一本寫滿離奇故事的筆記，傳了數代人。筆記早已殘破不堪，當中的故事早已難辨真假。但無論是故事，還是真正的傳奇，筆記透露出的信息，足以讓人回味無窮。
一九零三年，日本人大谷光瑞以宗教考察為由進入中國腹地，進行地理勘探的情報工作。在途經中國長沙時，其中一支探險隊分支跟隨日商鳩山美志，在長沙北部的一座山鎮內，停留了約三個月的時間。一整支考察隊進入，卻只有六人歸來。一周后，鳩山美志向日本日清貿易研究所轉外務省提交了一份報告，報告提及這山鎮底下埋藏的東西，史稱鳩山報告。
一九三三年的一個夜晚，一輛詭秘的火車駛進長沙站，驚醒了在值班室熟睡的守夜人。守夜人顧慶豐好奇之下，上前查看這輛突然進站的列車。顧慶豐抹開滿布灰塵的車窗，里面掛著的尸體把他嚇了個半死。
第二天，一名位高權重，人稱“佛爺”的軍官帶隊前來查個究竟。佛爺和部下一邊查實列車的狀況，一邊向顧慶豐打聽情況。他們得知，這輛列車是深夜突然抵達，沒有通行記錄，車身也銹跡斑斑，像是從廢鐵站里開出來的，加上里面掛著死人，車身又用鐵皮焊死了，這種種跡象，都表明這輛列車絕非尋常。佛爺安排部下，用氣割瓶割開車廂，親自入內一探究竟。
佛爺張啟山和部下進入車廂，發現里面藏有多條死相奇怪的尸體，皆為面部朝下。佛爺見此狀況，命部下把八爺叫來。八爺齊鐵嘴似是膽小如鼠之輩，但卻有一手精通奇門八算的活兒。八爺被佛爺半推半就之下，一起進入列車里面探個究竟。齊鐵嘴隨張啟山進入列車內部，看見這些尸體的死相和擺放位置，并在無意中，發現的一份畫有實驗內容的文件。張啟山根據種種跡象，推斷這列車和里面的尸體都是作陪葬用的，而墓主恐怕就在最尾的車廂內。
張啟山和八爺齊鐵嘴讓軍隊把車廂內的棺木都帶回去開棺。幾副陪葬的棺木被打開后，里面的尸體的死相與列車內其他尸體無異。正當齊鐵嘴納悶著，列車是如何在沒活人的情況下駛進站內時，張啟山提出，說這些人應該是事前吸入了僵氣，進站時才奄奄一息，至于真正的秘密，恐怕要把最大的棺材給打開，才能水落石出。最大的棺木是個哨子棺，非尋常人可以打開。棺材以鐵水封棺，只留一孔，強行打開只會引出毒氣，必須以一手伸進孔口從內部打開。現在要打開這哨子棺，只有靠張家的本事。佛爺讓自己張家的親兵幫忙開棺，但這位開棺的士兵伸手進孔時一個慌神，大叫救命。這一叫，在一旁協助的同伴只能觸發一個斷臂保命的機關，士兵斷一臂卻無所獲。佛爺冷靜地走上前，親自伸手進孔開棺。棺材成功被打開，里面也沒有什么機關，只有一具面容朝下的尸體。佛爺伸手在棺內翻找，摸出一枚似是南北朝的戒指。長沙九門中，最了解南北朝的當屬二爺的世家，在齊鐵嘴提議之下，張啟山決定攜此戒指去拜訪二爺。
長沙一處裝修豪華的梨園中，一個風姿綽約的身影正在臺上唱著一曲霸王別姬。一名滿身銅臭的座上客打斷正在唱戲的二爺，并對二爺出言不遜。正當場面陷入混亂時，佛爺帶著一隊人馬前來，為二爺解圍，并教訓了那位滿身銅臭的客人。佛爺和二爺似是頗有交情，二爺對佛爺的出手相助也表示感激。但當佛爺拿出那枚南北朝的戒指時，二爺卻臉露難色，說自己已經不碰那些地下東西很多年了，拒絕幫助張佛爺。佛爺也不強求，他把戒指放在桌面，讓二爺自己考慮。
二爺二月紅帶著戒指回到府上，而他的夫人丫頭親自下廚做了碗面，慰勞從梨園回來的丈夫。二月紅和丫頭兩夫婦相敬如賓，恩愛非常，但是丫頭的身體不是很好，說不到幾句就捂胸咳嗽，二月紅心疼夫人，命下人陪她回房休息。天色漸晚，二月紅打開隱藏在書柜后面的暗門，進入了一個密室。盡管密室內布滿機關，但作為密室主人的二月紅都一一輕松闖過，直達密室的深處。二月紅進入密室最里面的房間，房間內滿是陰森恐怖的物件，還有一些地圖、照片。二月紅從一個盒子里拿出一枚戒指端詳，這枚戒指和張啟山拿來的那枚一模一樣。
