梅津在離開現在的時候碰到譚旺祖，譚旺祖拿槍指著梅津讓他站住。這時有一個人拿槍指著譚旺祖救走了梅津，譚旺祖聽出他們是日本人。朱迪的尸體被肖瘸子抬走，譚旺祖對老白說如果讓他抓住黑衣人非把他宰了。德川問梅津以他的身份什么樣的女人沒有為什么要選擇J殺的下策，梅津說只有在爭取中才能得到樂趣，德川大怒讓梅津再有行動必須通知她，梅津說自己還是要一個人行動。
馬俊杰把中統聯絡員的話告訴陳重，要想進一切辦法消滅細菌武器。陳重說梅津和羅娜是師生關系可以找她詢問梅津的情況。德川決定把梅津的助理培養起來取代梅津。老白找肖瘸子打探黑衣人的下落，并告訴他譚旺祖已給各個堂口布下任務，嚴密注意黑衣人的動向，一旦發現立刻把他解決。上杉告訴德川陸昊然的指紋和留在收音機上的指紋完全吻合，但奇怪的是陸昊然的指紋只有在收音機上才有。德川讓上杉把昊然請到憲兵大隊問話，上杉去陸公館請陸昊然并對他進行盤問。
上杉拿出安督察家的收音機問昊然上面怎么會有他的指紋，昊然想起曾給沈夫人倒水懷疑自己的指紋被竊和沈夫人有關，昊然說出歸鄉難民出關還鄉時幫一位難民撿起散落在地上的行李，其中就有這一臺收音機，后來安督察把收音機沒收了，這件事有肖瘸子作證。上杉找來肖瘸子，讓昊然回去。肖瘸子證實了昊然說的情況。德川監聽了這次的詢問，她對上杉說雖然陸昊然理由充分但還是不能相信他。昊然回到家讓安妮趕緊收拾行李跟陸榮軒離開，安妮不相信沈夫人竊取昊然的指紋也不肯離開。
肖瘸子來找上杉說自己想當督察，上杉說如果他肯立功的話這沒問題。肖瘸子立馬把譚旺祖要殺梅津的情況報告給上杉。陳重等人找來羅娜了解梅津的信息，羅娜說梅津曾殺過兩條做實驗用的狗，還在夜間襲擊過低年級的女學生。大家聽了羅娜的講述后覺得最近報紙上刊登的變態殺人狂就是梅津。而梅津是細菌病毒的母本，干掉梅津才是關鍵。昊然覺得可以利用梅津的怪癖來消滅梅津，而細菌繁殖最怕的是高溫和低溫。陳重說如果能弄到實驗室平面圖的話就有辦法，羅娜說她可以帶他們去，并當誘餌把梅津引出來。上杉把譚旺祖要殺梅津的情況報告給德川，德川決定動手解決譚旺祖。昊然發現自己被日本人監視。
肖瘸子在上杉處打電話到譚公館說黑衣人住在霞光路10號。老白把這個情況告訴譚旺祖，譚旺祖要在晚上親手殺黑衣人。老白覺得事有蹊蹺，肖瘸子是個貪生怕死的人但他在電話里說要為譚旺祖帶路。譚旺祖說老白想太多，老白提出把七十二個堂口的弟兄們都召集起來，譚旺祖覺得大題小做拒絕了老白的提議。昊然又勸安妮離開上海，安妮再次拒絕。譚旺祖帶著十幾個弟兄準備去霞光路殺黑衣人。昊然回家后對安妮大發脾氣，說自己當初是為了任務才和她結婚，他愛的人是思瑤讓安妮把玉佩還給他，安妮把玉佩還給昊然后傷心地離開陸公館。譚旺祖帶人趕到霞光路，遠處出現了黑衣人，等譚旺祖等人走進了才發現黑衣人是上杉假冒的。
