。會長要火狐放心，自己已經(jīng)派人過去對楊燦進行內(nèi)部審查，楊燦的真實身份很快就會確認。會長要試探老總林指山是不是因為進入好爸爸角色而失去了判斷力。
楊燦帶著藍雪去參加厲劍峰婚禮，一路上闖紅燈超速，沖到酒店大門口。
看到昔日的戰(zhàn)友和領導，楊燦表現(xiàn)得無禮又傲慢，飛揚跋扈的言行讓每個人都受不了?？吹酱蠹覍λ膽B(tài)度很不友善，楊燦憤憤地走了。
在酒桌上，戰(zhàn)友們都不相信楊燦怎么變成這樣。從英雄楊燦變成現(xiàn)在的大款楊燦，而且一直覺得部隊欠他的。
戰(zhàn)友們都收到楊燦給他們發(fā)的短信，晚上八點他在大酒店宴請大家。時間到了，只有曉波一人前來赴約。曉波建議他們哥倆象從前一樣吃烤串啤酒路邊攤。曉波痛心疾首地對楊燦說，自從那敏犧牲后，你整個人都變了。真替那敏不值，她居然愛過你這號男人。聽到那敏的名字，楊燦一下火冒三丈，摔了酒瓶揚長而去。