張啟山在夜里把齊鐵嘴請到家，把二月紅拒絕幫忙的事告訴齊鐵嘴。二月紅雖然拒絕出手相助，但是也給張啟山留下了忠告，要他最好不要碰這事。張啟山卻不這么認為，這火車出現得如此突然，車內的景象又如此詭異，加上棺材內出現南北朝的器具，這種種事由，讓張啟山覺得長沙可能要陷入危機。張啟山拿出鐵路圖，告訴齊鐵嘴，他們雖然暫時不知道棺材的來源，但是卻可以找到火車的來源。他指著鐵路圖向齊鐵嘴分析，東北過來的鐵路，雖然全部被炸掉，但是長沙沿著東北的軌道卻是好好的，這當中山脈綿綿，山中必有軌道連著礦山，常有礦道藏于山中，所以推斷火車是從礦山開出的。
齊鐵嘴這時提到，礦山最近似乎不甚太平，那里有很多日本特務，似乎在策劃著什么陰謀，張啟山立即聯想到，日本人可能要在那里搞秘密實驗，于是立即讓齊鐵嘴還有張副官隨自己一起去礦山一探究竟。
二月紅非常擔心妻子丫頭的病情，他覺得這都是自己家業的過錯，報應到妻子身上，二月紅在祖宗牌位前立誓，不再沾染祖業，希望先人保佑妻子安康。另一邊廂，丫頭在湖邊發呆，陳皮從身后為她披上一件外衣。陳皮是二月紅的徒弟，對丫頭似乎有著特別的感情。
張啟山一行三人來到礦山附近的鎮上，打算找人問問情況。鎮上古物四處亂放，也沒看見多少人家，好不容易遇到一對母子，只見這對母子背著包袱，似乎在匆忙離去。張副官向母子打探到，這里最近發生了礦難，村民都去逃難了，在此前，日本人也曾經來過，發生礦難后，日本人就走了。張啟山覺得事有蹺蹊，應該跟火車的案子有關系。
幾位商人來到通泰碼頭處打算進一些古玩回去倒賣，但是他們要求驗貨時，卻遭到拒絕。商人們覺得難以接受，于是與碼頭工人起了爭執，并說到以前和二爺二月紅之間的規矩并不是這樣的。陳皮此時出言阻止爭執，并堅持不讓驗貨，商人只好妥協，因為從陳皮這里進的貨都是上等的好，可以讓他們賺個盆滿缽滿。二月紅自從不碰那些地下的玩意后，通泰碼頭便交由徒弟陳皮照料，陳皮現在是通泰碼頭的舵主，并憑借一些出售古玩的門路而名聲大噪。商人們一邊恭維著陳皮，一邊說著貶低二月紅和丫頭的話，想藉此討好這位陳舵主。陳皮聽見這人侮辱自己師娘，以迅雷不及掩耳之勢伸出一個鐵爪，將其置于死地。眾人再也不敢口出狂言，只求陳皮饒命。
張啟山三人在鎮上遇到幾個外來人士，他們向這些人打探一下火車的事情，并問他們來這所為何事。張啟山得知，他們是來這邊干些散活，混口飯吃的，但是當問及火車的事情時，這些人都三緘其口，然后匆匆回房睡覺。張啟山覺得他們神情舉止都有點異常，且睡覺時，床邊的鞋子擺放得非常整齊，看著就是隨時準備離去的樣子，于是保持警惕，和齊鐵嘴和張副官在他們旁邊休息。第二天一早，這三個外來人士悄然離去，張啟山等人立即尾隨其后，追至濃霧之中。不料，他們借著霧勢隱藏行蹤，并對張啟山他們進行偷襲，幸虧張啟山武功高強，把三人制服。這下斷定他們跟火車這案子肯定有關系，但是當張啟山向他們逼供時，他們把預先藏在口中的毒藥吞服了。人雖然死了，但是張啟山認為，他們在此處突然發難，這里肯定有古怪，于是四處觀察，發現這里有一條隱藏的鐵路，直通深山，張啟山估量著，這里就是日本人做秘密實驗的地點。
日本特務田中良子來到長沙，似乎要進行什么秘密的行動。她多次求見二月紅，都遭到拒絕，這次收買了一位梨園的下人，隨后偷偷進入梨園，找二月紅幫忙做些事情。二月紅向來痛恨日本人，這回被人強行上門，對田中良子更加反感。田中良子見二月紅態度堅決，于是心生一計，打算向陳皮入手。她知道陳皮對生病的師娘丫頭非常在意，于是以自己手里的治病良藥作為交換條件，希望陳皮幫忙引薦一番。陳皮聽見丫頭的病有藥可治，便心動了。他回到府上，湊巧看見丫頭在廚房做面時，不小心把碗打翻了，隨后便狂咳不止。陳皮非常心疼，覺得拿藥給丫頭治病一事，刻不容緩。