譚旺祖等人走進了才發現黑衣人是上杉假冒的，并且四周布滿日本兵，肖瘸子趁機搶走了譚旺祖的槍指著譚旺祖，譚旺祖說即使自己被日本人殺人也要絕對不放過他。譚旺祖欲搶肖瘸子的槍，上杉趁亂開槍打死了肖瘸子。譚旺祖抽出皮帶和上杉打了起來，譚旺祖帶來的弟兄都陸續地被四周的日本兵打死，譚旺祖最后也被日本兵打死。安妮跑到羅娜家里，羅娜打電話給昊然。上杉對德川說昊然和安妮吵架，安妮離家出走。德川猜測安妮肯定是去了羅娜家，她讓上杉把安妮抓來。
昊然等人決定開始行動誘捕梅津。安妮寫了書信從羅娜家里離開了。陳重扮作黃包車夫拉著羅娜故意從梅津車前走過。安妮出了羅娜家就被日本人跟上，被日本人抓走。梅津攔住了陳重的黃包車讓陳重滾，陳重趁機擰斷了梅津的脖子，然后扮成梅津回到實驗室，把改好的裝置裝到配電器上毀壞細菌毒株。德川從手下聽到梅津回來的消息讓上杉和他一塊去實驗室找梅津談話。上杉快到慈濟醫院看到梅津的車開走，德川讓上杉趕快到實驗室檢查毒株。上杉和德川到實驗室發現平常的哨兵不見了，上杉進門燈剛開細菌毒株就自動爆炸。
羅娜找到昊然說安妮不見了，昊然看了安妮留下的書信十分擔心安妮。安妮從陌生地方醒來看到穿日本軍裝的沈夫人，質問她琴姨和沈詩瑤的事情，沈夫人都承認是她做的。陳重告訴昊然和馬俊杰剛和上級組織取得聯系，上級給了他們新的任務，摸清日軍在上海地區的地面兵力部署、機場分布圖還有海軍艦艇部署、上海的水文氣象概況地形特征等一切資料便于美軍登入中國大陸與日本決戰。昊然等人決定潛入駐上海日軍司令部的機要室竊取上海日軍防衛力量與攻防火器戰略圖。
昊然等人襲擊了日本司令部的副主任，扮作日本兵的樣子順利利用副主任進入了憲兵司令部。陳重發現了機要室和秘書室的房間牌子和以前相反，他們分別潛入兩個房間找。陳重和昊然在秘書室的保險柜里找到了上海日軍防衛力量與攻防火器戰略圖，他們拿照相機拍下圖紙。而馬俊杰在機要室的抽屜里也找到了一份上海日軍防衛力量與攻防火器戰略圖進行拍照。昊然和陳重拍完后把圖紙放回保險柜到隔壁房間去找馬俊杰準備撤退。昊然聽到腳步聲躲進旁邊的房間。德川發現哨兵不見趕緊去機要室，檢查后沒發現丟失資料。昊然等人順利脫身。
昊然把兩卷膠卷都給羅娜，讓她到新四軍后讓組織把兩組情報對比一下，如果不一樣的話就把標有幾號的膠卷挑出來。德川告訴上杉決戰在即，并告訴他本土的玉碎計劃和國外的焦土計劃是大日本帝國唯一的選擇。上杉告訴德川被改成救護船的江南號已修繕完畢，原來從船上卸下的物資已經重新裝回貨艙。日本帝國以紅十字會為中介與同盟國達成一個協議，批準江南號運輸傷員和非戰斗人員。德川決定利用江南號運送貴重的物資，她要把江南號所有空余的倉位全部裝上貨物，她讓上杉調個聯隊來充當苦力，她還要讓一些非戰斗人員上船作為掩護。昊然等人也再想日本人到底想用江南號運什么，陳重說出自己在偷襲江南號時，在船塢里發現很多貨箱，昊然覺得這很可能是日本從其他地方掠奪來的物資。陳重提出要炸掉江南號，昊然說要慎重行事。
德川讓上杉把陸昊天帶來見她。江南號船長闖進德川辦公室，他告訴德川船的載重已經到了極限，只要再裝一噸貨物船就有沉沒的危險。德川說一定要把內定的貨物裝載完畢船才可以出航。船長說出如果再繼續裝貨的話，他拒絕指揮江南號，并且向內閣控告德川。德川掏出槍擊斃船長，任命上杉擔任江南號的船長。德川讓昊天回陸公館找陸榮軒摸出江南號設計的缺陷。陳重等人在商討如何炸毀江南號又能保住港口不堵塞航道，昊然決定回去問陸榮軒江南號設計的缺陷。德川把一把短槍交給昊天讓他防身。
昊然和俊杰深夜來到陸公館，昊然對陸榮軒說自己要炸掉江南號，江南號是陸榮軒親手設計的船，陸榮軒十分痛心和舍不得，但是為了阻止日本人把物資運回日本陸榮軒同意了昊然的決定。陸榮軒告訴昊然的弱點就是蒸汽鍋爐，只要炸了鍋爐，江南號只有沉沒。陸昊天在也時也回到陸公館，他不允許陸榮軒和陸昊然炸江南號，他掏出槍讓昊然把圖紙給他，陸榮軒無奈下擊斃了昊天，昊然讓陸榮軒趕緊離開，陸榮軒不肯，馬俊杰拉走昊然，兩人走到門口的時候陸榮軒自殺了。傷心欲絕的昊然被馬俊杰拉著離開陸公館。
上杉向德川報告陸公館發生的事情，德川說共產黨做這么多就是炸江南號。昊然等人決定制作以假亂真的煤塊炸彈趁機運進江南號。一個搬運物資的日兵暈倒，德川命令上杉馬上換一批人繼續搬運，要在三天之內把物資都運上船，在盟軍規定的期限內把物資運回日本。昊然等人劫獲了鬼子的運煤車，把煤塊炸彈混入真煤塊中去。馬俊杰和陳重打扮成日本兵的樣子，開車跟上日本人第二組的運煤車順利開進了船廠，在卸煤的時候被矢野懷疑，矢野問他們指揮官的名字，馬俊杰陳重說不出，只好把矢野殺了。
第二天江南號馬上就要起航，上杉報告德川在裝貨的時候發現被擰斷脖子的矢野，德川肯定船上一定有炸彈，她下令把軍人以外的所有人趕下船。上杉請求德川延遲開船時間，但距盟軍要求他們開船的時間已經不多，來不及開箱清查這八千件貨。德川決定把昊然引出來。羅娜讓昊然聽廣播，德川拿安妮逼昊然去船廠，昊然要去赴約，眾人阻止他說他這就是去送死，昊然說江南號已點火升氣，馬上就要駛離港口，如果船在港口爆炸的話就會在港口沉沒，上海的深水港就完了，所以他一定要去。昊然給安妮寫了封信，并把自己的玉佩放進信封。
昊然對陳重等人說自己已經決定要去赴約，總要有人面對死亡。就算他犧牲了，也會在天堂和陳重等人一起慶祝上海的新生。陳重等人開車送昊然到大華船廠，昊然要求把安妮放了他就答應德川上船，昊然把信交給安妮讓陳重把她帶走。陳重把安妮帶走，開車離開大華船廠。昊然登上了江南號，德川看見昊然后下令開船。德川讓昊然告訴他炸彈的位置，陳重等人在港口停車看著江上的江南號已駛離港口，安妮打開了昊然給他的信。昊然不肯告訴德川，德川大怒，這時鍋爐房發生爆炸，輪機艙開始進水。昊然說他今天用他的生命換取中華民族的獨立和自由，笑著和陳重安妮等人訣別。安妮看到江南號連續爆炸傷心的昏厥，江南號沉沒。日本人節節敗退，宣布投降。一名日本軍人找到松井告訴他外面都在等他舉行受降儀式，松井說他來上海八年了，直到今天才明白，從來沒有看懂過什么是上海。